RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 2N7M_X

RNA: 2N7M_X
Rfam family: U4

			GGCCUUAUGCACGGGAAAUACGCAUAUCAGUGAGGAUUCGUCCGAGAUUGUGUUUUUGCUGGUGUAAAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGCU
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((((((.((((...(.(((...(.................)..))).)...((((((......))))))..)))).)))))))))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((.(.(.....(((....)))..).))))))...(((((((....))))))).))))).)))))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((.(((.....(((....)))..))))))))...(((((((....))))))).))))).)))))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((.(..(((((.(((.....(((....)))..))))))))...).))................................
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((........................)))))......................))))).)))))))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((((.(((.................))))))))..........................(((.....)))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((((........................)))))...........................((.....))...
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((.(((.....(((....)))..))))))))..((((((((....))))))))))))).)))))))))))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((..(((((.(((.....(((....)))..))))))))..((((((((....)))))))))))))))))))))))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((....(((((.......(((....))).....)))))...(((((((....))))))).))))).)))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((((((.(((((.(((.....(((....)))..)))))))).)((((((((....))))))))))))).)))))))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((((.(((.....((......))..))))))))........((....))....................)..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.........))....(((((.(((.....(((....)))..)))))))).......................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((.(((.....(((....)))..))))))))..((((((((....))))))))))))).)))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((.(((.....(((....)))..))))))))...(((((((....))))))).))))).)))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((.(((.....(((....)))..))))))))...(((((((....))))))).))))).)))))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((..((.....(((....)))..)).)))))...(((((((....))))))).))))).)))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((((((((.(((.....(((....)))..)))))))).)))))..((....))..............(....)...
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((((.(((.....(((....)))..))))))))....(.((((....)))).).....(...).........
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((.(((((..(((((.(((.....(((....)))..))))))))...(((((((....))))))).))))).)))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((.........((((..)))).....)))))..((((((((....))))))))))))).)))))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((((((...(((.....(((....)))..)))))))))))(((((((....)))))))..................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..(.....(((((.(((.....(((....)))..)))))))))..)))..(.(.......))...................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((......(((((((((((((((((..)))[[{{{{))))))))))))))...]].}}}}))))).)))))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(.....)(...)((((.(((((.(((..(..(((....))).)))))))))..))))..(((........)))....(((.....)))..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(.....(((........(((((.(((.....(((....)))..))))))))...)))..).................(((.....)))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(.....)(...)((((.(((((.(((..(..(((....))).)))))))))..))))).((((......))))....(((.....)))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(.....(((........(((((.(((.....(((....)))..))))))))...)))..).................(((.....)))..
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((........(((((.(((.....(((....)))..))))))))...)))..(............)...(.((.....)))..
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((((((((((....))).(((....))).....)))))))((((((((....))))))))...))))))))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((.(((.....(((....)))..))))))))...(((((((....))))))).))))).)))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((.(((.....(((....)))..))))))))..((((((((....))))))))))))).)))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((.(((((......(((((((((((((................)))))))))))))..........))))).)))))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((........................)))))..((((((((....))))))))))))).)))))))))))
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.......)))....(((((.(((.....(((....)))..))))))))....((((((....))))))...................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((((.(((.................))))))))..........................(((.....)))..
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...(((..(.....(((((.(((.....(((....)))..)))))))))..)))............................)))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((.(((.....(((....)))..))))))))...(((((((....))))))).))))).)))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((.(((.....(((....)))..))))))))...(((((((....))))))).))))).)))))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((.(((.....(((....)))..))))))))..((((((((....))))))))))))).)))))))))))
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((................(((....))).(((......)))(((((........))))).))))).)))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((((((..(...........)((((..)))).(((......)))(((((.(....).))))))))))).)))))))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((.(((.....(((....)))..))))))))...(((((((....))))))).))))).)))))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((.((((...(((((.(((.....(((....)))..))))))))...(((((((....)))))))..)))).)))))))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((.((((...(((((.(((.....(((....)))..))))))))...(((((((....)))))))..)))).)))))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((..(((((.(((.....(((....)))..))))))))...(((((((....))))))).))))).)))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..(((((..(((((..((..(((....)))...))...)))))...(((((((....))))))).)))))..))))))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..(((((..(((((..((..((.((.....)))).)).)))))...(((((((....))))))).)))))..))))))))))

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