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| Reference structure (ext) |
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Afold
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Carnac(20)
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Contrafold
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HotKnots
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MXScarna(20)
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Mastr(seed)
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Mastr(20)
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McQFold
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Murlet(20)
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PETfold_pre2.0(seed)
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PETfold_pre2.0(20)
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Pknots
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PknotsRG
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RNASampler(20)
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RNAalifold(20)
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RNAfold
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RNAshapes
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RNAsubopt
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Sfold
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UNAFold
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Vsfold4
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Vsfold5
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