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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3J5N_W



RNA: 3J5N_W
Rfam family: tRNA

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Reference structure (std) [ sec struct ] (((((((..(((...........))).(((((.......)))))......(.((.......)).).)))))))....
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((([{{..)<..ab...b]}}((((((.......)))))).B.>cc.cccAB.C..CC.CC)))))))....
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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((.((.......)).)))))))).....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))......................)))))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...............................................(.......).....))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))((((...........))))...)))))))....
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........))))...(((.......)))((((((...........)))))).)))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))(((..............)))..)))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))((((...........))))...)))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((...[[[[..))))..]]]]........((((((((...........))))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((.........))))))............(((((((((........).))))))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........))))..............(((((((((........).))))))))))))))....
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MCFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..)))))..(.((((((((.(.(((((.......))))).).))((.((.......)).))..)))))).).
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..))))).(((((((((((((((((((((...))))))))))))((((((...)..)))))..)))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........))))..............(((((((((........).))))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........))))..............((((((((...........))))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((.((.......)).)))))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..))))).((([[[[[.[[[[...{{)))....<<<<<<<<<<.....]]]]}}>>>>>>>>>>]]]]]...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.........)))).(((((.......)))))(((((........))..))).))))))))....
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RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((.........))))............((((((((((...........))))))))))........
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RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........))))..............(((((((((........).))))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........))))..............(((((((((........)).)))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((.........))))))............(((((((((........)).)))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.......))))).(((((.......)))))(((((........))..))))))))))))....
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.........)))).(((((.......)))))(((((........))..))))))))))))....
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RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((..........................................((.((.......)).))))))....)).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........))))..............(((((((.(........)..)))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((.((.......)).)))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........))))..............(((((((((........).))))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))(((((........)).)))...)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........))))...(((.......))).((((((........)).))))..)))))))....