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GACUCGUUCAUACUACAGUGGAUACACCAGAUCCCAUCAGAACUCUGAAGUUAAGCACUGUAAGGCUUGGCUAGUACUGAGGUGGGAGACCGCUCGGGAACACCAGGUGAUGAGUCAG |
| Reference structure (std) |
|
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((.....((.(((...(....)...)))...))....)))))).))((((((......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))..
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| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
([[[[[[[....[[[[[[[[[.)](((((((...([...).].))))..))...)]]]]]].]](((((((((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))))]]]]]]]... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( )
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CMfinder(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))).......... |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((((...................................)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).. |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.......................................................................((..((....)).))..............)))))))).. |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....))))).))(((((.......((.((..((....)).)).))......))))))))))))).. |
|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((((.......((((............))))........)))))))..((((((......((((.((((....)))))))).....)))))))))))))).. |
|
CentroidFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((.....................(((((((((.(((....((((((((........))))))))))).))..)))))))....................))))))))).. |
|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....))))))).).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((((...((..((((.(......)...))))..))....)))))))..((((((...((.((((.((((....))))))))..)).)))))))))))))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((......))))...((((...((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).))))(((((....))))).))))......))))))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))..((((((...((.(((((.(((....))))))))..)).)))))).))))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((......(((....)))..(.((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).)))).((((....))))..)))).).....)))))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((((.......(((([[..........)))).[[.....))))))...{{{{{{]]....{{{{.{{{{]]..}}}}}}}}.....}}}}}}.))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((((((.((....))))))))....))))))))))))))).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))))))))..)))))))).)))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(........(.(....).).(.(.(......)...).)..((((((((........))))))))....((((.((((....))))))))...........)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((((((....[[[[...[[[[[[[..........[[[[[[[)))))))...]]]]]]]........]]]]]]]..(((..)))........]]]]))))))).. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((..((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((([[.[[[{{{...{{{{{{{.....<<<<<<<<<<<<<))))))aa>>>>>>>>.]]]AA..}}}}}}}..]]..>>>>>.......}}})))))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...)))))))))))))).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))((((....(..(((((..((....)).))))).....))))).)))))))).. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((.((((.(.............).((((....))))((((((((........))))))))...)))).(((((....))))).((.....)).))))))))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((......(((....)))....((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).)))).((((....))))..)))).......)))))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((...((((((........((((............)))).[[[[[[[[))))))..]]]]]]]]....((((.((((....))))))))..........))))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((((.......((((............))))........)))))))..((((((..........(((((....)))))........)))))))))))))).. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((((.......((((............))))........)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....))))).))(((((.......((.((..((....))..)).)).....))))))))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((......(((....)))..(.((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).)))).((((....))))..)))).).....)))))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.........(((....)))....((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).)))).((((....))))..)))).........)))))))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((......)))))).((((.(.((((.((((.(((....((((((((........))))))))))).))))(((((....))))).)))).)....))))..))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((..(((((((((...(..(((((((......)))))))..)..)..)))))))..)((((((....((((((.((((..))))))))))...))))))))))))))).. |
|
RNAwolf
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((..((((((((....(..((((............))))..).....)))))))..)(((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))).))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................(..(......(........(.....)...)..........)....). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((.(....(((((.(((....)))))))).)...)))))))))))))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((......(((....)))....((((.((((.(((....((((((((.(.....)))))))))))).))))(((((....))))).)))).......))).)))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))).))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((.....((((.......))))..((((....)))).(((((((........))))))).))).(((((.(((....))))))))...........)))))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......(((((((((.......))))..((((....)))).[[[[[[[)))))...]]]]]]].....(((((.(((....))))))))...........)))))))).. |