|
|
|
AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUAGGUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU |
| Reference structure (std) |
|
[ sec struct ] |
..........................................(.(((........))).......(..........................)......)................(((((((....))))))).......................
|
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(..)..............................().<((((({(([.....[.).}..)..(.(((.((..]].......))......))).)...))))>)...(....)...((((((((..))))))))....................... ( ) ( ) ( ) ( ) ( )
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((..((((......((((((....((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))....)))).))......(((((((((....)))))))))....))))))))).))...)) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................(((((((((....)))))))))..................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................((((......))))........................................................(((((((((....)))))))))..................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((((.....(((......)))................................))))))...................(((((((((....)))))))))..................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................((((....((((((((...(((........((((((...........))))))......)))...))))))))....))))((.......(((((((((....)))))))))............))....... |
|
CentroidFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................((((....((((((((...(((........((((((...........))))))......)))...))))))))....))))((.......(((((((((....)))))))))............))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((....)))((....((((((((...(((........((((((((.....))..))))))......)))...))))))))....))(((((((..(((((((((((....)))))))))..)).)))....))))..... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.(((((..((((........((((....((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))....)))).........(((((((((....)))))))))....))))))))).))..... |
|
MCFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((....(((((((.((((((((((((((.((.......)).))..)))))..................))))..))).))......))))))))))(((.((..(((((((((((....)))))))))..)).....)).)))...... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((....((((((((((((((((((((((((((.....))))))..)))))..................))))..))))))......))))))))))((((((((((((((((((((..))))))))))..))))...))))))...... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((((.....................(((((((....((((......))))...............................)))))))..................(((((((((....))))))))).....)))).))))))...). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((((((((((......))))......((((((....((((......)))).......(((((..........).))))...))))))...........((...))..((((((((....))))))))...)).)))).))))))...). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.((((....((((((....)))).................((((......))))....(((((((..(((.((((..((.(((...))).))..)))))))..)))))))(((((((((....))))))))).....))..)))).))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.......(((((...[[[[[[[[)))))(((((....((((...))))......))))).....)))))...]]]]]]]]......((((.......(((((((((....)))))))))............))))..... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................((.....))(((((............)))))..................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................(((.........((((.....((((......))))........(((.....))).............))))...........((.....))((((((((......))))))))..)))................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((........((.(...)......(...).))((((((......)))).......(((......................))).....))))...((.....))(((((((((....))))))))).)..((.....))........ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(...)((...(...).)).........((.....((((......))))........((((...)))).............))((((...))))..((.....))(((((((((....)))))))))..................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((((((((((...[[[[[[[[))))).))).))..((((((...........))))))))..)))))...]]]]]]]]...(((..((.....))(((((((((....))))))))).(((........))))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.((((..(((((......((((((....((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))....)))).))......(((((((((....)))))))))....))))))))).))..... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........................(((((((....((((......))))...............................)))))))..................(((((((((....)))))))))..........)))........ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((..((((....................((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))........(((...)))(((((((((....))))))))).....)))).)))........ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................(((((((((....)))))))))..................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................(((.........((((.....((((......))))........(((.....))).............))))...........((.....))(((((((((....)))))))))..)))................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.(((((..((((......((((((....((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))....)))).))......(((((((((....)))))))))....))))))))).))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((..((((......((((((....((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))....)))).))......(((((((((....)))))))))....))))))))).))..)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(.(((((..((((((((((((......))).)))).))((((..((((........))))..)))))))..)))))).......(((.((..(((((.....))(((((((((....)))))))))......)))..)).))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................(((...))).......((............................)).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.(((...(((((.(......((.(.((..(((((((....((((......))))...(((..((((...)))).......)))..)))))))....))...)......))(((((.(((....))).)))))..).))))).))).))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(.((((...(((.........((((....((((((((....((((......))))...............................))))))))....)))).........(((((((((....))))))))).....))).)))).)...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((..(((((......((((((....((((((((....((((......))))....(((((....))))).............))))))))....)))).))......(((((((((....)))))))))....)))))))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....(((((....))))).....(((((((....((((......))))....(((((....))))).............)))))))...)))).(((........(((((.........)))))(((....)))....)))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....(((((....))))).....(((((((....((((......)))).(((.....)))..((((........)))).)))))))...)))).(((.....)))((((((((....)))))))).((((........))))..... |