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GACUCGUUCAUACUACAGUGGAUACACCAGAUCCCAUCAGAACUCUGAAGUUAAGCACUGUAAGGCUUGGCUAGUACUGAGGUGGGAGACCGCUCGGGAACACCAGGUGAUGAGUCAG |
Reference structure (std) |
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[ sec struct ] |
((((((((....((((((((.....((.(((...(....)...)))...))....)))))).))((((((......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))..
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Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((((...................................)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).. |
CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.......................................................................((..((....)).))..............)))))))).. |
CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....))))).))(((((.......((.((..((....)).)).))......))))))))))))).. |
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((((.......((((............))))........)))))))..((((((......((((.((((....)))))))).....)))))))))))))).. |
CentroidFold
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((.....................(((((((((.(((....((((((((........))))))))))).))..)))))))....................))))))))).. |
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....))))))).).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))).. |
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((((...((..((((.(......)...))))..))....)))))))..((((((...((.((((.((((....))))))))..)).)))))))))))))).. |
DAFS(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))).. |
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((......))))...((((...((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).))))(((((....))))).))))......))))))))))).. |
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))..((((((...((.(((((.(((....))))))))..)).)))))).))))))).. |
HotKnots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((......(((....)))..(.((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).)))).((((....))))..)))).).....)))))))))).. |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((((((.((....))))))))....))))))))))))))).. |
MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))))))))..)))))))).)))))))).. |
Mastr(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
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((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
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McQFold
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[ FASTA input ] |
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(((((((......(((((((....[[[[...[[[[[[[..........[[[[[[[)))))))...]]]]]]]........]]]]]]]..(((..)))........]]]]))))))).. |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((..((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).. |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))... |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((([[.[[[{{{...{{{{{{{.....<<<<<<<<<<<<<))))))aa>>>>>>>>.]]]AA..}}}}}}}..]]..>>>>>.......}}})))))))).. |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...)))))))))))))).. |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).. |
PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))).. |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
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((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).. |
PPfold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
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(((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))((((....(..(((((..((....)).))))).....))))).)))))))).. |
Pknots
|
[ FASTA input ] |
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PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
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((((((.((((......(((....)))....((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).)))).((((....))))..)))).......)))))))))).. |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((...((((((........((((............)))).[[[[[[[[))))))..]]]]]]]]....((((.((((....))))))))..........))))))))).. |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((((.......((((............))))........)))))))..((((((..........(((((....)))))........)))))))))))))).. |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((((.......((((............))))........)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).. |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).))(((((.......((.((..((....))..)).)).....))))))))))))).. |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((......(((....)))..(.((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).)))).((((....))))..)))).).....)))))))))).. |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.........(((....)))....((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).)))).((((....))))..)))).........)))))))).. |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((......)))))).((((.(.((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).))))(((((....))))).)))).)....))))..))))).. |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((..(((((((((...(..(((((((......)))))))..)..)..)))))))..)((((((....((((((.((((..))))))))))...))))))))))))))).. |
RNAwolf
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((..((((((((....(..((((............))))..).....)))))))..)(((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))).))))).. |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................(..(......(........(.....)...)..........)....). |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((.(....(((((.(((....)))))))).)...)))))))))))))).. |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((......(((....)))....((((.((((.(((....((((((((.(.....)))))))))))).))))(((((....))))).)))).......))).)))))).. |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))).))))))).. |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).. |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((.....((((.......))))..((((....)))).(((((((........))))))).))).(((((.(((....))))))))...........)))))))).. |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......(((((((((.......))))..((((....)))).[[[[[[[)))))...]]]]]]].....(((((.(((....))))))))...........)))))))).. |