RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3RKF_A

RNA: 3RKF_A
Rfam family: Purine

			GGCCAUAUAACUGCGUGGAUAUAGCACGCAGGUUUCUACCGGGCACUGUAAAUGUCCGACUAUGGUC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((((([..(((((((.....{{)))))))(.....])((((((}}.....))))))..)))))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((.(((((((.[[[.[[)))))))).....).((((((]]()]]]))))))..)))))))                                    (                        )                                                     (    )                                               (      )                                                               (                          )                                                    (   )                                        (                           )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))(((......(((((.......)))))))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((((.......))))))).)).....((((((.......))))))..)))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((((..)).)))))))(((..)))((((((.((..)))))))))))))))))
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.(..)..)))))))((....))((((((.(....)))))))..)))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((....((((((.......)))))).........((((((.......))))))..)))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((....((((((.......)))))).........((((((.......))))))..)))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((....((((((.......)))))).........((((((.......))))))..)))))..
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))((....))((((((.......))))))..)))))))
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.....((((.........))))..(((........(((.......)))..))))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((.......)))))))(...))).((((((.......))))))..)))))))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))((....))((((((.......))))))..)))))))
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((.......)))))..((....))((((((.......))))))..)))))))
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))((....))((((((.......))))))..)))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((((.......))))))).)).....((((((.......))))))..)))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((.........))))..(((......(((((.......)))))))))))))))
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((.......))))).........(.(((((.......))))))..)))))))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.((..)))))))))).......((((((((...))))))))..)))))))
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.......)))))))).......((((((.......))))))..)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.(((((((.......))))))).....)).((((((.......))))))..))))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((.......))))))).....)).((((((.......))))))..)))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((..[[[[[)))))))........((((((]]]]]..))))))..)))))))

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