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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3KIY_A



RNA: 3KIY_A
Rfam family: -

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Reference structure (std) [ sec struct ] .........((((((((((.....(((..((((((((((((......((((((.gg..gg.))).....((((((...(((GG..GG.)))......))))))...)))....(((....)))((((((((....)))))))).((((((....)))))).))...(((((d.........(.........D)))).).........((....))...(((((.....((.)...))....)))))...((({....((((((((..).))))))).....(((..(((.......((...(((((.((((.(((...(((((......)))))(((...).<<<.....))>>>...)))...))))..)))))..))...)))...))}....(((((((a..(......A)))))))....).((((().[[[[)))))..)))......)).)))))).))...............((....))....))......(..((((....))))............)).....)))))))))).....f.(((((((((((....))))))))))).(.(.(........).).((((((....(((((((((((((..(((...(((.....)))...)))...((....))..((((.....))))...........................)))))))))))))..((.(...((((((.....((((((((((.((((...((((((......))))))...).)))...(((..(((l.......(L))).)))..).))))))))).(.(((.....)))...)..))))))......).))..((((((....(((((....)))))(((((((((.(...(((((((((...(((...(((.((((.(.((((..........)).)))..)))).)))..)).)...)))))))))..)..))))))).))..(((((((.((......)).))))))).....(((......)))...((((.(((...(.((((...h.hhhhhh.....h.....((..((((((((((................)))))))))).))..........))).H....HHHHHHH).)...)))))))((((((((.....))))))))....))))))(.(((((...(((......(((((.(((....))))))))...)))..)))))..).....))))))(......((.....((((((.......))))))((((....((((..((..(((((((...((.....)).))))))....((mmmm.((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........)))))))(((((((((((((...((((....(((((.(((..(((((.((((.((...kk....))))))(((...((((((((((...(.(.(.......)).)...).....)))))))))..)))(...(.(......).).....))))))...)))..)))))(..).....))))...))...)))))))))))MMMM.))).....((......)).)))).(((((....)))))..))))..((((....((((((((.((..(....(.......(((((....j.(..J.....)))))((((((((((.........))))))))))(...).......(((((((((...((.........))...(((((((.....(((....))).......))))))).)((((.(((..(((((((..(((...((...(((((....)))))...))...))))))))..)))))(((((.........)))))........((..........((((((.....))))))..)..)....))))...)).))))))).)..))).)))))))).)))))).....)F.(..bbbbb.....)).BBBBB..((((((((.(((.........((((.((((((..(((((.(((.(((((.((((((((((..((((............(.((...((..........((((....)))).......)).............)).)...))))..))))))))))...(((((....)))))....))))).)))..)))))..((n......(N))((((((..........)))))))((ii....iiiiii.(.((((...........))))...).ii)..(((II....IIIIII....((((..((c...(..C))..)))).(((....))).II))).......(((((((.((..]]]]..))))))))).....))......))))..))))))......(((((.(.((((((...((.......))...))))))...)))).).)......((((.((((((..(((((((((......))))))..))).(((((.....))))).....)))))..)...))).).....(((((((....))).))))..).....)))))))))))(...eeeeeee...((((..(((((((.....(....)....))))))).(((((...(.((...(((((((((((.KK.))))))...)))))...)).).)))))...(((....((((.............))))....))).))))..)....EEEEEEE...................(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((.(....).)))...))...))))).)))...)))).......
Reference structure (ext) [ sec struct ] N/A
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((..(((((..((((.((((((...((.((((..........((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((.((.(((....(((....)))..((((((....))))))...((((((....))))))(((((.(((.(((.(((((......))))).)))..)))........((....))...)))))((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((((..(((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((.((((.(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).)))........((....(((((((..((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))..((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((..(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))).(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...)))))))..............((((((.......)))))).)).)))))))))..))))....(((.((((..((((((((((((((..(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((....(((((((.((.((((((((.((....))..)))).))))))..(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..((((....)))).....)))))))..((.((((.((........))))))..))...)))))))))).)))))...((..(((......)))..))((((((....)))))).((((.(.((.....))).))))....))))))))..)))))).))))..((((....))))..((((((((((((((.....))))))))))).))).)))..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......))).)).))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....(((..((((((.....))))))...(((.....((((..((..((((...((((((((.((((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......))))).).))))))))...)))).))....))))............(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...((((((.(((........)))))))))......))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).....(((((.(((((.....)))))....((((((((((((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....)))....))))))))).....(((((((....))).)))).........))))).)))).)).((((((((.(..(((((((((((..((.(....).)).)))))))..((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).))))....(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))...))))))..))))....)).)))......))).((((((((.((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))).))).))).)))))
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((.......((((((((((..................................................((((.(((.((((.......................((((((((....)))))))).((((((....)))))).......(((((.((((((......))))))))))).............................................)))).)))))))...((((((((.....))))))))..((((((((((((....(((..(((((((((((.......((((((....))))))(((.....((((....))))....)))...)))))))).))).)))))))))))))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))).............)))))).)))).....((((....((....))....)))).......((((....))))..................))))(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).)))..............(((((((..((((((((((((((........(((.....)))...................((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))........((((((...(((((((((((..((((..(((((((......)))))))...))))...((((.((((........))))))))....)))))))))))..(.......).......)))))).......................(((......)))...(((((((((((((((((((((((.(((..((((((((((((((((((......)))).)))))))))))))).)))..))))))))))))))))))))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).......(.............((((..(((........(((((((((((.......(.(((((((((((...(((.....)))..))))))))))))(((......)))..)))).))))))).)))..))))....((((((((.....))))))))...........)(((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).......)))))))..............((((((.......))))))....))))))))).....((((((((...........))))))))..........((((((((((((((....))))))))))))))...(((((........)))))..(((((((((((((..((((((...(((((.((((.(((((...(..(((....(((.((((.(((....((((((((((((((((.((.....)))))))))).....))))))))))).)))...).)))...)))..)...)))))..))))..))))).........)))))).))...))))))))))).((((.((....(((......)))))))))((((....))))..........(((....)))................................................((((((((((((.....))))))))))))....((((((((..........))))))))..........((((((((....(((.......)))...))))))))..............(((((..(((...((((((((((....))))))))))...)))))))).......((((((.......))))))..............((((((((((((...((((((......(((.....)))......)))))).....)))))))))))).................(((((((....)))))))..((((((((.((.....................................(.((((((((((((((((((.........(((((((((((.....((((((((....))))))))..)))))))..........))))))))))))))))))))))..).............................................((((((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((.......)))))))))................)))))))).......((((((.....(.........)........)))))).......(((((((((.........)))))))))......................................(((((((.(.((.......))..))))))))(.....)....................(((((((((((......))))))).))))(((((.....)))))..............(............((((((....))).)))).........))))))))))....((((((((.....((((((((((..((........)).))))))).(((((...((((((((((((((((((....)))))...))))))))))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))).......))))))))..((((.....))))..............(((((...(((..((((((((((.(((((.((((((....)))))))))))..))))))).).))..))).)))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((.......((((((((((..................................................((((.(((.(((((...................(((((((((((....)))))))).((((((....)))))))))....(((((..(((((......))))).))))).((((......((....))..))))...................))))).)))))))...((((((((.....))))))))..(((((.(((((....((((..((((((.((((.......((((((....))))))(((...(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))).)))))((((((((((((((...)))))))))))....((((((((....)))))).))......)))..)))))).)))).....((((....((....))....)))).......((((....))))..................)))))))))((((..((((((((((((((....))))))))))).)))..............((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))........((((((...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))....))))))))))).(((.....)))......))))))......................(((((....)))))..(((((((.(((.(((((((((...(((...((((((((.(.((((((......)))).)).).))))))))..)))....))))))))).))).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..)).....................(((...((.........(((((((((((.........(((((((((((...(((.....)))..)))))))))))((((......)))).)))).)))))))..))...)))....((((((((.....))))))))..........(.(((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).)))))).......))))))..............((((((.......))))))....))))..........((((((((...........))))))))..........(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))..(((((((((((((..((((((..((((((.((((.(((((.((((.((.........))))))((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))...))....((((....))))......)))))..))))..)))))........))))))).))...)))))))))))........((..(((......)))..))((((((....))))))........(((....))).......................(((((......((....)).)))))((((((((((((.....))))))))))))....((((((((..........))))))))..........((((((((....(((....)))......))))))))..........((.((((((..(((...((...(((((....)))))...))...)))))))))..))..((((((.......))))))..............((((((((((((...((((((.......(.......).......)))))).....)))))))))))).................(((((((....)))))))..((((((((.(((.....(((((.((((..(((((.((((.(((.((((((((((((((((((((((.(.........((((((.((((.....((((((((....))))))))..)))).))..........))))).))))))))))))))))...(((((....)))))...)))))).)))..))))............((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......)))))).))................))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).......(.((..(((((((((.........))))))))).))..)..............................(((((((((.(.((.......))..)))))))))).........................(((((((((((......)))))).)))))(((((.....)))))..)))))..)))).............(((((((....))).)))))))))...)))))))))))....((((((((....(((((((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....))))...............((((...(((..((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))))))..)))..))).)))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((((((....((.(((((((((((((((..........))))).(((((.....).)))).............((((.(((.(((((....(((((......(...(((((((((((....)))))))).((((((....)))))))))...)(((((..(((((......))))).))))).((((......((....))..))))........)))...))...))))).)))))))...((((((((.....))))))))..(((((.(((((....((((..((((((.((((.......((((((....))))))(((.(.(.((((....))))).).)))...))))..)))))).))))))))).)))))((((((((((((((...)))))))))))...(((((((((....)))))).))).....)))..)))))).))))..)).((((....((....))....)))).......((((....))))..................)))))))))((((..((((((((((((((....))))))))))).)))..((((..((....((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))(.((((.....)))).)..((((((((....))))))))...))))))))))))))........((((((..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))((((.....)))..))..)))))).............(((((....(((((....)))))..(((((((.(((.(((((((((.(.(((...((((((((.(.((((((......)))).)).).))))))))..))).)..))))))))).))).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..)).(((......)))...(((.(((((..(((........(((((((((((.........(((((((((((...(((.....)))..)))))))))))((((......)))).)))).))))))).)))..))))))))((((((((.....))))))))....)))))((.(((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).)))))))......))))))....))..))))..((((((.......))))))....))))(((....)))((((((((..((.....))))))))))....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))..(((((((((((((..((((((..((((((.((((.(((((.((((.((.........))))))(((...((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))..)))....(((((())))))......)))))..))))..)))))........))))))).))...))))))))))))))))...((..(((......)))..))((((((....)))))).((((...(((....))).)))).........(((......(((((.....(((....))))))))((((((((((((.....)))))))))))).)))((((((((((....))..))))))))..........(((((((((...(((....)))...)..)))))))).......(.(((.((((((..(((...((...(((((....)))))...))...)))))))))..))))((((((.......))))))..............((((((((((((...((((((..(...(((.....)))...)..)))))).....))))))))))))...(((........)))(((((((....)))))))..((((((((.(((.....(((((.((((..((((((((((.(((.((((((((((((((((((((((.(.........((((((.((((.....((((((((....))))))))..)))).)).(.......)))))).))))))))))))))))...(((((....)))))...)))))).)))..)))))......(((..((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......)))))).))................))))))))..((((..(((..()..)))..)))).(((....)))...))).((((..(((((((((.........))))))))).)).))........(((((((()))).))))..((((((((((((.(.((.......))..)))))))))).))).....................(((((((((((......)))))).)))))(((((.....)))))..)))))..)))).............(((((((....))).)))))))))...)))))))))))....((((((((....(((((((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((.(..(((((...........)))))..).))).))))......))))))))..((((.....))))(.......).....(((((...(((..((((((((((.(((.(.((((((....))))))).)))..)))))))..)))..))).)))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((..((((.((((((.(((..(((..(((......))......)..(((..........)))....(((.......))).....((((((.((.(((....(((....)))((((((((....)))))))).((((((....)))))).......(((((..(((((......))))).))))).((((..((........))..))))..((((.((((.((((....((((.(.(((.....((((((((.....))))))))..(((((.((((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).))))))))).)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....)))))))..)))........(((....)))......((((....((....))....)))).......((((....))))...........((((((.(((.(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).))).(((((..((.((.(((((((..((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...)))))))))))))).((((....))))....(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))........(((((.(((....)))...))))).....(((((....(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((.(((....))).)))))))..)).(((......)))...((((.((((..(((......(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))))))..))))))))((((((((.....))))))))....)))))((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...))))))).)).))..))))).((((((.......))))))....)))))))))..))).(((((((...(.....).))))))).....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((((..((((((...(((((.((((.(((((.((........)).....(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..((((....))))......)))))..))))..))))).........)))))).))...)))))))))).))))).((((..(((......)))..))))((((....))))))))))....(((....))).......................)))))....((((....))))..((((((((((((((.....)))))))))))).)).(.((((((..........)))))).)..........)))).))))..))))......))).)).))))))...(((((...(((..(((((..(((...((...(((((....)))))...))...))))))))...))).((((((.......))))))...(((..........))).((((((.....))))))..........))))).........................)))..)))((........)).((((((......))))))..((((((((.(((........(((((.(((((((.(((((.(((.(((((.((((((((((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))))))))))...(((((.....)))))...))))).)))..)))))((.((((((..((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......)))))).....((......)).).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))...)))))).)).((((((.(((........)))))))))............))))).)).))))).......(((((((((((.((.((.......))..)))))))))).)))....(((((((((((((((((.((((((((((......))))))).))).(((((.....))))).....)))....))))))))........)))))).(((((......)))))..)))))))))))....((((((((....(((((((((((..((........)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))...))))))..))))....)).))).....((((...((((((.((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))).))).))).)))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((.......((((((((((((...)))))..........(((((((((((((.......(((((((..(((.......))).....)))))))((((((...((((((..(((((((((((....)))))))).((((((....)))))))))....((((((((((((......)))))..(((((((..................((((((.......((((((((....((((((..((((((((((((((.....))))))))..((((((.((((((..((((..((((((.(((((......((((((....))))))........((((....))))..))))).........)))))).))))..(((((..((((((((((((((((...))))))))))).....(((((((....)))))))........)))))..((((..........)))).))))).))))))..............))))))..((((((...(((((((((((......)))))).....((((((((((((((....))))))))))).))))))))........(((((((...((((((((((((((..((((...(((((..))))))))).............((((.....))))....(((((((((..)))))))))...))))))))))))))........((((((...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...(((..(((((.......))))))))....)))))))))))..................)))))).....)))))))))))))........)))))).((((((((((((((....((((((((((((((...((((((((.((((..[[[[[[[..)))).....))))))))...(((...(((((((((((...))))))))....(((((((............))))))).....(((((((.......((((((((((..(((........(((((((.............(((((((((((...(((.....)))..)))))))))))((((......))))......))))))).)))..))))).....((((((.....)))))))))))........)))))))..(((......)))...)))(((((((.((((((((.................((((((..............((((((.......))))))((((...(((((..)))))(((((((...........))))))).(((((.....))))).............))))..(((....))).)))))).....)))))))).(((((((((((....((((((...(((((.((((.(((((.((((..............))))(((...((((((((((((((((..........)))))))).....))))))))..)))....(((((..))))).....)))))...))))..))))).........))))))......)))))))))))(((((..(((...........]]]]]]]((((((....))))))..))).)))))....)))))))...))).)))))))....))))))).....(((((....(((((((((((((((((.....))))))))))))((((((...((((((((........((((((.........((((((((.....((((.................))))((((((.((((..)))).......(((((((((((....)))))..((((...(((((((.......((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))(((((((.....))).....(((((((((((((((..((((((((((((((((........(((((((....)))))))...((((((...............))))))...)))))))......)))...((((((((((((((((...........(((((..((((.....(((((((((..)))))))))..))))............)))))..))))))))))))))))...))))))......))))))))))))..)))))))....)))))))))))(((((((...........)))))))........))))))))))))...((((..)))).)))))))).....))))))..))))))))))))))(((((((...(((.......)))......))))))).......(((((((((.........))))))))).................)))))((((((.........))))))))))))))......(((((((((((((.....)))))........))))))))..)))))))))))....))))))...........))))))))...............(((((((...................)))))))((((((...((((...))))..))))))...)))))).(((((((...............))))))).....))))))).))))))).....)))))).))))))....)))))))))))))((((.........)))).....))))))).(((((...))))))))......(((((((...((((.....))))....(((((((((.......))))).....(((((((.......((((((....)))))).......))))))).....)))))))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.(((.((.((((..(((.(((..((((.((..((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((.((.(((....(((((..(((((((((((....)))))))).((((((....)))))).)))..(((.(((.(((((......))))).)))..)))........((....))..))))).((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((((..(((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((.((((.(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).)))........((....(((((((..((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))..((....((((((...(((((((..((..((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))....))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((....(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).))))).))))))..(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...)))))))..............((((((.......)))))).)).)))))))))..))))....(((.((((..((((((((((((((.((((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((....(((((((.((.((((((((.((....))..)))).))))))..(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..((((....)))).....)))))))..((.((((.((........))))))..))...)))))))))).((((..((((..(((......)))..))))((((..((....))..)))).))))......))))))....))))))))..)))))).))))..((((....))))..((((((((((((((.....)))))))))))).)).)))..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......))).)).))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....((((((((((((...(((((.(((((.(((..(((((..........)))))...)))..(((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......)))))..))))).))))).((((((((.((.(((...(((......(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).....))).))).))))).)))))...)))..))).))).))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).)).)))).)))..))).))))))))).....((((((((((..(((((((((......))))))).))..(((((.....))))).....)))....))))))))))))).(((((((....))).)))).(((..((((.((....(((((.(((((((((.(((((((((((((..((((.(((((.((....))......)))))((((.((((((((((((....))))))...)))))).))))..)))))))))......(((((...........)))))..))))).)))))......)))))))....)))))..)).))))..)))(((((.[[[[[.))))).(((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....))))..]]]]]
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..(((((..(((.((.((((..(((.(((..((((.((..((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((.((.(((....(((((..(((((((((((....)))))))).((((((....)))))).)))..(((.(((.(((((......))))).)))..)))........((....))..))))).((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((((..(((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((...((.(((((((.(((((((((((((((((....))))))))))).)))...)))))))....(((((((..((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))..((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((..(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))).(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...)))))))...............((((((.....((((.(.((((....((((..((..((((((((...........))))))))....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((....(((((((.((.((((((((.((....))..)))).))))))..(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..((((....)))).....)))))))..((.((((.((........))))))..))...)))))))))).))))).))....(((......)))))))((((((....)))))).)))).).))))..)))))).))).))..(.((((......(((((....(....).....)))))((((((((((((.....)))))))))))).)))).)..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......))).)).))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....((((((((((((...(((((.(((((.(((..(((((..(....)..)))))...)))..(((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......)))))..))))).))))).((((((((.((.(((...(((......(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).....))).))).))))).)))))...)))..))).))).))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).)).)))).)))..))).)))))))))..(((((((((.(((..(((((((((......)))))).)))..(((((.....))))).....(((((..((...((((((((.(((((((....))).))))......((((.((....(((((.((((((((.(.((((.(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))....)))))..)).)))).))))))))..(.(((.((((((......))))))))).)..)))))))...))).))))))))).)))))..))))))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(.((((..(((((((....((((.....................................(((((((..((.........)).....)))))))....................((((((((....)))))))).((((((....)))))).......(((((..(((((......))))).)))))...........((....)).............((((((((.((.......((..((....((((((((.....))))))))..(((((..(((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))..)))))...((((((.(((.(((((((..(((((((...(((((((....))))))).............(((....)))......((((....((....))....)))).......(((((((.((((...........((((........))))......((((((((((((((....))))))))))).)))............((((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))........((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......)))))).....)))))))).))))....(((((((..((((.(((((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).))..(((((((..((....))..)))))))..((((((((...((((...(((((.((..((((((((....((((((.((((.........(((((((((((...(((.....)))..)))))))))))((((......)))).))))..))))))..............((((((((.....)))))))).........((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).))).....(((((...............(((((.......))))).((((....(((....))).(((((((...........)))))))....))))...(((..(((...(((....)))...)))..)))...)))))........((..((..(((((((((((((..((((((.((.((((((((.((....))..)))).))))))..(((.(((....((((((((((((((((.(......).))))))).....)))))))))))).)))..((((....)))).....))))))....(((..((((((.........(((..((((.....((((....)))).((((..(((......)))..)))))))).)))..((.(((((..(((((....((((((((.(....(.((((......(((((....(....).....)))))((((((((((((.....)))))))))))).)))).)..((((((((((((.(((((((((.........(((((((.....(((....))).......)))))))...((((........((....)).........(((((....)))))......))))...))))))))).((((((.......))))))....................((((((.....)))))).................)).))))))).)))..).))))))))..................((((((......))))))..))))).((((.......((...........))...)))).)))))))..)))))).))).))))))))))..)))..))..))..........((((((((....))))))))..................................))))))))..(((((.....))))).....))..)))))........((((((.(((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((.......))))))......(....)....).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).).))))))....))))..)))))))).....))))...............))))))).)))))))..............))))))).)).)))))))).)))))).))...))..........))..)))))))).(((.((((((......))))))..)))................................))))......(((((((....))).)))).......)))))))..)))).).((((((((.(..((((............(....)............(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))..((((.....))))....(((((((((................((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))....)))).)))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..(((((..(((.((.((((...((.(((..((((.((..((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((....(((....(((((..(((((((((((....)))))))).((((((....)))))).)))...(((((..(((((......))))).)))))...........((....))..))))).((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((((..(((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((.((((.(((((((((..((((((((..((((....))))..))))).)))........((....((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))..((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((..(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))).(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))....))))))..............((((((.......)))))).)).)))))))))..))))....(((.((((..((((((((((((((..(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))..(((((((((((((..(((((((.((.((((((((.((....))..)))).)))))).(((((.......((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))...(((....)))...))))).....)))))))..)).((((.((........)))))).......)))))))))))))))).((((..(((......)))..))))((((....))))...((((...(((....))).))))....))))))))..)))))).))))..((((....))))..((((((((((((((.....))))))))))).))).)))..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......)))....))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....(((..((((((.....))))))...(((.............(((...(((((.((.....(((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......))))).((((((.......)))))).)).)))))...)))......(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...((((((.(((........)))))))))......))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).)).)))).)))..))..)))))))))..(((((((((((((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....))))).......((((((((.(((((((....))).)))).((((((...((((...))))..))))))....((((((((..((((........))))......(((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..))).......)))))))).((((.....))))....))))))))....(((.((((((......)))))))))...((((((....)))))))))))))).)))))..))))))........