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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3IZ4_A

RNA: 3IZ4_A
Rfam family: tmRNA

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((.(((...(((((((..(((..(((....)))..)))((((((............)))))).........)))))))...((...(((((((((((((((...(((((.((....)))))))...))))))))))..(((((((((..(((........)))..)))))....))))((((............))))((((...((((((....))))))...)))).....((((.((((((..((((((((((.(((.(.....)))).))))))))))....)).....)))).))))...)))))..))....)))..))).)))))).(((((.......))))))))))...))
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..................................(((((((......................................................................................................................................................................................................................((((((((((((((........))))))))))))))...................)))))))..........................(((((.......))))))))))))...
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................(((((((.....((((.(((..(((((......((((((............))))))...................................((((.........................)))).............((((.((((........)))).)))).............................((((((((..............))))))))..................((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))).....))).))))....)))))))...............................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((((((((...........(((.(((((......(((((..............)))))...................................((((.........................))))......(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))...............................((((((.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))....)))..........))))))))..............................
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(.......................(((..(((....)))..)))(((((..............)))))........((((....)))).........((((((((((.(.(((((.((....))))))).).))))))))))(((((((((((.(..(((.......))))))))....)))))))..................((((...((((((....))))))...)))).....((((.((((....((((((((((.(((........))).))))))))))...........)))).)))).............................)..(((((.......))))))))))))...
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(.......................(((..(((....)))..)))(((((..............)))))........((((....)))).........((((((((((.(.(((((.((....))))))).).))))))))))(((((((((((.(..(((.......))))))))....)))))))..................((((...((((((....))))))...)))).....((((.((((....((((((((((.(((........))).))))))))))...........)))).)))).............................)..(((((.......))))))))))))...
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((..(.............(((..(((....)))..)))((((((............))))))........((((....)))).........((((((((((.(.(((((.((....))))))).).))))))))))(((((((((((.(..(((.......))))))))....)))))))..................((((...((((((....))))))...)))).....((((.((((.((.((((((((((.(((........))).))))))))))........)).)))).)))).................)...)))).))))).(((((.......))))))))))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((.(((.(((.(((((......(((..(((....)))..)))((((((............))))))........((((....)))).........((((((((((...(((((.((....)))))))...))))))))))(((((((((((..(((........)))..)))))....)))))).............))))).))).)))..)).((((((((((..........))))...))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))..............((((......)))).((((((.........))))))..(((((.......))))))))))))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((.(((...(((((((..(((..(((....)))..)))((((((............)))))).........)))))))...((...(((((((((((((((...(((((.((....)))))))...))))))))))(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))..................((((...((((((....))))))...)))).....((((.((((((..((((((((((.(((........))).))))))))))....)).....)))).))))...)))))..))....)))..))).)))))).(((((.......))))))))))))...
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..............(((((((.(...((((((((((((((((((((.........))))).........................................(((..((((......((.........))......))))..)))..((((((((((.((............)).)))))....)))))...................(((.((((((..........)))))).)))..................((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))))...))))))))...))))))))....(((((.......))))))))))))...
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((.........(.((((((...((..(((....)))..)).((((((.((...))....)))))).........)))))).........(((((.((((..(((...((.(...........).))...)))..)))).(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))................................((((......(..((......).)..)))))....(((((((((.(((.(.....)))).)))))))))......................................)))))..))))))..(((((.......))))))))))))...
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((.(((.(((.(((((......(((..(((....)))..)))((((((............))))))........((((....)))).........((((((((((...(((((.((....)))))))...))))))))))(((((((((((..(((........)))..)))))....)))))).............))))).))).))).))..((((((((((..........))))...))))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).............................(((((...........)))))..(((((.......))))))))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.......))))))...(((((.......(((((((..((((((((((..[[[[[.....))))))........((((....)))).....((((...(((((((((((((((.........)))))...))))))))))(((((((.......(((((.........)))))....)))))))....................))))...))))((((((.....................))))))..((((((((((((((....))))....))))))))))...................)))))))....]]]]].........)))))...(((((.......))))))))))))...
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(((((..............(((((((((.((((.(((((..............)))))........((((....))))......................................................))))...(((...................)))..........((((.............................((((((.((....))............))))))..((((((((...(((........)))...)))))))).............))))..))))))...))).............)))))..............................
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((.(((...(((((((..(((..(((....)))..)))((((((............)))))).........)))))))...((...(((((((((((((((...(((((.((....)))))))...))))))))))(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))..................((((...((((((....))))))...)))).....((((.((((((..((((((((((.(((........))).))))))))))....)).....)))).))))...)))))..))....)))..))))).)))).(((((.......))))))))))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........(((.(((.(((((......(((..(((....)))..)))((((((............))))))........((((....))))....[[[[[((((((((((...(((((.((....)))))))...))))))))))(((((((((((..(((........)))..)))))....)))))).............))))).))).))).....((((((((((..........))))...))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))..(((...............)))]]]]].((((((.........))))))..(((((.......))))))))))))...
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........................(((..............)))((((((............))))))........((((....)))).....((((.............((((...........)))).............(((((((((((..................))))....)))))))......(((............))).......((((((.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))..............((((......)))).........))))............................)))))))...
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................(((((((....................(((((.........)))))........................................................................................................(((((..............................)))))...((((......................))))..................(((((((((..(((........)))..))))))))).........................................)))))))...............................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(((((..............(((.((((((((((.........))))).......((((........((((....)))).........(.....((((.........................))))......(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))..................).))))........(((((.....................)))))...((((((((...(((........)))...))))))))...................)))))....))).............)))))..............................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((.(((...(((((((..(((..(((....)))..)))((((((............)))))).........)))))))...((...(((((((((((((((...(((((.((....)))))))...))))))))))(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))..................((((...((((((....))))))...)))).....((((.((((((..((((((((((.(((........))).))))))))))....)).....)))).))))...)))))..))....)))..))).)))))).(((((.......))))))))))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((((((.......))))))).)).....((..(((((..(((..(((((((((............))))))........((((....)))).........((((((((((...(((((.((....)))))))...))))))))))(((((((((((..(((........)))..)))))....)))))).....)))..(((.....((((...((((((....))))))...)))).....))).....)))..((((((((((.(((........))).))))))))))..((((..((.....))..))))...)))))..))..........)).(((.(((((.......)))))....)))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((((...(((.(((((((..(((..(((....)))..)))((((((............)))))).........))))))).(((.........((((((((((...(((((.((....)))))))...)))))))))).((((((((((..(((........)))..)))))....))))))))...)))........((((((...((((((....))))))...)))).....((((.((((.((.((((((((((.(((........))).))))))))))........)).)))).))))...........))........))))).)))).(((((.......))))))))))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........(.........................................................................................................................................................................................................................................(.......(........................(.......)...................(....(........)..).....)............)).(((.(.......)).)))))))))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.((((((((.((...((.......(((((......((((((.((...))....))))))......(((((.....((.(((.......(...((((.............................)))))...(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))((............)))))))..........((((((.(..............)....))))))(.((((((((((.(((........))).))))))))))..........)..))))).))))).........)).))...))))))))....))))))))........)))))))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((.............((((((..(((..(((....)))..)))((((((............)))))).........))))))..............((((((((((...(((((.((....)))))))...))))))))))(((((((((((..(((........)))..)))))....)))))).....................................................((((.((((((..((((((((((.(((........))).))))))))))....)).....)))).))))...........................)))..(((((.......))))))))))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((..(((((((....((..(((((((((...(((((.....))))).......(((((........((((....))))..((((((((..(((((((((((((((.((....)))))))...))))))))))(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))..........(((.....((((...((((((....))))))...)))).....))).....)).))))))....)))))..(((.(((.((((((....)))...)))...))).)))...))))))...)))..)).)))..))))..))...(((((.......))))))))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((((.......)))))).((((..........)))).(((....))).((((((..........)))..........((((....))))...))).....((((((((...(((((.((....)))))))...)))))))).((((.((((........(((.((....))))).((((......))))..........))))..((((...((((((....))))))...))))............))))..((((((((((((((....))))....))))))))))..........(((.((.......))))).(((((...........)))))..(((((.......))))).))))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((((.......)))))).((((..........)))).(((....))).((((((..........)))..........((((....))))...)))...((((((((((...(((((.((....)))))))...))))))))))..(((((.(((((.........))))).....((((......)))).........)))))..((((...((((((....))))))...))))....(((..........)))..((.....)).((((...........))))..(((((((.............)))(((..........))).......))))...(((((.......))))).))))))...

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