RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3J2L_3

RNA: 3J2L_3
Rfam family: 5S_rRNA

			CGGCGGCCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGUUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAAGCCGGGGACGCCGCCGGCCACUAUC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	.((((((....(((.((((.....(.((((...(.....)...))))...)....)))).).))..(((((((....((((((.((....))))))))...)))))))..))))))..........
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((.(..(((.(({(}...(((((((.).[.(...])...)))..))...)).)).).)))((((((((..((((((((.(((..))))))))))).)))))))).)))))).(.)......                                    (     )                                                                                                              (                          )                                                                                                                                       ( )                                                                                (                                      )                                                                                                                                                                                             (   )                                          (  )                                                                                                                 (             )                                                                                                             (                     )                                                                                                      (                            )                                                                                                                           ( )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((................(((((....)))))......)))))).(((...((.((....((((((.((....))))))))...)).))...))).))...........
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((.....((((.............)))).......)))))))))).............((((((((.....))))))))............))))))).........
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........................................................(((.......(.(((..((....)).))).)......)))..)))))))).........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))...((.((.....((((((.((....))))))))....)).))...))))))).........
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))(.((((((((...((((((((.....))))))))..)))))))).)))))))).........
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...))))))))))..((((((((((.((((((((.....))))))))))))))))))..))))))).........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((((((.((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))(.(((((((....((((((.((....))))))))...))))))).)))))))).........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))...(((((...(.((((((.((....)))))))).)..)))))...))))))).........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))(.((((((((.(.((((((((.....))))))))).)))))))).)))))))).........
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))))))).........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((.((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).)).))(((((((.(.((((((.((....)))))))).))))))))...))))))).........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((((((((((((...))))))))))))))..)))))))))))))(((((((.((((((((.(((..))))))))))))))))))..)))))))).........
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).))(..(((((.....((((((..(.....)))))))....))).).))))))))).........
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((.(((..........(....(((((....))))).....))))))).).....(((((....((((((.((....))))))))...)))))....))))))).........
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((((((.................(((((....))))).......))))).))....((.......((((((((......)))))))).......))..))))))).........
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))))))).........
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))...(((((((...((((((.((....))))))))..)))))))...))))))).........
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((....)((((((.............))))..)).....))))).)).............((((((.((....))))))))............))))))).........
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.{{{{..(((((((.....((((<<<(.aaaaaaaa))))..AAA..)))))))..AAA(((((((([[.((((((((.)>>>))))))))AA))))))))..)))))))]]..}}}}.
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))(..(((((...(.((((((.((....))))))))..).))))).).))))))).........
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))(..(((((.....((((((.((....))))))))....)))))..)))))))).........
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))(..(((((.....((((((.((....))))))))....)))))..)))))))).........
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((((((((.....)))(((.((.....))))).((........)))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......(((((((.....(((((.((.....))).)))).......))))))).....((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))))))).........
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......((((((.........(((....(((((....))))))))...))))))................((((((((.....))))))))............))))))).........
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).........((.....((((((.((....))))))))....))......))))))).........
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((.((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).)).))(((((((...((((((.((....))))))))..)))))))...))))))).........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))(.((((((((...((((((.((....))))))))..)))))))).)))))))).........
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(..(((((((.((..((((((.......))..))))..))...)))))))..)...((((((.(..((((((.((....))))))))..)))))))....)))))).........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.((((((((((..((((((.......))..))))..)).).)))))))).))).((((((.(.(((((((.(((..)))))))))).))))))).)..)))))).........
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................(..(..(.(............)...).....)..)......(.......).............
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))(..(((.......((((((.((....))))))))...)....)).)................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((...((..((((.............))))..))....)))))).))...(((((((...((((((.((....))))))))..)))))))...))))))).........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((((...((((((.((....))))))))..))))))))..))))))).........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((((((......)))....(((((....)))))......)))))).....((((((((...(((((((.......)))))))..))))))))..))))))).........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((((((......)))....(((((....)))))......)))))).....((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))))))).........

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