 | ||||||||||||||
| ||||||||||||||
 | ||||||||||||||
RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3J3V_B
RNA: 3J3V_B
Rfam family:
5S_rRNA
| UUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGCAAG | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | ((((((.(.....((((((((.......(((...............)))........)))))).)).((.......((.(((((...))))).)).......))...).)))))).... | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
(([[[[[[.(.[)[[[[[[[[[.)]((((((..[.([....).].)]))..)))...]]]]]].]]..((((.(((((((((((...)))))))))).)))))]..].]]]]].).(.) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| CMfinder(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ........(....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............((((....))))............)............... |
| Carnac(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((.....((((((....................................))))))................(((((...))))).............)))))))))).... |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((.........................................................(((......(.(((((....)).))).)......))).)))))))))).... |
| CentroidAlifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((..........((((....)).))..........))..))))))))).... |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((...((((((((...((..((((((.......)))..)))..))....)))))).)).(((((....)))(((((....))))).........)).)))))))))).... |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((...((((((((...((((((((((.......))..))))))))....)))))).))....(......)((((((....))))))...........)))))))))).... |
| CentroidHomfold‑LAST | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((.....((((((.......((((((.......))..))))........))))))..................((.....))(((((....))))).)))))))))).... |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((...))))).))....)).))..))))))))..... |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((...((((((((...((..((((((.......)))..)))..))....)))))).)).((.((....))((((((....))))))........)).)))))))))).... |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((...((((((((...((..((((((.......))..))))..))....)))))).)).(((((....)))))(((...)))((((......)))).)))))))))).... |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))).... |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((.....((((((......[[((...[[..........)).........)))))).....{{{{]]..}}}}]]........(((((....))))).)))))))))).... |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((.....(((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).).(((((.....((((((.(....)))))))....))..)))))))))))).... |
| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((...((((((((....(((((((((.......)))..)))..)))...)))))).)).((.((....((((((((...))))))))....)).)).)))))))))).... |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....................................................................................................................... |
| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((......((((((........(.................).........)))))).............(.((((((.....)))))).)...........))))))))).. |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((((...((((((((...((..((((((.......))..))))..))....)))))).)).(((((....)))))(((...)))((((......)))).)))))))))..... |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))...............((((((....))))))...........)))))))))).... |
| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.......((((((.......((((.............))))........))))))....((.......(..(((.......)))..).......))...)))))))..... |
| NanoFolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((...(((..[[[[[[..{{((((<<<..<<<<<<<<))))..>>>..aaaaaa...))).]]>>>>>}}aaaaaa]]]]AAAAAA.AAAAAA.>>>)))))))))).... |
| PETfold_2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))((((((..(.(((((((....)).))))).)..)))))).))))))))).... |
| PETfold_2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((....(((((((((...)((((((((.......))..))))..))....)))))).))(((.......((.((((....)).)).)).......)).)))))))))).... |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))((((((..(.(((((((....)).)))))..).)))))).))))))))).... |
| PETfold_pre2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((....(((((((((...)((((((((.......))..))))..))....)))))).))(((.......((.((((....)).)).)).......)).)))))))))).... |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((...(((((((((.......)((((.......))))((....))....)))))).)).(((((....)))))((.....))(((((....))))).)))))))))).... |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((...((((((((...((..((((((.......))..))))..))....)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))).... |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((...((((((((.(.....((((.............)))).......))))))).)).(((((....)))))(((...)))(((((....))))).)))))))))).... |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))....(((((....))))).........(((((....))))).)))))))))).... |
| RNASampler(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))................(((((...))))).............)))))))))).... |
| RNAalifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.....((((((((.....((((((..(......)...))))..))....)))))).))(((.((....(..(.((....))..)..)....)).)).).)))))))).... |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))).... |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((.((((.....((......)).........(((....)))..)))).((((((....(((...)))...((((((....)))))).))))))....)))))))))).... |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((...((((((((.........((((.......))))((....))....)))))).)).(((((....)))(((((...)))))..........)).)))))))))).... |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((((.....((((((.(.((..((((.............))))..))...))))))).(((((..........(((((...)))))..........)).))))))))).))). |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((((.....((((((.((((..(((((((.......)))))))..)).).))))))).(((((((((..(...(((((...)))))...)..)))))).))))))))).))). |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((((...((((((((....(..(((...............)))..).....)))))).)).((.........((((((....))))))........)).)))))))))..... |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((...((((((((...((..((((((.......))..))))..))....)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))).... |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((((((................(((.((((.......))))...((((.......))))....(((((....))))).))).....(((((....))))).))))))))...... |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((((((................(((.((((...[[[[))))...((((.......))))....{{{{{]]]]}}}}}.))).....(((((....))))).))))))))...... |