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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3SD1_A



RNA: 3SD1_A
Rfam family: THF

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Reference structure (std) [ sec struct ] ((((....((((((((((((......(((((((...[[[[....))))))).....((....))))).)))))))))..]]]].)))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((.({{{{{{{{{{{{..{{.{{{{{{{{.[.)((((].)}}}}}}}}.}}.(((..)))}}}.}}}}}}}}}.)))).))))).
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Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((..(((((((((((..((((((((((...........)))))).))...))...)))))...)))))).))).....)))).
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((.((((((((((......(((((((((.(((....))))))))).)))..(((....))).)))))))))))).....)))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((........(((((((...........)))))))................))))))))))............
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....((((((((((........(((((((...........))))))).....((....))...)))))))))).......)))).
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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((.((((((((((.....((.(((((((...........)))))))))...(((....))).)))))))))))).....)))).
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((.((((((((((.....((.(((((((...........)))))))))...(((....))).)))))))))))).....)))).
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((.((((((((((.....((.(((((((..(......).)))))))))...(((....))).)))))))))))).....)))).
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((........(((((((...[[[[[[..))))))).........{{{{...))))))))))]]]]]]}}}}..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....((((((((((.....((.(((((((.(((....))))))))))))...(((....))).)))))))))).......)))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....((((((((((.....((.(((((((.(((....))))))))))))...((....))...)))))))))).......)))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....((((((((((((......(((((((...........))))))).....[[....))]].)))))))))).......)))).
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MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((.((((.(((((((...((.(((((((.(((....))))))))))))....((..)).)).))))).))))..))...)))).
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....((((((((((........(((((((...[[[[[...))))))).....(((....))).)))))))))).]]]]].)))).
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....((((((((((.....((.(((((((.(((....))))))))))))...(((....))).)))))))))).......)))..
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RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((((.....(((((((...........)))))))..........))))))......................
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RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....((((((((((........(((((((...........)))))))................)))))))))).......)))).
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....((((((((((.....((.(((((((.(((....))))))))))))...((....))...)))))))))).......)))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....((((((((((.....((.(((((((.(((....))))))))))))...((....))...)))))))))).......)))).
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RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((((((((((((((((((((((......)))).)))))).))))(((..))))).)))))))))))...)).)))).
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...(((((((((((((...((((((((((........))).)))))).)...((....)))).)))))))))))......)))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....((((((((((........((((((..(((....))).)))))).....((....))...)))))))))).......)))).
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....((((((((((........(((((((.(((....)))))))))).....(((....))).)))))))))).......)))).
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....((((((((((........(((((((.(((....)))))))))).....(((....))).)))))))))).......)))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....((((((((((.....((.(((((((.(((....))))))))))))...((....))...)))))))))).......)))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.....)))).((((..((.(((((((.(((....))))))))))))..)))).(((((.((((........)))))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.....))))..(((..((...[[[[.))..))).((((]]]]..)))).....(((((.((((........)))))))))..