|
|
|
CACGCACAGGGCAAACCAUUCGAAAGAGUGGGACGCAAAGCCUCCGGCCUAAACGGCAUUGCACUCCGCCGUAGGUAGCGGGGUUACCGAUGG |
| Reference structure (std) |
|
[ sec struct ] |
((((......([...((((((....))))))..(])...(((.((((((((..((((..........))))))))).)))))))...)).)).
|
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((......({...(((((((..)))))))..(}).(.(((.([[(((((..((((..........)))))))))))]].))))..)).)). ( ) ( ) ( )
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((.....((...((((((....))))))...))..(((((((.((((..(((((..........))))))))).).))))))...).))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......((((...((((((....))))))...))..((((((..(((((..((((..........)))))))))...)))))).))..)). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((...((((((....))))))...))...(((.(((((((..(((((..........)))))))))..))))))......... |
|
CentroidFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((...((((((....))))))...))...(((.(((((((..(((((..........)))))))))..))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((...((((((....))))))...))...(((.(((((((..(((((..........)))))))))..))))))......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((..((((...((((((....))))))...))..(((((((.((((..(((((..........))))))))).).)))))).))..)). |
|
MCFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((..((.((((.((((((....))))))(.((..(.(((...))).)...)).).)))).))..))(((.((((((...)))))).))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((((((..)))))))(((((((((((...))))))).))))))))))))))))((((((((((...)))))))))). |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((..((((...((((((....))))))...))..((((.(((((((..(((((..........)))))))))..))))))).))..)). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((...((((((....))))))........))))(((.......)))(((((.(((((((........)))))))...))))). |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.....))...((((((....))))))...((((......[[(((.....))).))))(((((((........)))))))...]].... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((...((((((....))))))............[[[))))...]]](((((.(((((((........)))))))...))))). |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((....................................(((.........)))(((.......)))))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((..((((...((((((....))))))...))..(((((((.((((..(((((..........))))))))).).)))))).))..)). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((........((...((((((....))))))...))..((((((..(((((..((((..........)))))))))...)))))).....)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((..((((...((((((....))))))...))..(((((((.((((..(((((..........))))))))).).)))))).))..)). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((..((((...((((((....))))))...))..(((((((.((((..(((((..........))))))))).).)))))).))..)). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((..((((...((((((....))))))...))..((((.(((((((..(((((..........)))))))))..))))))).))..)). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((......(((....))).(((..........))).))))..(((((..........))))).(((((.....)))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((......(((....))).(((..........))).))))..(((((.......[[[))))).(((((.]]].)))))..... |