RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3J20_0

RNA: 3J20_0
Rfam family: tRNA

			GCCGCCGUAGCUUAGCUGGUGGAGCGCCGGACUGUUAAUCCGGCGGUCCCCGGUUCGAAUCCGGGCGGCGGCGCCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((..((([.....(..]))).(((((.......))))).....((.((..)....)).)))))))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((.{{{{)<..[(..}}}}.((((((.....))))))....>((((((]).)..))))))))))))....          (                                  )                                       (            )                                                                             (                       )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))........
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((............(((((((((((.......)))))))))))((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((............................................................))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).))))))))).........))))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((((((((((.......))))))))))))))))).........))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.[[(({{{{{(aaaa.aaaaaa(.<<..)))AAAAAA.((.)}}}}}.)).AAAA.))))))))]]>>
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(.((((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))))........)))))))))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...))))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).))))))))).........))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).))))))))).........))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).))))))))).........))))))))....
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MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...))))..(((.(((((((.(....)))))))).)))((((.......)))).)))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......)))).......((((.......)))).)))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((........)))..(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))).((....)).))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...))))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((...)))...(((.(((((((.......))))))).)))((((.......)))).)))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).....))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
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Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).))))))))).........))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.................(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...))))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((........)))(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))))((....)).))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))))((....)).))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.(((((((.......))))))).))))))))(((....)))))))))))....
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(....(((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))).......)..))))))))....
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((.............................................(......)..............)).).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))...).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))))((....)).))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((...)).....((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))))((....)).))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.....)))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....

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