CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3J16_L



RNA: 3J16_L
Rfam family: tRNA

UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA
Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((<<.[)({.{...])>>((((((.(..)..))))))..)((((((}..)}.))))))))))))....
           (          )                                                    
                     (                      )                              
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...........................................................))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.................(((((((.....)))).)))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.................(((((((.....)))).)))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(((....(((((((.....)))).))))))(((((.......))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((......)))).))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((......)))).))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((((((...)))))))))))))))..))))))))))))))))))....
MCFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(...(.(((((.((.(.(((((.(...).))))).).)).))..))).)...).))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))..((((.......)))).....(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((................(((((((.....)))).)))....((((......)))).))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((({(([[[[..)})).((((())<<<..))))).>>>.((((.......))))))))))))]]]]
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).)))))....(((((.......))))))))))))....
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........))))...(((((((.....)))).)))((.(((((.......))))))).))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((...[[[[.)))(((((((.....)))).)))]]]]((((......)))).))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.........))))........(((......((((........(((((.......))))).))))..))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..................(((((.......))))).....((((......)))).))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.................(((((((.....)))).)))...(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((.......))))))))))))....
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((...))...((..)).....))))...((((((.....)))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....))((((((...))...((..)).....))))...((((((.....)))))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................(.......................)...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((................(((((((.....)))).)))....((((......)))).))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((......)))).))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))).)))))))....