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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3J3F_7



RNA: 3J3F_7
Rfam family: 5S_rRNA

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Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))))...)....)))))).))(((((((.....((.((..((....)).)).))....))))))))))))))))...
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((..)((((((((....(((((((...(....)...))))..))...))))))).))(((((((.(()(((.(((.(((..)))))).))).).))))))))))))))))...
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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))))..........
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((...................................))))))...(((((((..............................))))))))))))))))...
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.........................................................(((........(.(((..((....)).))).).......))).)))))))))...
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))...
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((...((((.(((((((((((((((.................))))))))))))))).)))).....))))).......((((((.....)))))))))))))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..(((.((......))...)))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)))))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))))))))))))))...
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..........(((((((((..(((((..))))).........))))))))).))))..........)))).....(((((((.....)))))))))))))))...
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Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....((.((((.....................................))))..))(((((.......((.((.(((....))))).))......)))))))))))))....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((([[(.bbb.bb(((((((((..((((({{)))))..aaaaa..))))))))).))))<<BB.AAAAA)))]].....((((((}}.>>)))))))))))))))BBB
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))...
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Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((.(((..(.....).((((((((((....))...(....)((....))))))))))..(((....))))))))((....))((((((.....)))))))))))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.(.(....((.(((....))))).....))))))))))))))))))...
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((......((((....(((((((((..((((....)))).........)))))))))....)))).......)))).....(((((((.....)))))))))))))))...
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((............)))))...))))))))))))))))...
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((((....((..((((............))))..)).....)))))...(((((.......((.((..((....)).)).))......))))))))))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))))))))))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((......((.((((......))))..))........)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(.(((((.(((........((((((......))))..))(((((((((((((...).)))))))))))).))).))))))..(((((.(((..))))))))))))))))...
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(...(((.(((........((((((......))))..))..(((((.((((......)))).)))))...))).)))..)..(((((.((....)))))))))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................(...(................(.....)........(....)......)).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))...
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((..(..((....))..)..))...))))))))))))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..................(((.((((..((((....)))).((((..((((......))))..))))....))))))).....((((((.....)))))))))))))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.................(((((((((..((((....)))).[[[.....)))))))))..((((]]]............)))).(((((.....))))).)))))))))...