RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3JYX_3

RNA: 3JYX_3
Rfam family: 5S_rRNA

			GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUGUUAAGCUGUAGAGCCGACAGUAGUGUAGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((......((..........(.........(....).........)..........)).(.........(..(..(...)..)..).........)....))))))).
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((.....([.....((..)(((.......{(...})......)))...)....(.])((.......(((.((..(...)..)).))).......))).)))))))).                                                   ( )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))(((...(((.(((((((....)).)))))...)))..)))))))))).))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))....(((((((((((.((......(...........(((((.......))))).)..((((....)).)))).)))))...)))))))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))(((...(((.(((((((....)).)))))...)))..)))))))))))).
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MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...(((...(.(.((((...)))).).)...))).(.(((.(((...((((.(...).))))(.(((((.((...)).))))).)))).))).)))))))))).
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................
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MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.((...((((.(((((......))..))).))))....))))))).((...((..(((((((....)).)))))....))..)).))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.................(((((((((((.(((((.....(((((.....(((....)))..)))))......))))).........)))))...)))))))))))).
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((..((((...................................)))).))(((.......(((((((....)).)))))........)))))))))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((..(((.....((((((...(....)...))))..))....)))).))((((((..(.(((((((....)).)))))..).))).)))))))))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((..(((.....((((((((......))..))))..))....)))).))((((((....(((((((....)).)))))....))).)))))))))))).
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))....(((((((((((..((.......))(......)(((((.......))))).(((((((....)).))))))))))...)))))))))))).
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((..(((........(((............))).........)))).))((((((....(((((((....)).)))))....))).)))))))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))(((...(((.(((((((....)).)))))...)))..)))))))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.((..(((((.(((((......))..))).)))))...))))))).((...(((.(((((((....)).)))))...)))..)).))))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((.(((...((((.(((((......))..))).))))....)))))))(((...(((.(((((((....)).)))))...)))..)))))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................(..((.....(.(.............).).......))...).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((...(((...((..(...(............)..).))....)))..))(((.......(((((((....)).)))))........)))))))))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))(((.......(((((((....)).)))))........)))))))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.((..(((((.(((((......))..))).)))))...)))))))(((...(((.(((((((....)).)))))...)))..)))))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..............(((((....................)))))..(((((.......))))).(((((((....)).)))))...........))))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((...................)))).........................((((.......))))..(((((((....)).)))))...))).((((......))))

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