CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3ADB_C



RNA: 3ADB_C
Rfam family: -

GGCCGCCGCCACCGGGGUGGUCCCCGGGCCGGACUUCAGAUCCGGCGCGCCCCGAGUGGGGCGCGGGGUUCAAUUCCCCGCGGCGGCCGCCA
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((..((((([..(.])))))((((((.......))))))(((((((....)))))))((((..)....)))))))))))))....
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((..(((((([[()))))))(((((((.....)))))))(((((((....)))))))(((((]..)].)))))))))))))....
                   (                                                  )                     
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] N/A
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((.(((((.((((((.......)))))).((((((....))))))))))).)))...)))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((....))))))((((((.......))))))(((((((....)))))))((((.......)))))))))))))....
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((....))))))((((((.......))))))(((((((....)))))))((((.......)))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((....))))))((((((.......))))))(((((((....)))))))((((.......)))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((....)))))).(((((.......)))))((((((((....))))))))(((......)))..)))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((....))))))((((((.......))))))(((((((....)))))))((((......)))).)))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((....))))))(((((((....).))))))(((((((....)))))))((((......)))).)))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((....))))))((((((.......))))))(((((((....)))))))((((......)))).)))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((....))))))((((((.......))))))((((((((..))))))))((((.......)))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((....))))))((((((.......))))))(((((((....)))))))((((.......)))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((..(((((((..(((((.((((((.......)))))).((((((....)))))))))))..))...))))).)))))).))).
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((...(((((.((((((.......)))))).(((.....))).....)))))....)))))..)))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((..(((((((..(((((.(((((((....).)))))).((((((....)))))))))))..))...))))).)))))).))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((.((((((....))))))((((((.......))))))(((((((....)))))))((((.......))))..)))))..))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((....))))))((((((.......))))))(((((((....)))))))((((.......)))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....((((....((((..(((((((....).))))))(((((((....))))))))))).......)))).))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((....))))))((((((.......))))))(((((((....)))))))((((......)))).)))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).(((((((....))))))).(((.......))).)))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((........))))((((((.......)))))).((((((....)))))).((((.......))))(((.....)))..