CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3JYX_4



RNA: 3JYX_4
Rfam family: 5_8S_rRNA

AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUAGGUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU
Reference structure (std) [ sec struct ] ..........................................(.(((........))).......(..........................)......)................(((((((....))))))).......................
Reference structure (ext) [ sec struct ] .(..)..............................().<((((({(([.....[.).}..)..(.(((.((..]].......))......))).)...))))>)...(....)...((((((((..)))))))).......................
                                                                                                            (   )                                            
                                             (          )                                                                                                    
                                      (                                                                 )                                                    
                                                                    (                     )                                                                  
                                                                                                           (     )                                           
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((..((((......((((((....((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))....)))).))......(((((((((....)))))))))....))))))))).))...))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................(((((((((....))))))))).....................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................((((......))))........................................................(((((((((....))))))))).....................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((((.....(((......)))................................))))))...................(((((((((....))))))))).....................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................((((....((((((((...(((........((((((...........))))))......)))...))))))))....))))((.......(((((((((....)))))))))............)).......
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................((((....((((((((...(((........((((((...........))))))......)))...))))))))....))))((.......(((((((((....)))))))))............)).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((....)))((....((((((((...(((........((((((((.....))..))))))......)))...))))))))....))(((((((..(((((((((((....)))))))))..)).)))....)))).....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.(((((..((((........((((....((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))....)))).........(((((((((....)))))))))....))))))))).)).....
MCFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((....(((((((.((((((((((((((.((.......)).))..)))))..................))))..))).))......))))))))))(((.((..(((((((((((....)))))))))..)).....)).)))......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((....((((((((((((((((((((((((((.....))))))..)))))..................))))..))))))......))))))))))((((((((((((((((((((..))))))))))..))))...))))))......
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((((.....................(((((((....((((......))))...............................)))))))..................(((((((((....))))))))).....)))).))))))...).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((((((((((......))))......((((((....((((......)))).......(((((..........).))))...))))))...........((...))..((((((((....))))))))...)).)))).))))))...).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.((((....((((((....)))).................((((......))))....(((((((..(((.((((..((.(((...))).))..)))))))..)))))))(((((((((....))))))))).....))..)))).)).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((.......(((((...[[[[[[[[)))))(((((....((((...))))......))))).....)))))...]]]]]]]]......((((.......(((((((((....)))))))))............)))).....
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................((.....))(((((............))))).....................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((.........((((.....((((......))))........(((.....))).............))))...........((.....))((((((((......))))))))..)))................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((........((.(...)......(...).))((((((......)))).......(((......................))).....))))...((.....))(((((((((....))))))))).)..((.....))........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(...)((...(...).)).........((.....((((......))))........((((...)))).............))((((...))))..((.....))(((((((((....))))))))).....................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((((((((((((...[[[[[[[[))))).))).))..((((((...........))))))))..)))))...]]]]]]]]...(((..((.....))(((((((((....))))))))).(((........))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.((((..(((((......((((((....((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))....)))).))......(((((((((....)))))))))....))))))))).)).....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((...........................(((((((....((((......))))...............................)))))))..................(((((((((....)))))))))..........)))........
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((..((((....................((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))........(((...)))(((((((((....))))))))).....)))).)))........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................(((((((((....))))))))).....................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((.........((((.....((((......))))........(((.....))).............))))...........((.....))(((((((((....)))))))))..)))................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.(((((..((((......((((((....((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))....)))).))......(((((((((....)))))))))....))))))))).)).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((..((((......((((((....((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))....)))).))......(((((((((....)))))))))....))))))))).))..)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(.(((((..((((((((((((......))).)))).))((((..((((........))))..)))))))..)))))).......(((.((..(((((.....))(((((((((....)))))))))......)))..)).)))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................(((...))).......((............................))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.(((...(((((.(......((.(.((..(((((((....((((......))))...(((..((((...)))).......)))..)))))))....))...)......))(((((.(((....))).)))))..).))))).))).)).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(.((((...(((.........((((....((((((((....((((......))))...............................))))))))....)))).........(((((((((....))))))))).....))).)))).)......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((..(((((......((((((....((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))....)))).))......(((((((((....)))))))))....)))))))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((....(((((....))))).....(((((((....((((......))))....(((((....))))).............)))))))...)))).(((........(((((.........)))))(((....)))....)))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((....(((((....))))).....(((((((....((((......)))).(((.....)))..((((........)))).)))))))...)))).(((.....)))((((((((....)))))))).((((........)))).....