|
|
|
GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUUU |
| Reference structure (std) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))))...)....)))))).))(((((((.....((.((..((....)).)).))....))))))))))))))))...
|
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((..)((((((((....(((((((...(....)...))))..))...))))))).))(((((((.(()(((.(((.(((..)))))).))).).))))))))))))))))... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( )
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....)))))..))...))))))))).......... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......((((((...................................))))))...(((((((..............................))))))))))))))))... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.........................................................(((........(.(((..((....)).))).).......))).)))))))))... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))... |
|
CentroidFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((...((((.(((((((((((((((.................))))))))))))))).)))).....))))).......((((((.....)))))))))))))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..(((.((......))...)))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)))))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))))))))))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((..))))))))))))))..)))))))))))((((((((.((((((((.(((..)))))))))))))))))))))))))))))... |
|
MCFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((.(.((((((.(.((..((((..(((..)))..))))..)))...)))))).).)((((((...(.((.((..((....)).)).)).)..))))))))))))))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((((((.((....))))))))....))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).)))))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.((.(..(((....))).)..)).))))))))))))))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((..........(((((((((..(((((..))))).........))))))))).))))..........)))).....(((((((.....)))))))))))))))... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......((((.....................((((...............))))..............((.((.(((....))))).)).......)))))))))))))... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((.((((.....................................))))..))(((((.......((.((.(((....))))).))......))))))))))))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((([[(.bbb.bb(((((((((..((((({{)))))..aaaaa..))))))))).))))<<BB.AAAAA)))]].....((((((}}.>>)))))))))))))))BBB |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))).)))(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))(((((......(((((..((....)).))))).....))))).)))))))))... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((.(((..(.....).((((((((((....))...(....)((....))))))))))..(((....))))))))((....))((((((.....)))))))))))))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.(.(....((.(((....))))).....))))))))))))))))))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((......((((....(((((((((..((((....)))).........)))))))))....)))).......)))).....(((((((.....)))))))))))))))... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((............)))))...))))))))))))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......(((((....((..((((............))))..)).....)))))...(((((.......((.((..((....)).)).))......))))))))))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))))))))))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((......((.((((......))))..))........)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(.(((((.(((........((((((......))))..))(((((((((((((...).)))))))))))).))).))))))..(((((.(((..))))))))))))))))... |
|
RNAwolf
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(...(((.(((........((((((......))))..))..(((((.((((......)))).)))))...))).)))..)..(((((.((....)))))))))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................(...(................(.....)........(....)......)). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((..(..((....))..)..))...))))))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..................(((.((((..((((....)))).((((..((((......))))..))))....))))))).....((((((.....)))))))))))))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.................(((((((((..((((....)))).[[[.....)))))))))..((((]]]............)))).(((((.....))))).)))))))))... |