RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3J3F_8

RNA: 3J3F_8
Rfam family: 5_8S_rRNA

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Reference structure (std)		[ sec struct ]	..........................................((.((.[[.....))......(.(((......]].............)))..)...)).....((....))(((((.((.......)).))))).....................
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	....................................(.{(((((.((.[[....[))).(.].(((((.(((..]].)........)).)))).))...)))}))((....))(((((((((.....))))))))).....................                                                          ()                                                                                                                                              (                                                      )                                                                                                                                  (      )                                                                                                                           (            )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................(((((((....((((......))))..............................)))))))..................(((((((((.....))))))))).....................
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................(((((((((.....))))))))).....................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................((((......)))).......................................................(((((((((.....))))))))).....................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................((((((................................................))))))...................(((((((((.....))))))))).....................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((................(((.(.((((((((....(((((....)))))....((((((((..(....)..)))))))))))))))).)..)))........(((((((((((.....)))))))))..))....))))).))))...
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..(...............((((((((((((....(((((....)))))....((((((((..........)))))))))))))))).........))))...((((((((((.....)))))))))..))....))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((((..(...........((..(((((((((((.....(((((....)))))...(((((((((..........))))))))))))))).........)))))..))(((((((((.....)))))))))...)....))))).)))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((.......)))....)))((..((((((..........(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))..............))))))..)).((((((((.....)))))))).((((........)))).....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((...........(..(((.(.((((((((....((((((()))))))....((((((((..((()))..)))))))))))))))).)..))).)......(((((((((((.....)))))))))..))).).))))).))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.......(((((.(((((((......).))))).).)))))(((..(((((((((..........)))))))))..)))..........(((....)))((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.........((..((((((...(((((..(((((....))))).(((((((((((..........)))))))))..))....))))).))))))..)).((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((.((((.........((..(((((((((((.....(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))))))).........))))))..))(((((((((.....))))))))).))))...))))).))))...
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((.(((.(.(..((((((.(.((((((((....((((((..))))))....((((((((..(....)..)))))))))))))))).)..))).((((..)))))))..).).))).))..((((...))))).))))).))))...
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MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((((((.....................(((((((....((((......))))..............................)))))))..................(((((((((.....))))))))).....)))).))).)))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((((((((((...................((((((...(((((......))))........((((..........)))).)..))))))...........(((..))).((((((((.....))))))))..))).)))).))).)))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.........((..(((((.(((....(..(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))...)......)))..)))))..)).((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((.....(((((...(((((((((((.....((((((..))))))...(((((((((..........)))))))))))))))).........))))..(((((((((((.....))))))))..)))....)))))))))))).
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((..((((((..(((.((((((((....(((((....))))).....((((....)))).............))))))))........(((....)))((((((((.....))))))))..)))..).))))).)))....
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................((....))(((((.............))))).....................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................(((.........((((.....(((........)))........(((.....)))............))))............((....))((((.((((.....)))).))))..)))................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((.[[[[[[[[[b((<<<<<...<<<<<<<<<<<<)B).((((((..)))))).aaa((((((((.)]]{{{{{.))))))))>>>>>>>>...)))...>>>>.)>.(((((((((AAA..)))))))))...}}}}}>>>>)]]]]]]].
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((........((.(...)......(...).))((((((......)))).......(((.....................)))......))))...((....))(((((((((.....))))))))).)..((.....))........
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(....................((((..((..((........))..((....((((........(((.....)))..............((((....)))).))))...))(((((((((.....)))))))))..))......)))))......
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((((((((..............................................................................................((.((.....)).))))))))))))))))))))))))...
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................((((..((..((........))..((....((((.........(.......)................(((....)))..))))...))(((((((((.....)))))))))..))......)))).......
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.....))(((((....))(((((((.....(((((....)))))...(((((((((..........))))))))))))))))....))).(((....)))((((((((.....)))))))).((((........)))))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((.((((.........((..((((((((((((....(((((....)))))....((((((((..........)))))))))))))))).........))))..)).((((((((.....))))))))..))))...))))).))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.............(((((((((.......(((((....))))).(.(((((((((..........)))))))))).........))).))))))....(((((((((.....))))))))).)))).).))))).))))...
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((.((((.............((((((...(((((..(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))........))))).))))))....(((((((((.....))))))))).))))...))))).))))...
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.(((.....))).........(((((((....(((((....)))))..............................)))))))..................(((((((((.....))))))))).....))).............
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((....................((((((((....(((((....)))))........((((...))))...........)))))))).................(((((((((.....))))))))).....))).............
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................(((((((((.....))))))))).....................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................((((..(((((((((.....((((......))))........(((.....)))............))))))..........((....))(((((((((.....))))))))).....)))..)))).......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.........((..((((((...(((((..(((((....))))).((.((((((((..........)))))))))).......))))).))))))..)).((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((((.........((..((((((...(((((..(((((....))))).(((((((((((..........)))))))))..))....))))).))))))..)).((((((((.....))))))))..)).))).))))..))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.........((..((((((((((((....(((((....)))))....((((((((..........)))))))))))))))).(...)...))))..))(((((((((.....))))))))).)))).).))))).))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.......((..(((..((((......)))).)))..)).((((((((.((((((((((((((((..(......))))))))))))))).)).(...)(((((..)))))((((((((...))))))))))).).))))...)).))))...
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.............(((..((((......)))).))).....((((((((.(((((..(((((((((..........)))))))))..))).))......(((((..)))))((((((((...))))))))))).).))))......))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................(.....(...((......(((..))).......))..).)..............................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((.........))........((((..((((((.((.....((((......)))).....))...)))...(((.......(......((((....))))..)....)))(((((((((.....))))))))).)))......)))).......
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.........((..(((((.(((.......(((((....)))))....((((((((..........))))))))...........)))..)))))..))(((((((((.....))))))))).)))).).))))).))))...
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.................((((((((....(((((....))))).....(((((((..........))))))).))))))))........(((....)))((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))...
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((............((...((((((((....(((((....))))).....(((((((..........))))))).))))))))....))..(((....)))((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.........((..(((((((((((..((.(((((....))))).(.(((((((((..........)))))))))).))..))..)))).)))))..)).((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((...(((((.(((((......))))).......(((((....)))))........((((..........)))).))))).((((....)))).......))).((((((((.....)))))))).((((........)))).....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((......(((((..{{{{)))))(((....(((((....))))).....(((((((.......[[[))))))).)))((((....))))..]]]}....(((((((((.}}}.))))))))).(((........))).)))).

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