RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3J3E_8

RNA: 3J3E_8
Rfam family: 5_8S_rRNA

			AACUCUAAGCGGUGGAUCACUCGGCUCAUGGGUCGAUGAAGAACGCAGCAAACUGUGCGUCAUCGUGUGAACUGCAGGACACAUGAACAUCGACAUUUUGAACGCAUAUCGCAGUCCAUGCUG
Reference structure (std)		[ sec struct ]	........................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]...........))))..)...)))....((.....))...........
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..................................().<((((((((.{{(.).{))).[.}(].(((..(((.}}).)......).).))....).))))>).((.....))...........                                                                   (                    )                                                                                                           (     )                                                                                 (                                                                  )                                                                                   (                             )                                                                                                          ()                                                                                                       ()                                                                                                                                     (                  )                                                                                               (                                  )                                                                   (                                                                )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(......((((.(((((........(((...(((((((..((.(((((....)))))..)).(((((((..........))))))).)))))))....)))..((.....)).))))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................(..((((((....(.(((......)))(...............)..........)...))))))..................)...........
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................((((......))))..................................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................((((.................................................))))................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((.....((((((....))))))((....((((((....))))..))..(((((((..(....)..))))))).))..........................))......
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(.........((....))((((((....(((((........)))))..(((((((..........))))))).))))))......................).......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((((((....)))))).........(((....))).......(((((((..(....)..))))))).....................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((((......(.(((((.(((..........((((...((.............))...))))..))).))))).)..(((.((.........)).)))..))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((.((((((...(((((((())))))))((....((((((....))))..))..(((((((..((()))..))))))).))........................))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((((......(((((...(((((((..((.((((........)))))).(((((((..........))))))).)))))))....)))..))........))))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((((......(((((...(((((((..((.(((((....)))))..)).(((((((..(....)..))))))).)))))))....)))..))........))))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((..((((...............(((((((....(((((........)))))..(((((((..........))))))).)))))))....................)))).))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((...)))))))))).))))((((((((..((((((..)))))))))))))).(((((((..)))))))(((..)))((((((((...)..)))))))((((....))))
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((.(.(.....).).))).).))))((((((.(..(((((....)))))).)))))).(((..((..))..)))(((..)))(((.((.........)).)))((((....))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...........................(((((((....((((......)))).............................)))))))...................(.)..))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(.....(......................(((((....(((((......)))).........(((..........))).)...)))))........................)).))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((((........(((...(((((((..(.(((((........)))))).(((((((..........))))))).)))))))....)))..((.....)).))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((...))))..)))((((((((((((....(((((........)))))..(((((((.[[[[[....))))))).)))))))................]]]]])))))...
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................(((((....)))))........................((((.((..(((.((.........)).)))..)).))))...
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................(((((.....((((........))))...(((((((..........))))))).)))))...........((((((....))..))))..
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................((.....))((.))......
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((........(((((.....(((........)))........(((.....)))...........)))))...........((.....))((.))..))).
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((..{{([[[[[[....[[(((...))aaaaaaa.)))...((((....(((((((..(((((((..)]]<<<<<))))))).AAAAAAA.>>>>>.))))))).)}}.]]]]]]))))
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((........((.(...)......(...).))((((((......)))).......(((....................)))......))))...((.....))......)....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(...).((...(....).))...........(........)(((......)))(.......(((.(.....)............)))(((....)))..)((.....))...........
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((............(((...................................................................................................))))))
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(...).(....(....)..)..........((........))..((....((((.......(((....................)))((......))..))))....))...........
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((.....)))..)))((((((((((((..((.((((........)))))).(((((((..........))))))).))))))).......((((.....)).)))))))...
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((.((((((........(((...(((((((..((.(((((....)))))..)).(((((((..........))))))).)))))))....)))..((.....)).))))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(.((((.(((((........(((.(((((((((..(.(((((.((...)))))))).(((((((..........))))))).))))))).)).)))............))))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((...((((((....)))))).................(((((((..(((((((..........)))))))...((((....))))))))))).....))))))....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((.....))).........((((((.....(((((....)))))........((((...))))...........)))))).....(((.......))).......)))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((.....))).........((((((.....((((......))))........((((...))))...........)))))).....(((.......))).......)))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................(((((.....((((......))))........(((.....)))...........)))))...........((.....))...........
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((((........(((...(((((((..((.(((((....)))))..)).(((((((..(....)..))))))).)))))))....)))..((.....)).))))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.(((((........(((...(((((((..((.(((((....)))))..)).(((((((..........))))))).)))))))....)))..((.....)).))))))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((.((((((......(.(((...(((((((..((.(((((....)))))..)).(((((((..(....)..))))))).)))))))....))).)((.....)).))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.((((((..(((..((((((..)))))).)))..))....((((((((((((((((.(((((........)))))))))).).).))))))))))))).))...(((..(..))))
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.((((....(((..((((((..)))))).)))........(((((.((((.(((((.((((..........)))))))))...).))).))))))))).))...(((..(..))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.((.....((((.....(..(((..(.....((((........))))...)....)))....)..............))))..)))))...........(.......)...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((..(((((........(((...(((((((..(..((((.(.....))))).).(((((((..(....)..))))))).)))))))....)))..((.....)).))))).))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((((........(((...(((((((.....(((((....))))).....(((((((..........))))))).)))))))....)))..((.....)).))))))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((((........(((...(((((((.....(((((....))))).....(((((((..........))))))).)))))))....)))..((.....)).))))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((.((((((......(((((...(((((((..((.(((((....)))))..)).(((((((..........))))))).)))))))....)))..))........))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.....))))..(((((.....))))).((((......((((....))))(((...(((((((..........)))))))...((((....)))).))).))))..(((....))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((......((((((....))))))........((((....))))((((..(((((((..........)))))))...((((....)))))))).)))).((((....))))

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