|
|
|
GGGCUUCGUUAGGUGAGGCUCCUGUAUGGAGAUACGCUGCUGCCCAAAAAUGUCCAAAGACGCCAAUGGGUCAACAGAAAUCAUCGACAUAAGGUGAUUUUUAAUGCAGCUGGAUGCUUGUCCUAUGCCAUACAGUGCUAAAGCUCUACGAUUGAAGCCCA |
| Reference structure (std) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((.[[[..[[[..[[[[[[[[......[[[[[[(((((....((((....))))....))))).....[[[[[[[[[......)]]]]]]]]]..].]]]]].((........))....]]]]]]]].]]]...]]]..))....))))))).
|
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((([(.<<<<<<<<<.<<<<<<<<<a(.A.<<<<<<[[[[[[...[[[[..)(]]]]...]]]]]].{...{{{{{{{{b.{...))B}}}}}}}}}.>.>>>>>(((........)))).>>>>>>>>>>>>>>.>>>>..].().}))))))). ( ) () ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( )
|
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((((((......(((((.(((((....................)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).......................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((..(((...(((((((......(((((.(((((....((((....))))....))))).....((((..(((.......)))..))))....))))).((((....))))....)))))))..)))...))).)))....)))))).. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....(((((.((((.......)))).)))))...))))).((((....))))....)))))))).)))...))).))))....))))).. |
|
CentroidFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(..(((((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).))).....))..)...)))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(..(((((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).))).....))..)...)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(.((((((..((((((((..(((.(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))))).)))))))).))).....)).)))).)))))))). |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.............((((((((......(((((.((((.....((((....)))).....))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).................)))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)))...)))..))))....))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((..((((((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)....)))..)))...)))))))). |
|
MCFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(.(..((.((((((((((((.(..(.(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))))((((....))))..).)))))))).)....)))))..).).)))))))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((....((((....))))....)))))....(((((((((((.....)))))))))))..)))))))((((....)))))))))))))))).)....))))))))))))))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((..((((.((((((((.(....((((((.((((...(((((....)))).)..)))).....((((((((((.......))))))))))..)))))).((((....))))...)))))))))))))...))))))))....))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.(((..(((..((((((((.(....(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...)))))..((((()))))....))))))))).)))...))).)))))....)..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)))...)).)......)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........((((.((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).(((((..)))))....))))))))......)))).......)))))))). |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((....((((..........................(....).................((((..((.........))..))))............................))))...)))...................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((..(((..(((.(.(((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....(((((..(((.......)))..)))))...))))).((........))....)))))))).)))...)))..)))........... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(.(((..(((..((((((((....(.(((((.(((((....((((....))))....))))......((((.((((.......)))).)))))...))))))((((....))))....)))))))).)))...)))..))....)))))).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((..(((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....(((((.((((.......)))).)))))...))))).(((......)))....)))))))).)))...)))..))....)))))).. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....))))))))((((((((..(((.(((((((((((....((((....))))....)))).))..((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))))).)))))))).......(((..........)))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)))...)).)))....)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((..(((..((((((((..(((.(((((((((((....((((....))))....))))).)..((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))))).)))))))).)))...)).)))....)))))))). |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.......(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)))........)))).......... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((...(((((((......(((((.(((((....((((....))))....))))).....((((..(((.......)))..))))....))))).(((......)))....)))))))..)))...................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((..(((..(((.(.(((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....(((((..(((.......)))..)))))...))))).(((......)))....)))))))).)))...)))..))....)))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)))...)).)))....)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..(((..(((.((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....))))))))......)))..))))).)))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)))...)).)))....)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................(.......(.(.......((.........((...))......))............(......)............)..)......)....................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((..(((...(((((.(......(((((.(((((....((((....))))....)))))....(((((..(((.......)))..)))))...))))).((((....))))....).)))))..)))...)))....)).......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((...(((.((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....))))))))......)))...))...)))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((..(((..((((((((......(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))....)))))))).)))...)))..))))....))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((....((((.....))))....(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))...)))....(((..............)))))))))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((....((((.....))))....(((((.(((((....((((....))))....)))))....((((((((((.......))))))))))...))))).((((....))))...)))....(((..............)))))))))). |