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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - TurboFold(seed)
| 2L94_A | [ FASTA input ] | GGGAAGAUCUGGCCUUCCCACAAGGGAAGGCCAGGGAAUCUUCCC |
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| 2LC8_A | [ FASTA input ] | GGUCAGGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCAAAGUCGGGGGGCA |
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|
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| 2MIY_A | [ FASTA input ] | GCUUGGUGCUUAGCUUCUUUCACCAAGCAUAUUACACGCGGAUAACCGCCAAAGGAGAA |
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|
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| 2N1Q_A | [ FASTA input ] | GGUGCCCGUCUGUUGUGUGACUCUGGUGAGAGCCAGAGGAGAUCUCUCGACGCAGGACUCGGCUUGCUGGAGACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACUGGUGAGUACGCCAAAAAUUUUGACUAGCGGAGGCUAGAAGGAGAGAGAUGGGUGCCC |
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| 2N7M_X | [ FASTA input ] | GGCCUUAUGCACGGGAAAUACGCAUAUCAGUGAGGAUUCGUCCGAGAUUGUGUUUUUGCUGGUGUAAAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGCU |
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| 3J3E_8 | [ FASTA input ] | AACUCUAAGCGGUGGAUCACUCGGCUCAUGGGUCGAUGAAGAACGCAGCAAACUGUGCGUCAUCGUGUGAACUGCAGGACACAUGAACAUCGACAUUUUGAACGCAUAUCGCAGUCCAUGCUG |
| [ reference std structure ] | ........................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]...........))))..)...)))....((.....))........... | |
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|
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| 3J3F_8 | [ FASTA input ] | CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCUU |
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| [ reference ext structure ] |
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| 3JB9_N | [ FASTA input ] | GAUCUUCGGAUCACUUUGGUCAAAUUGAAACGAUACAGAGAAGAUUAGCAUGGCCCCUGCACAAGGAUGACACUGCGACAUUGAGAGAAA |
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| 3JB9_C | [ FASTA input ] | CGUCAAAGCACUUUGCAAAAGCUAACGUAUCUGUUUCUUGCCUUUUACCAGAAACAGCCGUUUGUAAGGUGUGCUAAUUUGACUGUAUAGUUUUUGUAAUCUUUU |
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(((((((((((((((((((......((...((((((((((.......)))))))))).)))))))))))))).....)))))).).................... () |
|
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| 3RKF_A | [ FASTA input ] | GGCCAUAUAACUGCGUGGAUAUAGCACGCAGGUUUCUACCGGGCACUGUAAAUGUCCGACUAUGGUC |
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| 3W1K_J | [ FASTA input ] | GGGAGUAGAUAGGCGCUGGUGUGCCUCCUAGACUUCAAAUCUACGGUCUCGCUAUUUAAGCGAGAGGUGGGUUCGAUUCCCACAUACUCCCG |
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| 3ZEX_C | [ FASTA input ] | AACGUGUCGCGAUGGAUGACUUGGCUUCCUAUUUCGUUGAAGAACGCAGCAAAGUGCGAUAAGUGGUAUCAAUUGCAGAAUCAUUUCAUUGCCCAAUCUUUGAACGCAAACGGCGCAUGGGAGAAGCUCUCUCGAGCCAUCCCCGUGCAUGCCACAUUUCUCAGUGUCG |
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| 4A1C_2 | [ FASTA input ] | AGAAAAUUUUCAACGGUGGAUAUCUAGGUUCCCGUGACGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGCAAUGCGAAUUGCAGAACCGCGAGUCAUCAGAUCUUUGAACGCAAGUGGUGGAGGUGUAAAAACCUUCAUGUUUGUUUCAGUGUGGAA |
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.......................................(.<((((({((.[[....[).}..)](((((((.((..]]...)....).).)))).))..))))>))((.....))(((((........))))).................... () ( ) ( ) ( ) |
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| 4A1C_3 | [ FASTA input ] | GUUGUCGGCCAUACUAAGGUGAAAACACCGGAUCCCAUUCGAACUCCGAAGUUAAGCGCCUUAAGGCUGGGUUAGUACUAAGGUGGGGGACCGCUUGGGAAGUCCCAGUGUCGAUAGCCU |
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|
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| 4AOB_A | [ FASTA input ] | GGCUUAUCAAGAGAGGGCAAGAGACUGGCUUGAUGACCCCCGGCAACCAAAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGAGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCA |
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| 4BY9_A | [ FASTA input ] | GCGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGC |
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| 4C4Q_N | [ FASTA input ] | GACUAGCCGUAGUGGCGAGCUCCCUGGGUGGUCUAAGUCCUGAGUACAGGACAGUCGUCAGUAGUUCGACGUGAGCACUAGCCCACCUCGAGAUGCUACGUGGACGAGGGCAUGCCCAAGACACACCUUAACCCUGGCGGGGGUCGCUAGGGUGAAAUCACAUUAUGUGAUGGGGGUACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAGCAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGC |
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| 4ENB_A | [ FASTA input ] | GGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG |
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| 4ENC_A | [ FASTA input ] | GGGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG |
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.{((((.<<<<<<)).}...)..((((((..))))))).(.>>>>>>).... ( ) |
|
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| 4FRN_A | [ FASTA input ] | GGGCUAAAAGCAUGGUGGGAAAGUGACGUGUAAUUCGUCCACAUUACUUGAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGCCCAAAGUAGAGCAAGGAGACUCA |
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|
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| 4JF2_A | [ FASTA input ] | GAACCGCGAAAGCGGUUCCACGACGAUACUUAUUUCCUUUGAUCGUCGUUAUUACUGGCUUCGGCCACAAAGGAGA |
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|
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| 4LCK_F | [ FASTA input ] | GGGUGCGAUGAGAAGAAGAGUAUUAAGGAUUUACUAUGAUUAGCGACUCUAGGAUAGUGAAAGCUAGAGGAUAGUAACCUUAAGAAGGCACUUCGAGCACCC |
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| 4MGN_C | [ FASTA input ] | GAAUCAAUAGUAGUUAACCCUCUCUUCCGAAGCGAGCCGGGGGCGGUGGGAGCCCGGUGAAGACGGUUAAUGAAACGGCAGUUCC |
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| 4P5J_A | [ FASTA input ] | AGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCUCGACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUCUUCCGAGGGUCAUCGGAACC |
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.(((((([[()..)))))(((((((.......)))))))...{{{{{]..}].}}}}(((..{{{{{{{))).).}}}}}}.} () ( ) ( ) |
|
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| 4P8Z_A | [ FASTA input ] | GGUUGGGUUGGGAAGUAUCAUGGCUAAUCACCAUGAUGCAAUCGGGUUGAACACUUAAUUGGGUUAAAACGGUGGGGGACGAUCCCGUAACAUCCGUCCUAACGGCGACAGACUGCACGGCCCUGCCUCUUAGGUGUGUCCAAUGAACAGUCGUUCCGAAAGGAAGCAUCCGGUAUCCCAAGACAAUC |
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((((((((((((..(((((((((...[.[.))))))))).{<<<<<<<<<<<<<(..<)<<<<<<.<.<<<<a.aaa...]].AAA...>.A..>>>aa...>AA....aaaaaa.()>>>>>>a.(.....)>A>>>>>>>>>.}.AAAAA.(((((..)))))..A.>>>>...)))))))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 4QK8_A | [ FASTA input ] | GUUGCCGAAUCCGAAAGGUACGGAGGAACCGCUUUUUGGGGUUAAUCUGCAGUGAAGCUGCAGUAGGGAUACCUUCUGUCCCGCACCCGACAGCUAACUCCGGAGGCAAUAAAGGAAGGA |
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..((((((.((((..))))[.(((((..((.....(.[((((.(.(((((((.....)))))))[)((((.{{{{{{)))).].)))).)].))..))))))]))))).....}}}}}}. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 4TZY_X | [ FASTA input ] | GGGAAGAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUCUUCCC |
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| [ reference ext structure ] |
(((((((((((.(((((((.[[..[[)))))))).....).{{{{{{]]...]]}}}}}}..))))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
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| 4UE4_A | [ FASTA input ] | GCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACCUGCAAUCCGCUCUAGCAGGGCCGAAUCCCUUCUCGAGGUUCGUUUACUUUAAGGCCUGCCUUAAGUAAGUGGUGUUGACGUUUGGGUCCUGCGCAAUGGGAAUUCAUGAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUUAAGUGAAACCUCUCAUGUGCCGCAGGGUUGCCUGGGCCGAGCUAACUGCUUAAGUAACGCUAGGGUAGCGAAUCGACAGAAGGUGCACGGU |
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(((((((...((((((.......[[..))))...{{{{{...]]......}}}}}))......((((((...((((((.((((((((.(..((((.(((((((.(((((.(((..(((((((.((((((((..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..))))...)).))))))....)))))))))))))).)))))))))))..))))))))))))))))...)))))).))))))) ( ) |
|
| [ reference ext structure ] |
(((((((((((((((((..([[)[[[)))))(.){{{{{.].]].]]...}}}}})))))(..(((((((((((((((.((((((((.(..((((.(((((((.(((((({)(..(((((((.((((((((..(((((((((((....(((((.(((((....)))).))))))..))))).).)))))...)).))))))....)))))))).})))).)))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .((.(((((((((((.(((((.(((....))))))))....)))))).))))).))(((....((((((...(((((((.((((((..(((..(.((((((((..((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))...))))))))))))))))...))))))....))). | |
| 4UE5_A | [ FASTA input ] | GCCGGGCGCGGUGGCGCGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGGAUCGCUUGAGCCCAGGAGUUCUGGGCUGCAGUGCGCUAUGCCGAUCGGGUGUCCGCACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCCCGUGCUGAUCAGUAGUGGGAUCGCGCCUGUGAAUAGCCACUGCACUCCAGCCUGUGCAACAUAGCGAGACCCCGUCUCU |
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|
| [ predicted structure ] | ..((((((((......))))))))...((((........))))....(((((.((.((.(((((.(.((.((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....))))))))...))))))...)))))))))))).))))))))).))..)..)))))..))))))))). | |
| 4W24_8 | [ FASTA input ] | CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCU |
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....................................(..(.(.(.((.[[....[))).{.]...{{{{{{{..]]..}.......}}}}}}...}....))..)((....))(((...((((.)..)))...))).................... () ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((.((((((((((.................((((((((....(((((....))))).....(((((((..........))))))).))))))))........(((....)))((((((((.....))))))))..)))).).))))).)))).. | |
| 4WFL_A | [ FASTA input ] | GCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACCUGCAAUCCGCUCUAGCAGGGCCGAAUCCCUUCUCGAGGUUCGGUAACGAAUCGACAGAAGGUGCACGGU |
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(((((((((((((((((...[[[[[.)))))(.){{{{{]...]]]]...}}}}})))))(..((((((((((((((((..)))))))))))))))))))))))) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .((.(((((((((((.(((((..((....)).)))))....)))))).))))).))(((....((((((...((((((....))))))...))))))....))). | |
| 4XW7_A | [ FASTA input ] | GGGUCGUGACUGGCGAACAGGUGGGAAACCACCGGGGAGCGACCCUUGCCGCCCGCCUGGGCAA |
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| 4ZNP_A | [ FASTA input ] | GGGAUACAGGACUGGCGGAUUAGUGGGAAACCACGUGGACUGUAUCCGAAAAAAAGCCGACCGCCUGGGCAUC |
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(((((((((((((([{{{....{{{{...)}}}}.))))))))))))).......<<<.]}}}....>>>... ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .((((((((.............((((....)))).....))))))))........(((.........)))... | |
| 5DI4_A | [ FASTA input ] | GGGUACUUAAGCCCACUGAUGAGUCGCUGGGAUGCGACGAAACGCCCA |
| [ reference std structure ] | ...............(....).(((((......))))).......... | |
| [ reference ext structure ] | .........(.....(....)[[[[[[[)..].]]]]]]......... | |
| [ predicted structure ] | ((((......))))........(((((......))))).......... |
- N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
- std - standard base pair definition
- ext - extended base pair definition