RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3O58_2

RNA: 3O58_2
Rfam family: 5S_rRNA

			GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((.......................))....)))))).)).(((((.......(((((..((....)).))))).....))))).))))))))).
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((....((((((((....({((........[...(.]..)....)}.).))))))).)).(((((......(((((((.((....)))))))))....))))).))))))))).                            (                       )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((..(((((.(((((......))..))).)).)))...))))))...((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))).))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((....................................))))))...((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
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CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((............))).)..))....)))))).))(((((((......(((((.(((....))))))))....)))))))))))))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((....(...((..............))....).....)))))).))((((((....((.(((((.(((....))))))))...))))))))))))))))).
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((.(.(((............))).)..))....)))))).))((((((....((.(((((.(((....))))))))...))))))))))))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((....................................))))))...((((((.......((((.((((....)))))))).....))))))))))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((...((((.(((((......))..))).)).))....))))).)).((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((..(((((.(((((......))..))).)).)))...))))))...((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
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MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((.((((..((..(.((.(....).)).)..))....)))).)).)(.(((....))).)(((..(.(((.(.(((.(((..))).))).).)))).)))))))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..((((((......))..)).))..)))...)))))).)).((((((......((((((.((....))))))))....)))))).))))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((..(((((..(....))..))))...)))...)))))).)..((((((..(.(.(((((.(((....)))))))).).))))))).))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..((((..((....))...))))..)))...)))))).))(((((((......(((((.(((....))))))))....)))))))))))))))).
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((((.(((((......))..))).)).))....)))))).)).(((((....(..(((((.(((....))))))))....)))))).))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((....................................))))))...((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((.......................))....)))))).))((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.....(.((((((.((....))))))))..)..))))))))))))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((((......))..))).)..))....)))))).))(((((((......(((((.(((....))))))))....)))))))))))))))).
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((....................................))))).)))((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)).)))...)))))).)).....(((((((.((((.((((....))))))))...)))).)))))))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((............))).)).)))...)))))).))((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((........(((............)))..........))))))...((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((........(((((......))..)))..........)))))).))((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)).)))...))))).))).....(((((((.(((((.(((....))))))))...)))).)))))))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)).)))...))))).)))......((((((.(((((.(((....))))))))...)))).)).))))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((((......))..))).)).)))...)))))).))((((((.......((((.((((....)))))))).....))))))))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................(..(.(.....................................))...)..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((((......))..))).)..))....)))))).))((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((((.(((............))).)).)))...)))))).))((((((.......((((.((((....)))))))).....))))))))))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((..(((((.(((((......))..))).)).)))...))))))...((((((.......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...........((((......)))).................(((.((((......)).))))).((((.(((((.(((....))))))))...))))....))))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...........((((......))))...........(((...[[[.[[[[)))...]].]]]]].((((.(((((.(((....))))))))...))))....))))))))).

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