CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 2WDL_A



RNA: 2WDL_A
Rfam family: -

AGAUGGUAAGGGCCCACGGUGGAUGCCUCGGCACCCGAGCCGAUGAAGGACGUGGCUACCUGCGAUAAGCCAGGGGGAGCCGGUAGCGGGCGUGGAUCCCUGGAUGUCCGAAUGGGGGAACCCGGCCGGCGGGAACGCCGGUCACCGCGCUUGCGCGGGGGGAACCUGGGGAACUGAAACAUCUCAGUACCCAGAGGAGAGGAAAGAGAAAUCGACUCCCUGAGUAGCGGCGAGCGAAAGGGGACCAGCCUAAACCGUCCGGCUUGUCCGGGCGGGGUCGGGGGCCCUCGGCCGAAUCCCCAGCCUAGCCGAAGCUGUUGGGAAGCAGCGCCAGAGAGGGUGAAAGCCCCGUAGGCGAAAGGUGGGGGGAUAGGUGAGGGUACCCGAGUACCCCGUGGUUCGUGGAGCCAUGGGGGAAUCUGGGCGGACCACCGCCUAAGGCUAAGUACUCCGGGUGACCGAUAGCGCACCAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGAACCCCGGGAGGGGAGUGAAAUAGAGCCUGAAACCGUGGGCUUACAAGCAGUCACGGCCCCAAGGGGUUGUGGCGUGCCUAUUGAAGCAUGAGCCGGCGACUCACGGUCGUGGGCGAGCUUAAGCCGUUGAGGCGGAGGCGUAGGGAAACCGAGUCCGAACAGGGCGCGUCCGCGGCCGUGGACCCGAAACCGGGCGAGCUAGCCCUGGCCAGGGUGAAGCUGGGGUGAGACCCAGUGGAGGCCCGAACCGGUGGGGGAUGCAAACCCCUCGGAUGAGCUGGGGCUAGGAGUGAAAAGCUAACCGAGCCCGGAGAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAUGACUUUAGGGUCAGCCUCAGGCGCUGACUGGGGCCUGUAGAGCACUGAUAGGGCUAGGGGGCCCACCAGCCUACCAAACCCUGUCAAACUCCGAAGGGUCCCAGGUGGAGCCUGGGAGUGAGGGCGCGAGCGAUAACGUCCGCGUCCGAGCGCGGGAACAACCGAGACCGCCAGCUAAGGCCCCCAAGUCUGGGCUAAGUGGUAAAGGAUGUGGCGCCGCGAAGACAGCCAGUCGAGUGGCGCCGCGCCGAAAAUGAUCGGGGCUUAAGCCCAGCGCCGAAGCUGCGGGUCUGGGGGAUGACCCCAGGCGGUAGGGGAGCGUUCCCGAUGCCGAUGAAGGCCGACCCGCGAGGGCGGCUGGAGGUAAGGGAAGUGCGAAUGCCGGCAUGAGUAACGAUAAAGAGGGUGAGAAUCCCUCUCGCCGUAAGCCCAAGGGUUCCUACGCAAUGGUCGUCAGCGUAGGGUUAGGCGGGACCUAAGGUGAAGCCGAAAGGCGUAGCCGAAGGGCAGCCGGUUAAUAUUCCGGCCCUUCCCGCAGGUGCGAUGGGGGGACGCUCUAGGCUAGGGGGACCGGAGCCAUGGACGAGCCCGGCCAGAAGCGCAGGGUGGGAGGUAGGCAAAUCCGCCUCCCAACAAGCUCUGCGUGGUGGGGAAGCCCGCAACCCCCCGAAGCCAGGGAGCCAAGAAAAGCCUCUAAGCACAACCUGCGGGAACCCGUACCGCAAACCGACACAGGUGGGCGGGUGCAAGAGCACUCAGGCGCGCGGGAGAACCCUCGCCAAGGAACUCUGCAAGUUGGCCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCCCUGGGGUGAUGAGCCCCGGGGAGCCGCAGUGAACAGGCUCUGGCGACUGUUUACCAAAAACACAGCUCUCUGCGAACUCGUAAGAGGAGGUAUAGGGAGCGACGCUUGCCCGGUGCCGGAAGGUCAAGGGGAGGGGUGCAAGCCCCGAACCGAAGCCCCGGUGAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAAAGCGUAACGACCGGAGCGCUGUCUCGGCGAGGGACCCGGUGAAAUUGAACUGGCCGUGAAGAUGCGGCCUACCCGUGGCAGGACGAAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUGCAGCCUGGUGUUGGCUCUUGGUCGCGCCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUGGCGCGGCUGGGGGCCUAACCCUCGGAUGGGGGGACAGCGCUUGGCGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCUAAAAGGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUCCCCUCAGGCGGGACGGAAAUCCGCCGGAGAGCGCAAGGGUAGAAGGGGGCCUGACUGCGAGGCCUGCAAGCCGAGCAGGGGCGAAAGCCGGGCCUAGUGAACCGGUGGUCCCGUGUGGAAGGGCCAUCGAUCAACGGAUAAAAGUUACCCCGGGGAUAACAGGCUGAUCUCCCCCGAGCGUCCACAGCGGCGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCGUCGCAUCCUGGGGCUGAAGAAGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGCACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCUCUAUCCGCCACGGGCGCAGGAGGCUUGAGGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCUCUGGUUUCCCAGCUGUCCCUCCAGGGGCAUAAGCUGGGUAGCCAUGUGCGGAAGGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCCGCCCCAAGAUGAGGCCUCCCACGGCGUCAAGCCGGUAAGGACCCGGGAAGACCACCCGGUGGAUGGGCCGGGGGUGUAAGCGCCGCGAGGCGUUGAGCCGACCGGUCCCAAUCGUCCGAGGUCU
Reference structure (std) [ sec struct ] .........((.(((((((.....(((..((((((((((((......((((((.gg..gg.))).....((((((...(((GG..GG.)))......))))))...)))....(((....)))((((((((....)))))))).(((((....))))).))...((((((.....e...(..E......))))).).........((....))...(((((.....((.)...))....)))))...(((l...((((((.........))))))....((((.(((.....(...(((((.((((.(((...(((((......)))))(((...).iii.....))III...)))...))))..)))))..)....)))..)))L....((((((b...(.......B))))))....).((((().<<<<)))))..)))......)).)))))).))...............((....))....))......(..((((....))))............)).....))))))).)).....[.((((((((((....)))))))))).(.(.(........).).((((((....(((((((((((((..(((...(((.....)))...)))...((....))..((((.....))))..)))))))))))))..((.(...((((((.....((.(((((((.((((...((((((......))))))...).)))...(((..(((k.......(K))).)))..).)))))).)).(.(((.....)))...)..))))))......).))..((((((....(((((....)))))(((((((((.(...(((((((((...(((...(((.((((...(.((((......))))..)...)))).)))..)).)...)))))))))..)..))))))).))..(((((((.((......)).))))))).....(((......)))...((((.(((...((((((...h.hhhhhh.....h.....((..((((((((....................)))))))).))..........))).H....HHHHHHH)))...)))))))((((((((.....))))))))....))))))(.(((((...(((......(((((.(((....))))))))...)))..)))))..).....))))))(......((.....((((((.......))))))((((....((((..((..(((((((...((.....)).))))))....((nnnn.((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........)))))))(((((((((((((...((((....(((((.(((..(((((.((((.((...jj....))))))(((...(((((((.((...(((.(.......))))...).....).)))))))..)))(...........))))))...)))..)))))(..).....))))...))...)))))))))))NNNN.))).....((......)).)))).(((((....)))))..))))..((((....((((((((.((..(....(.......(.(((....a.(..A.....))).)((((((((((((.....))))))))))))(...).......(((((((((...((.........))...(((((((.....(((....))).......))))))).)((((.(((..(((((((..(((...((...(((((....)))))...))...))))))))..)))))(((((.........)))))........((..........((((((.....))))))..)..)....))))...)).))))))).)..))).)))))))).)))))).....)].(..{{{{{.....)).}}}}}..((((((((.(((..(......((((.((((((..(((((.(((.(((((.((((.((((((.((((.(......(..ccc.c..(((.......((((((......))))))....)))..........).C.CCC).)))).)))))).))))...(((((....)))))....))))).)))..)))))..((o......(O))((((((..........)))))))((dd...ddddddd.(.((.(.(.......).).))...).dd)(.(((DD....DDDDDDD...((((..((m...(..M))..)))).(((....))).DD))).).....(((((((.((..>>>>..))))))))).....))......))))..))))))......(((((.(.((((((...((.......))...))))))...)))).).)......((((.((((((..(((((((((......))))))..))).(((((.....))))).....)))))..)...))).).....(((((((....))).))))..).)...)))))))))))(...fffffff...((((..(((((((.....(....)....))))))).(((((...(.((...(((((((((((.JJ.))))))...)))))...)).).)))))...(((....((((.............))))....))).))))..)....FFFFFFF...(.........).....(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...)))).......
Reference structure (ext) [ sec struct ] N/A
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((..(((((..((((.((((((...((.((((..........((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((.((.(((....(((....)))..((((((....))))))...(((((....)))))(((((.(((.(((.(((((......))))).)))..)))........((....))...)))))((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((((..((((((.((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((.((((.(((((((((..(((((((((((((....)))))))))).)))........((....(((((((..(((((((((((((((.((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).)))))))))))))))..((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((..(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))).(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...)))))))..............((((((.......)))))).)).)))))))))..))))....(((.((((..((((((((((((((..(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((....(((((((..((....((((.((....))..))))..((.(...(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..))).))..)))))))..((.((((.((........))))))..))...)))))))))).)))))...((..(((......)))..))((((((....)))))).((((.(.((.....))).))))....))))))))..)))))).))))..((((....))))..((((((((((((((.....))))))))))).))).)))..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......))).)).))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....(((..((((((.....))))))...(((.....((((..((..((((...((((((((.((((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......))))).).))))))))...)))).))....))))............(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...((((((.(((........)))))))))......))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).....(((((.(((((.....)))))....((((((((((((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....)))....))))))))).....(((((((....))).)))).........))))).)))).)).((((((((.(..(((((((((((..((.(....).)).)))))))..((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).))))....(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))...))))))..))))....)).)))......))).((((((((.((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))).))).))).)))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((....((.(((((((((((((((..........))))).(((((.....).)))).............((((.(((.(((((((....))....(((....)))((((((((....)))))))).(((((....))))).(.....(((((..(((((......))))).))))).((((......((....))..)))))......((.....))...))))).)))))))...((((((((.....))))))))..(((((.((((((.(((..((((((.((((.......((((((....))))))(((.(.(.((((....))))).).)))...))))..)))))).))))))))).)))))(..(((((((((((...)))))))))))...(((((((((....))))))).)).......)..)))))).))))..)).((((....((....))....)))).......((((....))))..................)))))))))((((..((((((((((((((..))))))))))).)))..((((..((....(((((((..(((((((((((((((.((((..(((.....)))(..(((...((....))..)))).....)))).)))))))))))))))........((((((..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))((((.....)))..))..)))))).............(((((....(((((....)))))..(((((((.(((.(((((((((.(.(((...((((((((.(.((((((......)))).)).).))))))))..))).)..))))))))).))).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..)).(((......)))...(((.(((((..(((........(((((((((((.........(((((((((((...(((.....)))..)))))))))))((((......)))).)))).))))))).)))..))))))))((((((((.....))))))))....)))))((.(((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))))).....)))))))....))..))))..((((((.......))))))....))))(((....)))((((((((..((.....))))))))))....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))..(((((((((((((..((((((..((((((.((((.(((((.((((.((.........)))))).(....((((((((((((((((.((.....))))))))).....))))))))))(((((....)))))...)))))..))))..)))))........))))))).))...))))))))))))))))...((..(((......)))..))((((((....)))))).((((...(((....))).)))).........(((......(((((.....(((....))))))))((((((((((((.....)))))))))))).)))((((((((((....))..))))))))..........(((((((((...(((....)))...)..)))))))).......(.(((.((((((..(((...((...(((((....)))))...))...)))))))))..))))((((((.......))))))..............((((((((((((...((((((..(...(((.....)))...)..)))))).....))))))))))))...(((........)))(((((((....)))))))..((((((((.(((.....(((((.((((..((((((((((.(((.((((((((((((((((((((((.(.........((((((.((((.....((((((((....))))))))..)))).)).(.......)))))).))))))))))))))))...(((((....)))))...)))))).)))..)))))......(((..((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......)))))).))................))))))))..((((..(((..()..)))..)))).(((....)))...))).((((..(((((((((.........))))))))).)).))........(((((((()))).))))..((((((((((((.(.((.......))..)))))))))).))).....................(((((((((((......)))))).)))))(((((.....)))))..)))))..)))).............(((((((....))).)))))))))...)))))))))))....((((((((....(((((((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((.(..(((((...........)))))..).))).))))......))))))))..((((.....))))(.......).....(((((...(((..((((((((((.(((.(.((((((....))))))).)))..)))))))..)))..))).)))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((.......((((((((((((...)))))..........(((((((((........((((((((((..((((...((((((((((.((((((((..))).....)))))....((((((((....)))))))).)))))))))).(((((((...(((((..(((((......))))).))))).....................))))))).....))))..(((.........((((((...((((((((.....))))))))((((((((..))))))))..((((((......(((((.((((((....))))))..(((((..........((((((.........)))))).....(((((((((.((((....(((((((((((...))))))))))).....(((((((....)))))))(((((...((((((.((((..........))))....(((...(((..............))))))....))))))......))))).......((((((((......(((((((((((..)))))))))))((((........))))((((((((...(((((((((((((((.((((...(((((..))))))))).............((((.....)))).)))))))))))))))........((((((...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...(((..(((((.......))))))))....)))))))))))..................)))))).....)))))))).((((((...(((((...(((((((.......)))))))(((((((....(((..((((((((.((((..[[[[[[[..)))).....))))))))..(((.......((((((((...))))))))....(((((((............)))))))))).((((............))))..))).))))))).)))))..(((...............((((((((((...(((.....)))..)))))))))))))........))))))..))))))))(((((.....(((((((((((((.....))))))))..(((((((((((((((.(((((......(((...(((((...(((((((((....................)))))..............((((((.......))))))))))...(((((..)))))(((((((...........))))))).....)))))(((...)))...)))....)))))....(((((...(((((........)))))))))).((((..))))....))))))))))..((((.(((((.((((..............))))......((((((((((((((((..........)))))))).....)))))))).(((((....)))))...)))))..)))).................))))).........((((((..)))))))))))..........]]]]]]]((((((....)))))).))))).))))...)))))))))......)))))....)))))((((......))))....(((((((((((((((((.....))))))))))))((((((...((((((((........((((((.........((((((((.....((((.................))))((((((.((((..)))).......(((((((((((....)))))..((((...(((((((.......((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))(((((((.....))).....(((((((((((((((..((((((((((((((((........(((((((....)))))))...((((((...............))))))...)))))))......)))...((((((((((((((((...........(((((..((((.....(((((((((..)))))))))..))))............)))))..))))))))))))))))...))))))......))))))))))))..)))))))....)))))))))))(((((((...........)))))))........))))))))))))...((((..)))).)))))))).....))))))..))))))))))))))(((((((...(((.......)))......))))))).......(((((((((.........))))))))).................)))))))))))...))))))...((((((..((((((.....(((((((((((.....)))))(((((((((((((((((((((((((((......))))))).))))(((((.....))))).....)))....))))))))........)))))..(((((......)))))..))))))..))))))...........))))))(((((((...............))))))).))).))))))))))(((((((((((((..))))))...))))))))))))))))((((.........)))).....))))))).(((((...))))))))......(((((((...((((.....))))....(((((((((.......))))).....(((((((.......((((((....)))))).......))))))).....)))))))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.(((.((.((((..(((.(((..((((.((..((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((.((.(((....(((((..(((((((((((....)))))))).(((((....))))).)))..(((.(((.(((((......))))).)))..)))........((....))..))))).((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((((..(((((.(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((.((((.(((((((((..(((((((((((((....)))))))))).)))........((....(((((((..(((((((((((((((.((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).)))))))))))))))..((....((((((...(((((((..((..((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))....))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((....(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).))))).))))))..(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...)))))))..............((((((.......)))))).)).)))))))))..))))....(((.((((..((((((((((((((.((((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((....(((((((..((....((((.((....))..))))..((.....(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))...)).))..)))))))..((.((((.((........))))))..))...)))))))))).((((..((((..(((......)))..))))((((..((....))..)))).))))......))))))....))))))))..)))))).))))..((((....))))..((((((((((((((.....)))))))))))).)).)))..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......))).)).))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....((((((((((((...(((((.(((((.(((..(((((..........)))))...)))..(((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......)))))..))))).))))).((((((((.((.(((...(((......(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).....))).))).))))).)))))...)))..))).))).))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).)).)))).)))..))).))))))))).....((((((((((..(((((((((......))))))).))..(((((.....))))).....)))....))))))))))))).(((((((....))).)))).(((..((((.((....(((((.(((((((((.(((((((((((((..((((.(((((.((....))......)))))((((.((((((((((((....))))))...)))))).))))..)))))))))......(((((...........)))))..))))).)))))......)))))))....)))))..)).))))..)))(((((.[[[[[.))))).(((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....))))..]]]]]
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..(((((..(((.((.((((..(((.(((..((((.((..((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((.((.(((....(((((..(((((((((((....)))))))).(((((....))))).)))..(((.(((.(((((......))))).)))..)))........((....))..))))).((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((((..((((((.((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((...((.(((((((.((((((((((((((((....)))))))))).)))...)))))))....(((((((..(((((((((((((((.((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).)))))))))))))))..((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((..(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))).(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...)))))))...............((((((.....((((.(.((((....((((..((..((((((((...........))))))))....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((....(((((((..((....((((.((....))..))))..((.(...(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..))).))..)))))))..((.((((.((........))))))..))...)))))))))).))))).))....(((......)))))))((((((....)))))).)))).).))))..)))))).))).))..(.((((......(((((....(....).....)))))((((((((((((.....)))))))))))).)))).)..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......))).)).))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....((((((((((((...(((((.(((((.(((..(((((..(....)..)))))...)))..(((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......)))))..))))).))))).((((((((.((.(((...(((......(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).....))).))).))))).)))))...)))..))).))).))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).)).)))).)))..))).)))))))))..(((((((((.(((..(((((((((......)))))).)))..(((((.....))))).....(((((..((...((((((((.(((((((....))).))))......((((.((....(((((.((((((((.(.((((.(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))....)))))..)).)))).))))))))..(.(((.((((((......))))))))).)..)))))))...))).))))))))).)))))..))))))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(.((((..(((((((....((((......)))).....((((.(((((.(((.(.....)..)))...........((((((((((......((....))..............((((((((....)))))))).)))))))))).(((((((..((..(((.(((((......))))).)))...))........((....))..)))))))....((((((((.((..(....((..((....((((((((.....))))))))..(((((..(((((.(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))..)))))...((((((.(((.(((((((..(((((((...(((((((....))))))).............(((....)))......((((....((....))....)))).......(((((((.((((...........((((........))))......(((((((((((((....)))))))))).)))............((((((((...(((((((((((((((.((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).)))))))))))))))........((((((...(((((((..((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).))..))))))).(((.....)))......)))))).....)))))))).))))....(((((((..((((.(((((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).))..(((((((..((....))..)))))))..((((((((...((((...((((((((..((((((((....((((((.((((.........(((((((((((...(((.....)))..)))))))))))((((......)))).))))..)))))).......((((((.((((((((.....))))))))...((((..((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))....((((((...............(((((.......))))).((((....(((....))).(((((((...........)))))))....))))...(((..(((...(((....)))...)))..)))...))))))......(((.(((..(((((((((((((..((((((..((....((((.((....))..))))..((.(...(((.(((....((((((((((((((((.(......).))))))).....)))))))))))).)))..))).))..))))))...(((((.(((((((.......((((..((((....(((((....)))))((((..(((......)))..)))))))).))))(((.(((((.((((((....((((((((.((...(.((((......(((((....(....).....)))))((((((((((((.....)))))))))))).)))).).(((((((((((((.(((((((((.........((((((((....(((....)))......))))))))...((((........((....)).........(((((....)))))......))))...))))))))).((((((.......))))))...............(....((((((.....)))))).......).........)).))))))).)))))).))))))))..................((((((......))))))..))))))((((......(((..(.....)..)))..)))).))))))))))))))))))))))))))))))..)))..))).))).........((((((((....)))))))).....................))))..)))))).))))))))..(((((.....))))).....)).))))))...((...((((((.(((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......))))))......(....)....).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).).))))))..))))))..)))))))).....))))...............))))))).)))))))..............))))))).)).)))))))).)))))).))...)).....)....))..))))))))(((((((((((......))))))).))))(((((.....)))))...............))))).)))).(((((((....))).)))).......)))))))..)))).).((((((((.(..((((....(((.....(....)....))).....(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))..((((.....))))....(((((((((................((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))....)))).)))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..((((((((((.......((((((((((((((.........(((((((.((.((((...(((.((..(((((((....((((.(((.(((((...((..((...(((....)))((((((((....))))))))....((((.((.(((((((...(((((..(((((......))))).)))))...........((....))..))))))).)))))).))..))...)))))))))))).......)))))))..))..(((((((((((..((((((.((..((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).))))))))..)))))...))))))))))))))))))))))........(((((((....))))))).))))........)))))).))))..((.((((....((....))....)))).......((((....))))...........)).....))))))))))))).......(((..(((....)))..)))(((((((.......((((((((((((...(((((((((((((((.((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).))))))))))))))).((((....))))(((((((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..)))))))..............(((((((.(((((((((..(((.((((((...(((((((..((((.(((((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).))..(((((((..((....))..)))))))..((((((((...((((...((((((((..((((((((..(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))).....(((((((.((((((((.....))))))))..(((((..((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))....((((((..............((((((.......))))))((((...((((....))))(((((((...........)))))))....))))...(((..(((...(((....)))...)))..)))...)))))).......((((((((((.((((((((((..((((((.((.((((((((.((....))..)))).)))))).............((((((((((((((((.((.....))))))))).....))))))))).(((((....)))))..))))))...((((((.((((((.......((((..((((....(((((....)))))((((..(((......)))..)))))))).))))(((.(((((.((((((....((((((((.((.....((((......(((((.....(((....))))))))((((((((((((.....)))))))))))).))))...(((((((((((((.(((((((((.........((((((((....(((....)))......))))))))...((((.(((..((((....)).))..))).(((((....)))))......))))...))))))))).((((((.......))))))........(((...(((...((((((.....))))))......)))...)))..)).))))))).)))))).))))))))..................((((((......))))))..))))))((((.....((((..((...))..)))).)))).))))))))))))))))))))))))))))))....((((((....))))))...((((((((....))))))))))))).)))))..........))))).)))))))))))))))..(((((.....))))).....)).))))))...((((.((((((..((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......)))))).....((......)).).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))...))))))))))))))..)))))))).....)))).(((.....)))...)))))))...)))))).)))..))).))))))((((.((.......))..))))..)))))))...))))..)))))))))).)).((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).......)))))))...((((((((.(((((((....))).)))).((((((...((((...))))..))))))....((((((((..((((........))))......(((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..))).......)))))))).((((.....))))....))))))))..(((((...(((((..((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))..)).))).)))))