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AUUCCGGUUGAUCCUGCCGGAGGCCACUGCUAUGGGGGUCCGACUAAGCCAUGCGAGUCAAGGGGGCGUCCCUUCUGGGACGCCACCGGCGGACGGCUCAGUAACACGUCGGUAACCUACCCUCGGGAGGGGGAUAACCCCGGGAAACUGGGGCUAAUCCCCCAUAGGCCUGGGGUACUGGAAGGUCCCCAGGCCGAAAGGGAGCCGUAAGGCCCGCCCGAGGAUGCGGCGGCGGCCGAUUAGGUAGUUGGUGGGGUAACGGCCCACCAAGCCGAAGAUCGGUACGGGCCGUGAGAGCGGGAGCCCGGAGAUGGACACUGAGACACGGGUCCAGGCCCUACGGGGCGCAGCAGGCGCGAAACCUCCGCAAUGCGGGAAACCGCGACGGGGGGACCCCCAGUGCCGUGCCUCUGGCACGGCUUUUCCGGAGUGUAAAAAGCUCCGGGAAUAAGGGCUGGGCAAGGCCGGUGGCAGCCGCCGCGGUAAUACCGGCGGCCCGAGUGGUGGCCACUAUUAUUGGGCCUAAAGCGGCCGUAGCCGGGCCCGUAAGUCCCUGGCGAAAUCCCACGGCUCAACCGUGGGGCUCGCUGGGGAUACUGCGGGCCUUGGGACCGGGAGAGGCCGGGGGUACCCCCGGGGUAGGGGUGAAAUCCUAUAAUCCCGGGGGGACCGCCAGUGGCGAAGGCGCCCGGCUGGAACGGGUCCGACGGUGAGCGCGGAAGGCCAGGGGAGCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUGGCUGUAAAGGAUGCGGGCUAGGUGUCGGGCGAGCUUCGAGCUCGCCCGGUGCCGUAGGGAAGCCGUUAAGCCCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGGCGGGGGAGCACUACAAGGGGUGGAGCGUGCGGUUUAAUUGGAUUCAACGCCGGGAACCUCACCGGGGGCGACGGCAGGAUGAAGGCCAGGCUGAAGGUCUUGCCGGACGCGCCGAGAGGAGGUGCAUGGCCGCCGUCAGCUCGUACCGUGAGGCGUCCACUUAAGUGUGGUAACGAGCGAGACCCGCGCCCCCAGUUGCCAGUCCCUCCCGCUCGGGAGGAGGCACUCUGGGGGGACUGCCGGCGAUAAGCCGGAGGAAGGGGCGGGCGACGGUAGGUCAGUAUGCCCCGAAACCCCCGGGCUACACGCGCGCUACAAUGGGCGGGACAAUGGGACCCGACCUCGAAAGGGGAAGGGAAUCCCCUAAACCCGCCCUCAGUUCGGAUCGCGGGCUGCAACUCGCCCGCGUGAAGCUGGAAUCCCUAGUACCCGCGUGUCAUCAUCGCGCGGCGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACACACCGCCCGUCACUCCACCCGAGCGGAGUCCGGGUGAGGCCUGAUCUCCUUCGGGAGGUCAGGUCGAGCCCGGGCUCCGUGAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUACGGCUCGAUCACCUCCU |
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|
| Reference structure (ext) |
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N/A
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Carnac(seed)
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|
CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
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..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..((...(((....((((....))))....))).))................(((((((..((.(.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....(((.........))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....((((((((......)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((...)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((....((.....))...)))))))))))).)))))))))).........((((......(((((...((((((((((((.((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))))..))))))))...((((((.....(((((((((((((((((((((((((......))))...)))))))))))))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..(((((((((......((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....))))))).))))....((..(((((....)))))...))................((((((.....((((((..((((((((........((........))..........(((((((...((((........(((.((((.....)))).)))......))))...((.(((...((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.((((((((((((..(((.((((....))))))))))).))))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))..))))).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....((((((((....(((.(((..((((....))))..)))...)))....))))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....((((((((.......))))))))...........))))))...............(...((((.(((..(((((((((((((..((((((((((........))))))))))..)))))))))))))..))).))))....)..........(((((((((....)))))))))............ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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|
CentroidFold
(ext)
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[ FASTA input ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.((((..(...(((.((((......(((..((.((((((((....)))))))).)))))....)))).)))....(((((((((((...(((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((.(((....))))).)))))))..((((((((.(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....))))))))(((((((((((((((.....))))....((((((...(((((....))))).))))))....))).))((((((((...)))))))).((((((((((.......))))))))))..)))))).................)))))))))))..)))))))))))))))))))))))..........(((((...(((((((((((((((((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..)))))))))(.((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).)))(((.........))).)))))))....).))))))..)))..........((((((((...(...((((.........))))...)))))))))....(((..(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..)))......))))))))).)))))................((((((((((((.(((.(((((((.((((((((((......((........))....))....(((((((((.(((((((((...((((.))))....)))))))))..)))(((.......)))((((((((((((((.((((((.((......(((((((......))))..))).((.......)).(((((((.((((..(.((((((....)))))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))))))))).)))))...)))........))))))......)))))))).))..(((((((...(.(((((((..((((....))))..)))..)))).)...)))))))((((((.....(((((((........)))))))...))))))..))))).))).(((((((.......)))))))((....))....)))))))........)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))..).))...........(((((((....))))))).............. |
|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((..(((......(((.((((......(((..((.((((((((....)))))))).)))))....)))).)))....(((((((((((...(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((.(((....))))).)))))))..((((((((.(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......(((......((((((...(((((....))))).))))))....((((((((((((((...)))))))).((((((((((.......)))))))))).....))))))....))).......)))))))))))..)))))))).))).))))))))))..........((((....[[))))......(((((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..)))))))))..(((((......((((((((((.((((((((((((((......)))))...))))))))).)))((...........)).)))))))......)))))................(((((((...((...((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((]]..)))))..))))..)))....(((((((((......{{{(((<<<<(((((((((((...((((........)))).)))....(((((((...(((((((((................)))))))))...(((((.......))))).(((((((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((....((((((....)))))).))))..))))))).....(((((.....)))))........))))).)))))).))))).............)))))))......)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..)))..)))).....))))))).((((......(((((((........)))))))....))))....)))......(((((((.......)))))))...........>>>>)))}}}.........)))))).((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).)))).................(((((((....))))))).............. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAwolf
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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