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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3J3D_C



RNA: 3J3D_C
Rfam family: tRNA

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Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((..(([.....(...])).(((((.......))))).......(((..)....)))..)))))))....
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((({{..)(<a<..()}}((((((.......)))))).).)(((((A.>..>.))))))))))))....
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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))).......
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...........................................................))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((......)))))))))...............(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((.((....)))))(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((.((....)))))(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((....))...(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((....)))))(((((.......)))))...).(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.(((((......))))).)))....(((....))).(((((.......))))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.((....))))))).(..((((.(((....)))..))))..).........)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.((....)))))))....................(((((.......))))))))))))....
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MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.(((((......))))).)))....(((....))).(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))......
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..{{{..)))).<<<<<..))...>>>>>.[[[.(((((.}}}...))))))))))))]]].
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................
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Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((....))))))))((((...........))))(((((.......))))))))))))....
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RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((....))))))......................................)))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.((....))))))).(..((((.(((....)))..))))..).........)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.((....))))))).((((...........)))).((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.((....)))))))(((.......))).......(((((.......))))))))))))....