RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3J5B_1

RNA: 3J5B_1
Rfam family: tRNA

			GGGUGAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCACCUCCCUUACAAGGAGGGGGUCGGCGGUUCGAUCCCGUCAUCACCCACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((.(..((((........))))...(((.......))).......(((((.......)))))).)))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((([{{.{)<..ab..}]}}((((((.......))))))...>ccccccAB.C..CCCCC)))))))....            (          )                                                                           (                       )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....(((........))))))))(((((.....)))))....(((((.......)))))...........
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..............................................(.......).....))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......)))))(((((((....)))))))....)))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......))))((((((((....))))))))...)))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.....[[[[[)))..]]]]]..........((((((((....))))))))...)))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(((...)))(((((.....))))).......((.((((((((....)))))))).)).))))))....
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IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....[[[.))))..{{]]]........}}.((((((({{..)))))))}}..)))))))....
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MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((...)).(((((.....))))).......((.(((((((......))))))).)).))))))....
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Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
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PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
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Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))(((.(((((.....)))))))).(((((.......))))))))))))....
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RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((((..........)))))).(((((.......))))))))))))....
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((............................................(...............(...).)....)).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...........(((((.....))))).......((.((((((((....)))))))).)).))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...........(((((.....))))).......((.((((((((....)))))))).)).))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).(((((((.....)).)))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........))))..(((((((.....)))))))..(((((.......))))).))))))....

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