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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 2XQD_Y



RNA: 2XQD_Y
Rfam family: tRNA

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Reference structure (std) [ sec struct ] ((.((((..((((........))))((((((.......))))).)...(((((.......))))))))).))....
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((({{.[)(......])}.(((((((.....))))))})..)(((((.......))))))))))))....
           (          )                                                     
         (              )                                                   
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............(((((((((.......))).))))))(((((.......))))))))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((............................................................))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............(((((((((.......))))).))))(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............(((((((((.......))))).))))(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(........)(((((((((.......))))).))))(((((.......))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((..[[[[..)))).(((((..]]]].))))).....(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..))))))((((((((((((((((...)))))).))))))).))).))))))))))....
MCFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.((..)).))).(((((.((((((.((...)).))).))).))).))..)).)))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).((.((.......))))......(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))((((((.......))))).)...((((((....).))))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............(((((((((.......))).)))))).((((.......)))).)))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............(((((((((.......))))).))))(((((.......))))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.(.........................................(..(..........(......).).)).)..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................((((((((.......))))).))).(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))).)))))))....