RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3NPB_A

RNA: 3NPB_A
Rfam family: SAM

			GUUCUUAUCAAGAGAAGCAGAGGGACUGGCCCGACGAAGCUUCAGCAACCGGUGUAAUGGCGAAAGCCAUGACCAAGGUGCUAAAUCCAGCAAGCUCGAACAGCUUGGAAGAUAAGAAC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.[[[[)))......))))).((..(((((...((((......)))).)))..)).))....(]]]]((.((.......)).))..))))))))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((..(((((((.()(((.[[[[)))......))))).)).()(((((..((((((..))))))))))..)........(]]]]((.((.......)).))..))))))))))                                             (                                   )                                                                     (                                                   )                                                                                     (                            )                                                                                       (                                 )                                                               (                                                           )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......)))))....(((...((.(((((....))))).))...)))...........((((((.....))))))...)))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................(((((....)))))....................((((((.....))))))............
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((......(((...(((.....)))......)))..((((.(((((((..............)))))..))))))........(((((.......)))))...)))))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((......(((..((((.....)))).....)))..((((.(((((((..............)))))..))))))........(((((.......)))))...)))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.(.(((.....)))..)...)))))(((.(((((..(.(((((....))))).)))..))))))....(...((((((.....)))))))..)))))))))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.(.(((.....)))..)...)))))(((.(((((..(.(((((....))))).)))..))))))....(...((((((.....)))))))..)))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.(.(((.....)))..)...)))))(((.(((((..(.(((((....))))).)))..))))))...((...((((((.....)))))))).)))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......)))))((((.((...((.(((((....))))).))...))))))...((((...((((.....)))))))).)))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......))))).(((.((...((.(((((....))))).))...))))).........((((((.....))))))...)))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.((((((...(.(((((.((((.....)))).)...)))).((((.((((((..(((......)..)))))..)))))))...)....((((((.....))))))...)))))).).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((...(.(((((.((((.....)))).)...))))..(((.(((((....((..(....)))..))..))))))....)...(((((((.....)))))))..)))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....(((((..((((......)))).....)))))((((((..(....................)...))))))........(((((........)))))...))))))))
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......))))).(((.((...((.(((((....))))).))...)))))....((((...((((.....)))))))).)))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......)))))((((...(((...(((((....))))).)))....))))........((((((.....))))))...)))))))))
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((............(((.....)))...........(((.(((..........................))))))............................))))))...
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((......(((...(((.....)))......)))..(((.(((..........................))))))............................))))))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..(((.(((...(((.....)))......))).)((((.(((((((..............)))))..))))))...))...(((((.......)))))...)))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..(.(.(((..((((.....)))).....))).)((((.((((((................))))..))))))....)...(((((.......)))))...)))))))..
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......)))))((((.(((((...(((((....))))).)))..))))))...((((...((((.....)))))))).)))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......))))).((.((((((...(((((....))))).)))..))))).........((((((.....))))))...)))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......)))))((((.((......(((((....)))))......))))))...((((...((((.....)))))))).)))))))))
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((............(((.....)))...........((((.........(((((....)))))........))))........((((((.....))))))...)))))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((......(((...(((.....)))......)))..(((.(((.((..................))...))))))........(((((.......)))))...))))))...
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((......(((...(((.....)))......)))..((((...((((................))))....))))........(((((.......)))))...))))))...
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((.(.(((.....)))..)...))))).(((.(((((...(((((....))))).)))..))))).........((((((.....))))))...)))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((.(((((...(((.....)))......))))).......(((...(((((....))))).)))......))........((((((.....))))))...)))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(.(((((...(((.....)))......)))))(((.(((...((.(((((....))))).))...)))))).....)..((((((.....))))))...)))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................((..(......).......................(...)...))......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................((......(((.....))).............(.....)....))......
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......)))))((((.((...((.(((((....))))).))...))))))........((((((.....))))))...)))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((...(((.....)))......))))).(((.((...((.(((((....))))).))...))))).........((((((.....))))))...)))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((....................))))).(((.((..((..(((((....)))))...)).)))))....((((((...........)).)))).)))))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((....................))))).............(((((....)))))..((((..((((......)))).(((.....)))))))..)))))))))

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