|
|
|
AGAUGGUAAGGGCCCACGGUGGAUGCCUCGGCACCCGAGCCGAUGAAGGACGUGGCUACCUGCGAUAAGCCAGGGGGAGCCGGUAGCGGGCGUGGAUCCCUGGAUGUCCGAAUGGGGGAACCCGGCCGGCGGGAACGCCGGUCACCGCGCUUUUGCGCGGGGGGAACCUGGGGAACUGAAACAUCUCAGUACCCAGAGGAGAGGAAAGAGAAAUCGACUCCCUGAGUAGCGGCGAGCGAAAGGGGACCAGCCUAAACCGUCCGGCUUGUCCGGGCGGGGUCGGGGGCCCUCGGACACCGAAUCCCCAGCCUAGCCGAAGCUGUUGGGAAGCAGCGCCAGAGAGGGUGAAAGCCCCGUAGGCGAAAGGUGGGGGGAUAGGUGAGGGUACCCGAGUACCCCGUGGUUCGUGGAGCCAUGGGGGAAUCUGGGCGGACCACCGCCUAAGGCUAAGUACUCCGGGUGACCGAUAGCGCACCAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGAACCCCGGGAGGGGAGUGAAAUAGAGCCUGAAACCGUGGGCUUACAAGCAGUCACGGCCCCGCAAGGGGUUGUGGCGUGCCUAUUGAAGCAUGAGCCGGCGACUCACGGUCGUGGGCGAGCUUAAGCCGUUGAGGCGGAGGCGUAGGGAAACCGAGUCCGAACAGGGCGCAAGCGGGCCGCACGCGGCCCGCAAAGUCCGCGGCCGUGGACCCGAAACCGGGCGAGCUAGCCCUGGCCAGGGUGAAGCUGGGGUGAGACCCAGUGGAGGCCCGAACCGGUGGGGGAUGCAAACCCCUCGGAUGAGCUGGGGCUAGGAGUGAAAAGCUAACCGAGCCCGGAGAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAUGACUUUAGGGUCAGCCUCAGGCGCUGACUGGGGCCUGUAGAGCACUGAUAGGGCUAGGGGGCCCACCAGCCUACCAAACCCUGUCAAACUCCGAAGGGUCCCAGGUGGAGCCUGGGAGUGAGGGCGCGAGCGAUAACGUCCGCGUCCGAGCGCGGGAACAACCGAGACCGCCAGCUAAGGCCCCCAAGUCUGGGCUAAGUGGUAAAGGAUGUGGCGCCGCGAAGACAGCCAGUCGAGUGGCGCCGCGCCGAAAAUGAUCGGGGCUUAAGCCCAGCGCCGAAGCUGCGGGUCUGGGGGAUGACCCCAGGCGGUAGGGGAGCGUUCCCGAUGCCGAUGAAGGCCGACCCGCGAGGGCGGCUGGAGGUAAGGGAAGUGCGAAUGCCGGCAUGAGUAACGAUAAAGAGGGUGAGAAUCCCUCUCGCCGUAAGCCCAAGGGUUCCUACGCAAUGGUCGUCAGCGUAGGGUUAGGCGGGACCUAAGGUGAAGCCGAAAGGCGUAGCCGAAGGGCAGCCGGUUAAUAUUCCGGCCCUUCCCGCAGGUGCGAUGGGGGGACGCUCUAGGCUAGGGGGACCGGAGCCAUGGACGAGCCCGGCCAGAAGCGCAGGGUGGGAGGUAGGCAAAUCCGCCUCCCAACAAGCUCUGCGUGGUGGGGAAGCCCGUACGGGUGACAACCCCCCGAAGCCAGGGAGCCAAGAAAAGCCUCUAAGCACAACCUGCGGGAACCCGUACCGCAAACCGACACAGGUGGGCGGGUGCAAGAGCACUCAGGCGCGCGGGAGAACCCUCGCCAAGGAACUCUGCAAGUUGGCCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCCCUGGGGUGAUGAGCCCCGGGGAGCCGCAGUGAACAGGCUCUGGCGACUGUUUACCAAAAACACAGCUCUCUGCGAACUCGUAAGAGGAGGUAUAGGGAGCGACGCUUGCCCGGUGCCGGAAGGUCAAGGGGAGGGGUGCAAGCCCCGAACCGAAGCCCCGGUGAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAAAGCGUAACGACCGGAGCGCUGUCUCGGCGAGGGACCCGGUGAAAUUGAACUGGCCGUGAAGAUGCGGCCUACCCGUGGCAGGACGAAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUGCAGCCUGGUGUUGGCUCUUGGUCGCGCCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUGGCGCGGCUGGGGGCCUAACCCUCGGAUGGGGGGACAGCGCUUGGCGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCUAAAAGGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUCCCCUCAGGCGGGACGGAAAUCCGCCGGAGAGCGCAAGGGUAGAAGGGGGCCUGACUGCGAGGCCUGCAAGCCGAGCAGGGGCGAAAGCCGGGCCUAGUGAACCGGUGGUCCCGUGUGGAAGGGCCAUCGAUCAACGGAUAAAAGUUACCCCGGGGAUAACAGGCUGAUCUCCCCCGAGCGUCCACAGCGGCGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCGUCGCAUCCUGGGGCUGAAGAAGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGCACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCUCUAUCCGCCACGGGCGCAGGAGGCUUGAGGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCUCUGGUUUCCCAGCUGUCCCUCCAGGGGCAUAAGCUGGGUAGCCAUGUGCGGAAGGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCCGCCCCAAGAUGAGGCCUCCCACGGCGUCAAGCCGGUAAGGACCCGGGAAGACCACCCGGUGGAUGGGCCGGGGGUGUAAGCGCCGCGAGGCGUUGAGCCGACCGGUCCCAAUCGUCCGAGGUCU |
| Reference structure (std) |
|
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....(((..((((((((((((......((((((.gg..gg.))).....((((((...(((GG..GG.)))......))))))...)))....(((....)))((((((((....)))))))).((((((....)))))).))...(((((d.........(.........D)))).).........((....))...(((((.....((.)...))....)))))...((({....((((((((..).))))))).....(((..(((.......((...(((((.((((.(((...(((((......)))))(((...).<<<.....))>>>...)))...))))..)))))..))...)))...))}....(((((((a..(......A)))))))....).((((().[[[[)))))..)))......)).)))))).))...............((....))....))......(..((((....))))............)).....)))))))))).....f.(((((((((((....))))))))))).(.(.(........).).((((((....(((((((((((((..(((...(((.....)))...)))...((....))..((((.....))))...........................)))))))))))))..((.(...((((((.....((((((((((.((((...((((((......))))))...).)))...(((..(((l.......(L))).)))..).))))))))).(.(((.....)))...)..))))))......).))..((((((....(((((....)))))(((((((((.(...(((((((((...(((...(((.((((.(.((((..........)).)))..)))).)))..)).)...)))))))))..)..))))))).))..(((((((.((......)).))))))).....(((......)))...((((.(((...(.((((...h.hhhhhh.....h.....((..((((((((((................)))))))))).))..........))).H....HHHHHHH).)...)))))))((((((((.....))))))))....))))))(.(((((...(((......(((((.(((....))))))))...)))..)))))..).....))))))(......((.....((((((.......))))))((((....((((..((..(((((((...((.....)).))))))....((mmmm.((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........)))))))(((((((((((((...((((....(((((.(((..(((((.((((.((...kk....))))))(((...((((((((((...(.(.(.......)).)...).....)))))))))..)))(...(.(......).).....))))))...)))..)))))(..).....))))...))...)))))))))))MMMM.))).....((......)).)))).(((((....)))))..))))..((((....((((((((.((..(....(.......(((((....j.(..J.....)))))((((((((((.........))))))))))(...).......(((((((((...((.........))...(((((((.....(((....))).......))))))).)((((.(((..(((((((..(((...((...(((((....)))))...))...))))))))..)))))(((((.........)))))........((..........((((((.....))))))..)..)....))))...)).))))))).)..))).)))))))).)))))).....)F.(..bbbbb.....)).BBBBB..((((((((.(((.........((((.((((((..(((((.(((.(((((.((((((((((..((((............(.((...((..........((((....)))).......)).............)).)...))))..))))))))))...(((((....)))))....))))).)))..)))))..((n......(N))((((((..........)))))))((ii....iiiiii.(.((((...........))))...).ii)..(((II....IIIIII....((((..((c...(..C))..)))).(((....))).II))).......(((((((.((..]]]]..))))))))).....))......))))..))))))......(((((.(.((((((...((.......))...))))))...)))).).)......((((.((((((..(((((((((......))))))..))).(((((.....))))).....)))))..)...))).).....(((((((....))).))))..).....)))))))))))(...eeeeeee...((((..(((((((.....(....)....))))))).(((((...(.((...(((((((((((.KK.))))))...)))))...)).).)))))...(((....((((.............))))....))).))))..)....EEEEEEE...................(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((.(....).)))...))...))))).)))...)))).......
|
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
N/A
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((..(((((..((((.((((((...((.((((..........((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((.((.(((....(((....)))..((((((....))))))...((((((....))))))(((((.(((.(((.(((((......))))).)))..)))........((....))...)))))((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((((..(((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((.((((.(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).)))........((....(((((((..((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))..((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((..(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))).(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...)))))))..............((((((.......)))))).)).)))))))))..))))....(((.((((..((((((((((((((..(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((....(((((((.((.((((((((.((....))..)))).))))))..(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..((((....)))).....)))))))..((.((((.((........))))))..))...)))))))))).)))))...((..(((......)))..))((((((....)))))).((((.(.((.....))).))))....))))))))..)))))).))))..((((....))))..((((((((((((((.....))))))))))).))).)))..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......))).)).))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....(((..((((((.....))))))...(((.....((((..((..((((...((((((((.((((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......))))).).))))))))...)))).))....))))............(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...((((((.(((........)))))))))......))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).....(((((.(((((.....)))))....((((((((((((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....)))....))))))))).....(((((((....))).)))).........))))).)))).)).((((((((.(..(((((((((((..((.(....).)).)))))))..((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).))))....(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))...))))))..))))....)).)))......))).((((((((.((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))).))).))).))))) |
|
CentroidFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((.......((((((((((..................................................((((.(((.((((.......................((((((((....)))))))).((((((....)))))).......(((((.((((((......))))))))))).............................................)))).)))))))...((((((((.....))))))))..((((((((((((....(((..(((((((((((.......((((((....))))))(((.....((((....))))....)))...)))))))).))).)))))))))))))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))).............)))))).)))).....((((....((....))....)))).......((((....))))..................))))(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).)))..............(((((((..((((((((((((((........(((.....)))...................((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))........((((((...(((((((((((..((((..(((((((......)))))))...))))...((((.((((........))))))))....)))))))))))..(.......).......)))))).......................(((......)))...(((((((((((((((((((((((.(((..((((((((((((((((((......)))).)))))))))))))).)))..))))))))))))))))))))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).......(.............((((..(((........(((((((((((.......(.(((((((((((...(((.....)))..))))))))))))(((......)))..)))).))))))).)))..))))....((((((((.....))))))))...........)(((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).......)))))))..............((((((.......))))))....))))))))).....((((((((...........))))))))..........((((((((((((((....))))))))))))))...(((((........)))))..(((((((((((((..((((((...(((((.((((.(((((...(..(((....(((.((((.(((....((((((((((((((((.((.....)))))))))).....))))))))))).)))...).)))...)))..)...)))))..))))..))))).........)))))).))...))))))))))).((((.((....(((......)))))))))((((....))))..........(((....)))................................................((((((((((((.....))))))))))))....((((((((..........))))))))..........((((((((....(((.......)))...))))))))..............(((((..(((...((((((((((....))))))))))...)))))))).......((((((.......))))))..............((((((((((((...((((((......(((.....)))......)))))).....)))))))))))).................(((((((....)))))))..((((((((.((.....................................(.((((((((((((((((((.........(((((((((((.....((((((((....))))))))..)))))))..........))))))))))))))))))))))..).............................................((((((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((.......)))))))))................)))))))).......((((((.....(.........)........)))))).......(((((((((.........)))))))))......................................(((((((.(.((.......))..))))))))(.....)....................(((((((((((......))))))).))))(((((.....)))))..............(............((((((....))).)))).........))))))))))....((((((((.....((((((((((..((........)).))))))).(((((...((((((((((((((((((....)))))...))))))))))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))).......))))))))..((((.....))))..............(((((...(((..((((((((((.(((((.((((((....)))))))))))..))))))).).))..))).))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((((((.......((((((((((..................................................((((.(((.(((((...................(((((((((((....)))))))).((((((....)))))))))....(((((..(((((......))))).))))).((((......((....))..))))...................))))).)))))))...((((((((.....))))))))..(((((.(((((....((((..((((((.((((.......((((((....))))))(((...(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))).)))))((((((((((((((...)))))))))))....((((((((....)))))).))......)))..)))))).)))).....((((....((....))....)))).......((((....))))..................)))))))))((((..((((((((((((((....))))))))))).)))..............((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))........((((((...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))....))))))))))).(((.....)))......))))))......................(((((....)))))..(((((((.(((.(((((((((...(((...((((((((.(.((((((......)))).)).).))))))))..)))....))))))))).))).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..)).....................(((...((.........(((((((((((.........(((((((((((...(((.....)))..)))))))))))((((......)))).)))).)))))))..))...)))....((((((((.....))))))))..........(.(((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).)))))).......))))))..............((((((.......))))))....))))..........((((((((...........))))))))..........(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))..(((((((((((((..((((((..((((((.((((.(((((.((((.((.........))))))((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))...))....((((....))))......)))))..))))..)))))........))))))).))...)))))))))))........((..(((......)))..))((((((....))))))........(((....))).......................(((((......((....)).)))))((((((((((((.....))))))))))))....((((((((..........))))))))..........((((((((....(((....)))......))))))))..........((.((((((..(((...((...(((((....)))))...))...)))))))))..))..((((((.......))))))..............((((((((((((...((((((.......(.......).......)))))).....)))))))))))).................(((((((....)))))))..((((((((.(((.....(((((.((((..(((((.((((.(((.((((((((((((((((((((((.(.........((((((.((((.....((((((((....))))))))..)))).))..........))))).))))))))))))))))...(((((....)))))...)))))).)))..))))............((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......)))))).))................))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).......(.((..(((((((((.........))))))))).))..)..............................(((((((((.(.((.......))..)))))))))).........................(((((((((((......)))))).)))))(((((.....)))))..)))))..)))).............(((((((....))).)))))))))...)))))))))))....((((((((....(((((((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....))))...............((((...(((..((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))))))..)))..))).)))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((((((....((.(((((((((((((((..........))))).(((((.....).)))).............((((.(((.(((((....(((((......(...(((((((((((....)))))))).((((((....)))))))))...)(((((..(((((......))))).))))).((((......((....))..))))........)))...))...))))).)))))))...((((((((.....))))))))..(((((.(((((....((((..((((((.((((.......((((((....))))))(((.(.(.((((....))))).).)))...))))..)))))).))))))))).)))))((((((((((((((...)))))))))))...(((((((((....)))))).))).....)))..)))))).))))..)).((((....((....))....)))).......((((....))))..................)))))))))((((..((((((((((((((....))))))))))).)))..((((..((....((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))(.((((.....)))).)..((((((((....))))))))...))))))))))))))........((((((..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))((((.....)))..))..)))))).............(((((....(((((....)))))..(((((((.(((.(((((((((.(.(((...((((((((.(.((((((......)))).)).).))))))))..))).)..))))))))).))).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..)).(((......)))...(((.(((((..(((........(((((((((((.........(((((((((((...(((.....)))..)))))))))))((((......)))).)))).))))))).)))..))))))))((((((((.....))))))))....)))))((.(((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).)))))))......))))))....))..))))..((((((.......))))))....))))(((....)))((((((((..((.....))))))))))....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))..(((((((((((((..((((((..((((((.((((.(((((.((((.((.........))))))(((...((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))..)))....(((((())))))......)))))..))))..)))))........))))))).))...))))))))))))))))...((..(((......)))..))((((((....)))))).((((...(((....))).)))).........(((......(((((.....(((....))))))))((((((((((((.....)))))))))))).)))((((((((((....))..))))))))..........(((((((((...(((....)))...)..)))))))).......(.(((.((((((..(((...((...(((((....)))))...))...)))))))))..))))((((((.......))))))..............((((((((((((...((((((..(...(((.....)))...)..)))))).....))))))))))))...(((........)))(((((((....)))))))..((((((((.(((.....(((((.((((..((((((((((.(((.((((((((((((((((((((((.(.........((((((.((((.....((((((((....))))))))..)))).)).(.......)))))).))))))))))))))))...(((((....)))))...)))))).)))..)))))......(((..((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......)))))).))................))))))))..((((..(((..()..)))..)))).(((....)))...))).((((..(((((((((.........))))))))).)).))........(((((((()))).))))..((((((((((((.(.((.......))..)))))))))).))).....................(((((((((((......)))))).)))))(((((.....)))))..)))))..)))).............(((((((....))).)))))))))...)))))))))))....((((((((....(((((((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((.(..(((((...........)))))..).))).))))......))))))))..((((.....))))(.......).....(((((...(((..((((((((((.(((.(.((((((....))))))).)))..)))))))..)))..))).))))) |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..((((.((((((.(((..(((..(((......))......)..(((..........)))....(((.......))).....((((((.((.(((....(((....)))((((((((....)))))))).((((((....)))))).......(((((..(((((......))))).))))).((((..((........))..))))..((((.((((.((((....((((.(.(((.....((((((((.....))))))))..(((((.((((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).))))))))).)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....)))))))..)))........(((....)))......((((....((....))....)))).......((((....))))...........((((((.(((.(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).))).(((((..((.((.(((((((..((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...)))))))))))))).((((....))))....(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))........(((((.(((....)))...))))).....(((((....(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..)).(((......)))...((((.((((..(((......(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))))))..))))))))((((((((.....))))))))....)))))((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...))))))).)).))..))))).((((((.......))))))....)))))))))..))).(((((((...(.....).))))))).....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((((..((((((...(((((.((((.(((((.((........)).....(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..((((....))))......)))))..))))..))))).........)))))).))...)))))))))).))))).((((..(((......)))..))))((((....))))))))))....(((....))).......................)))))....((((....))))..((((((((((((((.....)))))))))))).)).(.((((((..........)))))).)..........)))).))))..))))......))).)).))))))...(((((...(((..(((((..(((...((...(((((....)))))...))...))))))))...))).((((((.......))))))...(((..........))).((((((.....))))))..........))))).........................)))..)))((........)).((((((......))))))..((((((((.(((........(((((.(((((((.(((((.(((.(((((.((((((((((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))))))))))...(((((.....)))))...))))).)))..)))))((.((((((..((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......)))))).....((......)).).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))...)))))).)).((((((.(((........)))))))))............))))).)).))))).......(((((((((((.((.((.......))..)))))))))).)))....(((((((((((((((((.((((((((((......))))))).))).(((((.....))))).....)))....))))))))........)))))).(((((......)))))..)))))))))))....((((((((....(((((((((((..((........)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))...))))))..))))....)).))).....((((...((((((.((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))).))).))).)))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.......((((((((((((...)))))..........(((((((((((((.......(((((((..(((.......))).....)))))))((((((...((((((..(((((((((((....)))))))).((((((....)))))))))....((((((((((((......)))))..(((((((..................((((((.......((((((((....((((((..((((((((((((((.....))))))))..((((((.((((((..((((..((((((.(((((......((((((....))))))........((((....))))..))))).........)))))).))))..(((((..((((((((((((((((...))))))))))).....(((((((....)))))))........)))))..((((..........)))).))))).))))))..............))))))..((((((...(((((((((((......)))))).....((((((((((((((....))))))))))).))))))))........(((((((...((((((((((((((..((((...(((((..))))))))).............((((.....))))....(((((((((..)))))))))...))))))))))))))........((((((...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...(((..(((((.......))))))))....)))))))))))..................)))))).....)))))))))))))........)))))).((((((((((((((....((((((((((((((...((((((((.((((..[[[[[[[..)))).....))))))))...(((...(((((((((((...))))))))....(((((((............))))))).....(((((((.......((((((((((..(((........(((((((.............(((((((((((...(((.....)))..)))))))))))((((......))))......))))))).)))..))))).....((((((.....)))))))))))........)))))))..(((......)))...)))(((((((.((((((((.................((((((..............((((((.......))))))((((...(((((..)))))(((((((...........))))))).(((((.....))))).............))))..(((....))).)))))).....)))))))).(((((((((((....((((((...(((((.((((.(((((.((((..............))))(((...((((((((((((((((..........)))))))).....))))))))..)))....(((((..))))).....)))))...))))..))))).........))))))......)))))))))))(((((..(((...........]]]]]]]((((((....))))))..))).)))))....)))))))...))).)))))))....))))))).....(((((....(((((((((((((((((.....))))))))))))((((((...((((((((........((((((.........((((((((.....((((.................))))((((((.((((..)))).......(((((((((((....)))))..((((...(((((((.......((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))(((((((.....))).....(((((((((((((((..((((((((((((((((........(((((((....)))))))...((((((...............))))))...)))))))......)))...((((((((((((((((...........(((((..((((.....(((((((((..)))))))))..))))............)))))..))))))))))))))))...))))))......))))))))))))..)))))))....)))))))))))(((((((...........)))))))........))))))))))))...((((..)))).)))))))).....))))))..))))))))))))))(((((((...(((.......)))......))))))).......(((((((((.........))))))))).................)))))((((((.........))))))))))))))......(((((((((((((.....)))))........))))))))..)))))))))))....))))))...........))))))))...............(((((((...................)))))))((((((...((((...))))..))))))...)))))).(((((((...............))))))).....))))))).))))))).....)))))).))))))....)))))))))))))((((.........)))).....))))))).(((((...))))))))......(((((((...((((.....))))....(((((((((.......))))).....(((((((.......((((((....)))))).......))))))).....))))))))))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.(((.((.((((..(((.(((..((((.((..((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((.((.(((....(((((..(((((((((((....)))))))).((((((....)))))).)))..(((.(((.(((((......))))).)))..)))........((....))..))))).((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((((..(((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((.((((.(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).)))........((....(((((((..((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))..((....((((((...(((((((..((..((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))....))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((....(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).))))).))))))..(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...)))))))..............((((((.......)))))).)).)))))))))..))))....(((.((((..((((((((((((((.((((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((....(((((((.((.((((((((.((....))..)))).))))))..(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..((((....)))).....)))))))..((.((((.((........))))))..))...)))))))))).((((..((((..(((......)))..))))((((..((....))..)))).))))......))))))....))))))))..)))))).))))..((((....))))..((((((((((((((.....)))))))))))).)).)))..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......))).)).))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....((((((((((((...(((((.(((((.(((..(((((..........)))))...)))..(((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......)))))..))))).))))).((((((((.((.(((...(((......(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).....))).))).))))).)))))...)))..))).))).))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).)).)))).)))..))).))))))))).....((((((((((..(((((((((......))))))).))..(((((.....))))).....)))....))))))))))))).(((((((....))).)))).(((..((((.((....(((((.(((((((((.(((((((((((((..((((.(((((.((....))......)))))((((.((((((((((((....))))))...)))))).))))..)))))))))......(((((...........)))))..))))).)))))......)))))))....)))))..)).))))..)))(((((.[[[[[.))))).(((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....))))..]]]]] |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((..(((((..(((.((.((((..(((.(((..((((.((..((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((.((.(((....(((((..(((((((((((....)))))))).((((((....)))))).)))..(((.(((.(((((......))))).)))..)))........((....))..))))).((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((((..(((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((...((.(((((((.(((((((((((((((((....))))))))))).)))...)))))))....(((((((..((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))..((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((..(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))).(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...)))))))...............((((((.....((((.(.((((....((((..((..((((((((...........))))))))....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((....(((((((.((.((((((((.((....))..)))).))))))..(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..((((....)))).....)))))))..((.((((.((........))))))..))...)))))))))).))))).))....(((......)))))))((((((....)))))).)))).).))))..)))))).))).))..(.((((......(((((....(....).....)))))((((((((((((.....)))))))))))).)))).)..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......))).)).))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....((((((((((((...(((((.(((((.(((..(((((..(....)..)))))...)))..(((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......)))))..))))).))))).((((((((.((.(((...(((......(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).....))).))).))))).)))))...)))..))).))).))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).)).)))).)))..))).)))))))))..(((((((((.(((..(((((((((......)))))).)))..(((((.....))))).....(((((..((...((((((((.(((((((....))).))))......((((.((....(((((.((((((((.(.((((.(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))....)))))..)).)))).))))))))..(.(((.((((((......))))))))).)..)))))))...))).))))))))).)))))..))))))........ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((..(((((((....((((.....................................(((((((..((.........)).....)))))))....................((((((((....)))))))).((((((....)))))).......(((((..(((((......))))).)))))...........((....)).............((((((((.((.......((..((....((((((((.....))))))))..(((((..(((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))..)))))...((((((.(((.(((((((..(((((((...(((((((....))))))).............(((....)))......((((....((....))....)))).......(((((((.((((...........((((........))))......((((((((((((((....))))))))))).)))............((((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))........((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......)))))).....)))))))).))))....(((((((..((((.(((((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).))..(((((((..((....))..)))))))..((((((((...((((...(((((.((..((((((((....((((((.((((.........(((((((((((...(((.....)))..)))))))))))((((......)))).))))..))))))..............((((((((.....)))))))).........((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).))).....(((((...............(((((.......))))).((((....(((....))).(((((((...........)))))))....))))...(((..(((...(((....)))...)))..)))...)))))........((..((..(((((((((((((..((((((.((.((((((((.((....))..)))).))))))..(((.(((....((((((((((((((((.(......).))))))).....)))))))))))).)))..((((....)))).....))))))....(((..((((((.........(((..((((.....((((....)))).((((..(((......)))..)))))))).)))..((.(((((..(((((....((((((((.(....(.((((......(((((....(....).....)))))((((((((((((.....)))))))))))).)))).)..((((((((((((.(((((((((.........(((((((.....(((....))).......)))))))...((((........((....)).........(((((....)))))......))))...))))))))).((((((.......))))))....................((((((.....)))))).................)).))))))).)))..).))))))))..................((((((......))))))..))))).((((.......((...........))...)))).)))))))..)))))).))).))))))))))..)))..))..))..........((((((((....))))))))..................................))))))))..(((((.....))))).....))..)))))........((((((.(((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......))))))......(....)....).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).).))))))....))))..)))))))).....))))...............))))))).)))))))..............))))))).)).)))))))).)))))).))...))..........))..)))))))).(((.((((((......))))))..)))................................))))......(((((((....))).)))).......)))))))..)))).).((((((((.(..((((............(....)............(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))..((((.....))))....(((((((((................((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))....)))).))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((..(((((..(((.((.((((...((.(((..((((.((..((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((....(((....(((((..(((((((((((....)))))))).((((((....)))))).)))...(((((..(((((......))))).)))))...........((....))..))))).((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((((..(((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((.((((.(((((((((..((((((((..((((....))))..))))).)))........((....((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))..((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((..(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))).(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))....))))))..............((((((.......)))))).)).)))))))))..))))....(((.((((..((((((((((((((..(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))..(((((((((((((..(((((((.((.((((((((.((....))..)))).)))))).(((((.......((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))...(((....)))...))))).....)))))))..)).((((.((........)))))).......)))))))))))))))).((((..(((......)))..))))((((....))))...((((...(((....))).))))....))))))))..)))))).))))..((((....))))..((((((((((((((.....))))))))))).))).)))..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......)))....))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....(((..((((((.....))))))...(((.............(((...(((((.((.....(((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......))))).((((((.......)))))).)).)))))...)))......(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...((((((.(((........)))))))))......))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).)).)))).)))..))..)))))))))..(((((((((((((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....))))).......((((((((.(((((((....))).)))).((((((...((((...))))..))))))....((((((((..((((........))))......(((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..))).......)))))))).((((.....))))....))))))))....(((.((((((......)))))))))...((((((....)))))))))))))).)))))..))))))........ |