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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3J6V_A

RNA: 3J6V_A
Rfam family: -

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((((((....((((((((((((.((.(((((((((((((((.(((..((((((.(((....))))).))))..(((.((((.....)))).))).((((.(((.((.((((((.....))).)))...)).)))..)))).......(((...))).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))...(((((((......(((((...(((.....)))..)))))))))))).)).)))))))))...))).......((((....))))...)))))))(((((((..(((.......(((......)))(((.................)))..)))..))))))).......((((((((((....((((..(((.....))).)))).....(((.((((((((.((.........(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))....((((.(((((((.......(((((...)))))..(((((((...((((........))))...((((.(((.(((((.(((...((.....(((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))).....))...))).))))).))).....(((((((......)))))))...........((((((........)))))).....))))................))))))).((((((...((........))..)))))).....))))))).(((..((((.(((..(((....(((((..................)))))..)))..))))))).))).)))).......)))))))))).)))..)))))).)))).....)
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((.(((((...................................(((((..(((....))).).))))((((((((((.....)))))))))).))))).))))).........(................................................................................................)(((((((.........))))))).....................................................................((((((((......................................................))))))))....................(((((.........((...........))......)))))............((((((..........))))))...........................................(((((((......((((((((..........................................................................................................................................................................((((((((((((......))))))))))))......(((((..........)))))...)))))))).........(((((((.........)))))))........................))))))).......((((((...(((....(((((.(.((........)).).)))))..))).....))))))................((((((((((....)))))))))).......
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((((((((.((..((((.((((((.........((((((.(((....))))).))))(((((.((((.....)))).)))))........................................((((((................................))))))...((((....))))...))))))..)))).....(((((((.........))))))).......................)).))))))))).............((((....)))).........(((((((........................................................)))))))...................((((((........((((.........)))).....))))))...........((((((..........))))))......((((......(((....)))....))))....((((.(((((((......((((((((...................(((........))).........(((.(((((.((...........((((((.....................................((((..((((.....))))..))))........))))))...........)).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........))))))...))))))))......................((((((.................)))))).....))))))).((....((((((...(((....(((((...((........))...)))))..))).....)))))))).)))).........((((((((((....)))))))))).......
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.......))))).(((((((.((.(((((((((...(((.(((................(((.....(((((((.((((.....)))).))))).)).(((....(((..((.....)).)))......))).........)))..((....)).....)))))).......(..((...(((((....))))).)).)))).))))))...(((((........(((.....((....)).......)))..))))).)).))))))).....(((.......((((....((...........((((((..............(((......))).......................((....)).)))))).....))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((..........))))))).))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((.(((...........((.((((..((((((.(.(..((..(((((....))).......))..))....(((((...)))))..).).).)))...))))))))....))).)))..)).)))))))).).((((((......)))))).......(....((((((........))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(...((((((..((.......((((..................)))).......))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.........)))(((((((((.((.((((((((((((.........((((((.(((....))))).))))(((((.((((.....)))).)))))....(((.....((.(.......)..)).......)))..((((((........(((...........))).......))))))...((((....))))...)))))).))))))...(((((((((.......))))))))(((()))).............).)).)))))))))..((((.......((((....)))).........((((((((..(((............................................)))..)))))))).....))))..........((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))....((((((((((((......((((((((.((((.............((((........))))...)))).(((.(((((.((....((.....((((((.((.............(((....)))...........((((..(((((...)))))..))))..))....)))))).....))....)).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........))))))...)))))))).(((.......)))........((((((.((...........)).)))))).....))))))).((....(((((((..(((....(((((...(((......)))...)))))..)))..)..))))))))))))).........((((((((((....)))))))))).......
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((....(((..((((((((....(((((((((((((((.(((((((((((.(((....))))))....(((((.((((.....)))).)))))....(((....((((((.....))).)))......))).))))).......(((...))).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))...((((((((......((((...(((.....)))..))))))))))))....))))))))...(((((((....((((....))))..)))....((((((((..(((.......(((......)))(((.(((........)))..)))..)))..)))))))).....))))..........))).....))))))((((.[[[[....))))(((....)))..]]]].....(((((((..........))))))).(((.((((......(((....)))....))))....((((((((((((.......(((((...)))))..(((((((...((((........))))...((((.(((.((((((((.....)))...(((((((((..(((........(((....))).....)))..(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))).(((((...)))))))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........)))))).....))))...(((.......)))))))))).((((((.(((......)))....)))))).....))))))).(((..((((.(((..(((....(((((...(((......)))...)))))..)))..))))))).)))))))).......)))(((((((((....)))))))))........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...(((....)))..))))).....((((((.......(((.(((..((((((.(((....))))).))))(((((.((((.....)))).)))))(((.(((.((.((((((.....))).)))...)).)))..)))........(((...))).....))))))......))))))((....((((.(((((((((((((..((((..((((((((((((.......))))))))..((.(((....((((((.....((..((((((..((((........)))).(((((((((...((((.((((((((..(((.......(((......)))(((.................)))..)))..))))))))..((((........)))).((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((..........)))))))..((.((((......(((....)))....))))...))..)))).)))))))))..(((((...))))).)))))))).))))))....))).)).((((((((.(((.(((((.(((...((.....(((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))).....))...))).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........)))))).....)))).))))........)))).))))....))))))))))))).(((..((...........))..))).(((..((((.(((..(((....(((((..................)))))..)))..))))))).)))...)))).....))((((((((((....)))))))))).......
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((..[[[[[[[[.....((((................((((((.(((....))))).))))[[[[[.[[[[)))).]]]].]]]]].))))).................................................................................((((....))))....................(((((((.........)))))))..........................]]]]]]]]....(((.......(((......))).........(((((((.............(((......)))...............................))))))).....)))...........((((((........((((.........)))).....))))))...........((((((..........))))))......((((......(((....)))....)))).........((((((.......((((((((......(((((.......((((........))))...................................((................(((....)))...........((((..(((((...)))))..))))........))........................)))))...(((((((......)))))))...........(((((..........)))))...)))))))).........(((((((......[[[)))))))................]]]......)))))).......((((((...(((....(((((...(((......)))...)))))..))).....)))))).................(((((((((....)))))))))........
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.((((....((((((((((((.((.(((((((((((.(((.(((..((((((.(((....)))))).)))(((((.((((.....)))).)))))(((.(((.((.((((((.....))).)))...)).)))..)))........(((...))).....))))))...............(((((....)))))...))))).))))))...(((((((.......(.(.((.((....))))....).).))))))).)).)))))))))...))).........(......))))).)))...((((((((..(((.......(((......)))(((.................)))..)))..))))))))......((((((((((....((((..((((...)))).)))).....(((.((((((((.((.........(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....)))).........(((((((((((((.(((((...)))))..(((((((...((((........))))...((((.(((.(((((.(((...((.....(((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))).....))...))).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........)))))).....))))................)))))))...(((((((...))))))).))))))))........))))).(((..(((.((((..(((....(((((....(........)....)))))..)))..))))))).)))............)))))))))).)))..)))))).))))......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((..(((((((((....((((((((((((......(((((..(((((..(((((........(((((...............))))).)))))...[[[[[[[[[....))))).............((((((.(((.(((...)))........))).......))))))...........)))))..)))))).))))))...((((((((.....(((((........))))).......))))))))....)))))))))..((((.......(((((..))))).........((((((((............(((......)))..............................)))))))).....)))).......................))))))))))))...(((.((((((((..(((.......(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))....((((((((((((((((((((((((((.....((((((((.....((((........))))......((((.....(((((..........................)))))..(((((.................(((..(((((...)))))..))))))))....))))...(((((...)))))....))))))))..(((((((......)))))))...........((((((........))))))...)))))))).........(((((((.........)))))))..........)))))))))........)))).......((((((..........(((((..................)))))..........))))))..)))))......))))))))))).)))...]]]]]]]]].......
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.[[[[[.)).((((((((((((.((.(((((((((((((((.(((.(((.(((.(((....))))))..(((((((.((((.....)))).))))).)).(((.((.((((((.....))).)))...)).)))..)))........(((...))).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))...(((((((......(((((...(((.....)))..)))))))))))).)).)))))))))...))).......((((....))))...]]]]].((((((((..(((.......(((......)))(((.................)))..)))..))))))))......((((((((((....((((..(((.....))).)))).....(((.(((((((.(((.........(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))....((((.(((((((.......(((((...)))))..(((((((...((((........))))...((((.(((.(((((.(((...((.....(((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))).....))...))).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........)))))).....))))................))))))).((((((...((........))..)))))).....))))))).(((..(((.((((..(((....(((((..................)))))..)))..))))))).))).)))).......)))))))))).)))..)))))).))))......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.((((....((((((((((((....(((((((((((((((.(((..((((((.(((....)))))).)))(((((.((((.....)))).)))))(((.(((....((((((.....))).)))......)))..)))........(((...))).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))...(((((((......(((((((.((....)))).)..)))))))))))....)))))))))...))).................)))).)))...((((((((..(((.......(((......)))(((.(((........)))..)))..)))..))))))))......((((((((((....((((..((((...)))).)))).....(((.((((((((.((.(.......(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))....((((.(((((((((((((.(((((...)))))..(((((((...((((........))))..(((((.(((.(((((.(((..........(((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...))))))..........))).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........)))))).....)))).)(((....)))....)))))))......((((...))))....))))))))........))))).(((..(((.((((..(((.((.(((((...(((......)))...))))))))))..))))))).))).))))......))))))))))).)))..)))))).))))......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...(((....)))..))))).....................((((.(((.(((.(((....))))))....(((((.((((.....)))).))))).))).))))(((((((((..(((((((((...(((.....((((((........(((.(....)....))).......))))))..(((((....))))).....)))..........(((((((......(((((...(((.....)))..)))))))))))).)))).))))).((.((((.......((((....)))).........((((((((..(((.......(((......)))(((.................)))..)))..)))))))).....)))))).........((((..(((.....))).)))).....(((.((((((((.((.......(..((((((..........))))))..)...((((......(((....)))....))))....((((.(((((((.......(((((...)))))..(((((((...((((........))))...((((.(((.(((((.(((...((.....(((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))).....))...))).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........)))))).....))))................))))))).((((((...((........))..)))))).....))))))).(((..((((.(((..(((....(((((..................)))))..)))..))))))).))).)))).......)))))))))).)))...))))))))).......
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((......))..((((((..((((((((((((.((((((.((((((..))))))(((((.(((....)))))).)).(((..))))))))))))))))))))))))))...(((((((((.(((((((..((..))((((((((((((.(.((.(.(((...........)))).).)).))))).(..(((((..)))))).((((.(((...)))))))((.((((.............))))))((((......((((((((((.(((((((.((.(((...))).))..))))).).)...........).)))))).)))(...(((((((((...(((.(((..((((.......)))))))(((..((((((((((...)))..))).))))..))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).)))))))..)......(.(((((((.(.......)))))))).)....(..)...)))...)))))))).)....)(((((((((.(.((((((....((((.....))))((((((((...((..((((((.(((.(((((((...(((.(((((....................(((((.((((.....(((((((((..))))).)).).)(((..(((((...)))))..))).((((.(........))))))))))))))))))).))).((.(((((((..(....))))))).)))....).))))))(((((........).))))..))).))))))..))(((((((.(......)))))))).))))))))(..))))))))))))).))))))))...((((.(((..(((..(..((((.((((........)).))))))..))))..)))))))((((..))))...))))))..)..)))))).).)))))))))....)..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.(((.....((((((((((((.(..(((((((((((((((.(((.(((((((.(((....))))))..(((((((.((((.....)))).))))).)).(((.((.((((((.....))).)))...)).))).))))........((.....)).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))...(((((((...........((.(......)))........)))))))..).)))))))))...))).........(......).))).)))...((((((((............(((......)))........................(....)))))))))......((((((((((....((((..((((...)))).)))).....(((.((((((((.............((((((..........))))))......((((......(((....)))....))))....((((.(((((((((((((.(((((...)))))((((........((((........))))...((((.....(((.((((.....((((((.((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))..(((((...)))))......))))))..(((((((......)))))))..)))).))).((((((........)))))).....)))).......................................)))).)))))))........)))))).(((..(((..(((..(((....(((((...(((......)))...)))))..)))..))).))).))).)))).........)))))))).)))..)))))).))))......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((....((((((((((((.((.(((((((((((((((.(((((((.(((.(((....))))))..(((((((..(((.....)))..))))).)).(((.((.((((((.....))).)))...)).)))..))))........((....)).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))...((((((....(((..(((((.((....)))).)))..))))))))).)).)))))))))...))).......((((....))))...)))))))(((((((..(((.......(((......)))(((.................)))..)))..))))))).......((((((((((....((((..(((.....))).)))).....(((.((((((((.((.........(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))....((((.(((((((.......(((((...)))))..(((((((...((((........))))...((((.(((.(((((.(((...((.....(((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))).....))...))).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........)))))).....))))................))))))).((((((...((........))..)))))).....))))))).(((..((((.(((..(((....(((((..................)))))..)))..))))))).))).)))).......)))))))))).)))..)))))).))))......

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