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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3IYQ_A

RNA: 3IYQ_A
Rfam family: tmRNA

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	N/A
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((.(((((((((...((((((((((((.(((((((.(.(((((((............)))))))..((((....))))................((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..))))))........)))))..))..).))))))))))))...((((.(((...)))....)))).....((((((((.(((((....)))))...))))))))..........(((((.......)))))...))))).)))).)))))).......(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((((((.(((((((((((.((((((((((((.(((((((.(((((((((............)))))))..((((....))))................((((((.(....).))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..)))))).......))))))..))..).))))))))))))...((((((((...))))...))))))((.((((((((.(((((....)))))...))))))))))........(((((.......)))))...))))).)))).)))))))).....(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((.(((((((((...((((((((((((.((.((((((((((((((............)))))))..((((....))))................((((((........))))))))))).(((((((((((....)))))).))))).(((.(((.......))).))).)).)).))))))))))))...((((...(((...)))...)))).((.((((((((.(((((....)))))...))))))))))..((((...))))..((((....)))).))))).)))).)))))).......(((((......))))).)))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....))..((((((((..((((((((((((.((.((((.(((((((((............))))))...((((....))))................(((((((.....).))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..))))))......))))))).....)).))))))))))))...(((((..((((((((...(((((((..((((((((.(((((....)))))...))))))))....((((...))))..((((....)))).))))).))...)))..)))))..)))))...))))))))..)))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((.(....((..((((((((((((((((.........)))))......................................((((....((........))))))(.(((((((((.((((.......)))).)).)).))))).)...............(((((...................)))))...................((((((((.((.........).).)..))))))).....................)))))))...))..))))...))))))))....(((((.......))))))))))))....
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((.((((((.(((((((((...((((((((((((......((((((((((((............)))))))..((((....))))................((((((.((...))))))))))))).(((((((((((....)))))).))))).(((.(((.......))).))).......))))))))))))...((((((((...))))....)))).((.((((((((.(((((....)))))...))))))))))..((((...))))..((((....)))).))))).)))).)))))))).....((((((...).))))).)))))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(((((((.....................(((((.........)))))................................................................................(((((.........................))))).....((((.................))))....................(((((((((.(((........)))...)))))))))..........................................)))))))................................
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......((((((.(((((((((...((((((((((((.((.((((...(((((((............))))))).))))....(((((................((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..))))))..........))).))..)).))))))))))))...((((((((...))))...))))..((.((((((((.(((((....)))))...))))))))))..((((...))))..((((....)))).))))).)))).))))))))).((.(((((........)))))...)).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((.((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((............)))))))..((((....))))................(((((((.....).))))))))))).(((((((((((....)))))).))))).(((.(((.......))).))).)).)).))))))))))))...((((((((...)))))..))))))((.((((((((.(((((....)))))...))))))))....(((.....)))))((((....)))).))))).)))).)))))).......(((((.......))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........(............................................................................................................................................................................................................(...(((((.(.(...(.....)...(((....)))(.........)..(............).....................).....).))))).)).((.((.......).))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....))..((((((((..((((((((((((.((.((((....((((((............))))))...((((....))))................(((((((.....).))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..)))))).........)))).....)).))))))))))))...(((((..(((((((....((((((...((((((((.(((((....)))))...))))))))............(((.....)))........)))).))....))..)))))..)))))...))))))))..)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....))..((((((((..(((((((((((...(((....(((((((((............))))))...((((....))))...))).....)))..((((((........))))))(((((((((((((((((....)))))).)))))..)))))).......(((((.....))))))))))))))))...(((((..(((((((((..(((((((..((((((((.(((((....)))))...)))))))).....(((...((((.....)))))))...))))).)).))))...)))))..)))))...))))))))..)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.....((((....)))))))))...((((((....))))))..(((((((((............))))))...((((....))))...)))......(((.((((((........))))))......(((((((((((....)))))).))))).)))(((........))).(((.((((((((.............))))))))..)))....(((((.....)))))(((.(((((....)))))...))).(((((.....(((.(((((.......)))))..(((.((.......)).))))))...(((((........))))).)))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.......(((....))).((((((((((((((....))))))..(((((((((............))))))...((((....))))...)))..........((((((........)))))).)))).(((((((((((....)))))).)))))...((((........))))....((((((((.............))))))))...................((((((((.(((((....)))))...)))))))).....)))).(((((.......)))))..(((.((.......)).)))......((((..........)))).....)))).

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