RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3GX2_A

RNA: 3GX2_A
Rfam family: SAM

			GGCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGACGAAACCCGGCAACCAGAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGCGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCG
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((((((......(((...(((...[[)))......))).(((..(((....))).)))...(]]..(((((....)))))..))))))))).
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((..({(.((((.((((.<<<<.))...).)))))(})..((((..))))...).).(>>>>((((((..))))))..))))))))).                                            (             )                                                           (     )                                                                                                            (               )                                                                 (                              )                                                (                         )
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((.(((((((........)))..((((....)))))))).))))).(((((....)))))...)))))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((............................................................(((((....)))))...)))))))).
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((......))))))........(((((....)))))...)))))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((......))))))........(((((....)))))...)))))))).
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......((((..(((.....)))..)...))).(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....(((.(..(((.....)))..).......((((.(((....)))))))....))).(((((....)))))...)))))))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(.(((((((((((((((((..).))))))))).(.(((((..))))))))))))))((((((((..))))))))))))))))).
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(.(((.(((.(((..(.((..).).)..)))..(.((((....)))))))).))))(.(((((....))))).).)))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...(..((((.((((.....)))).)...))).((((.((((.).)))))))...)....((((((..))))))...)))))).).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...(..((((.((((.....))))....))))..((.((((....))))))....)...((((((....))))))..)))))).).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((............(((..((((.....)))).....))).(((.(((......))))))........((((((.........))))))...))
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......((((..(((.....)))..)...))).(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((.(((((((........)))..((((....)))))))).))))).(((((....)))))...)))))))).
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((............(((.....)))..........(((.(((......)))))).........................))))))...
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((............(((.....)))..........(((.((((....))))))).........................))))))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..(((.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))...))...(((((....)))))...)))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(.(.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))....)...(((((....)))))...)))))))).
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(.....)..(((((.(((((((........)))..((((....)))))))).))))).(((((....)))))...)))))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....(((((..(((.....)))..))......(((.((((....)))))))....))).(((((....)))))...)))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((((((...........))))..((((....)))).....))))).(((((....)))))...)))))))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).....((((....))))...........(((((....)))))...)))))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((......(((...(((.....)))......))).(((.(((......))))))........(((((....)))))...))))))...
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((...(((.....)))......))).(((.(((......))))))........(((((....)))))...)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....(((.(..(((.....)))..).......((((.(((....)))))))....))).(((((....)))))...)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((...(((...(((.....)))......))).((((.(((....))))))).....)).(((((....)))))...)))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........(.(((((.(((((((........)))..((((....)))))))).))))).)((((....))))....)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.............................................................................)))))).).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...........................................(..............)..................)))))).).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........(..(((.....)))..).......(((.((((....)))))))........(((((....)))))...)))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....(((.(..(((.....)))..).......((((.(((....)))))))....))).(((((....)))))...)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........(((.((.((((...........))))..((((....)))).))...)))..(((((....)))))...)))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((............((((((((...........))))..((((....))))......)))).(((((....)))))...)))))))).

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