RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3IZF_C

RNA: 3IZF_C
Rfam family: 5S_rRNA

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Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((((....(((((((......((.(((...(....)...)))...)).....))))))).(((((.......((((((((....)))))))).....))))).))))))))).
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((....((((((((....(((.(((...[(...].).)))...)))...)))))))).((((((((.()((((((((((..)))))))))).)))))))).))))))))).                           (                           )                                                                                                  (         )                                                                                                   (                             )                                                                                                                                          (                      )                                                                                  (                                            )                                                   (  )                                                                            (                      )                                                                                                                               (           )                                                                                                        ( )                                                                                                         (                                  )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))).))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...................................))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.........................................................(..........(.(((.((....)).))).)........)..))))))))).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((.(((((...((..((((............))))..))....))))).))(((((((......((((((((....))))))))....)))))))))))))))).
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((....((.((((((((....))))))))...))))))))))))))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((....((.((((((((....))))))))...))))))))))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((....((.((((((((....))))))))...))))))))))))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((....................)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((...((((.(((((......))..))).))))....))))))).((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((((((.((((((((((((((..))))))))))))))..)))))))))((((((..((.(((((((((((..)))))))))))).)))))))))))))))).
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((...((..))...))).)))))...))))))))((((((..(..(.((((((((....)))))))).)..)))))))))))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..((((((......))..)).)).)))...))))))))(((((((......(((((.((....))).))))....)))))))))))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((((((((((......))..)))))))))...))))))).((((((....((.((((((((....))))))))...))))))))))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...))))))))(((((((......((((((((....))))))))....)))))))))))))))).
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((((.(((((......))..))).))))....)))))))).(((((....(..((((((((....))))))))....)))))).))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((....................)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((((((((...((..((................))..))....))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((.(((((.....((((((...(....)...))))..))....))))).))((((((.....(.(((((.((....)).)))))..)..))))))))))))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((.(((((.....((((((((......))..))))..))....))))).))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))).....(((((((.((((((((....))))))))...)))).)))))))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((............))).)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((........(((............))).........))))))..((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((.(((((...((...(((((......))..)))...))....))))).))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))).....(((((((.((((((((....))))))))...)))).)))))))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))......((((((.((((((((....))))))))...)))).)).))))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................(..(.(...........................(..(..)).))...)..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((.(((((.....((.((.((......))...))...))....))))).))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((.(......)...))).)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))))((((((.......((((((((....)))))))).....))))))))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((....................)))))...)))))))).(((((.......((((((((....)))))))).....))))).))))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((((....................))))....)))))))).(((((.......((((((((....)))))))).....))))).))))))))).

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