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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3W1K_J
RNA: 3W1K_J
Rfam family:
tRNA-Sec
| GGGAGUAGAUAGGCGCUGGUGUGCCUCCUAGACUUCAAAUCUACGGUCUCGCUAUUUAAGCGAGAGGUGGGUUCGAUUCCCACAUACUCCCG | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | (((((((....(((((..[.))))).((((((.......)))).))(((((((.....))))))).{{{{{..]....}}}}}.))))))). | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
((((((((...((((([[{.))))).(((((((.....))))).))((((((((...)))))))).<<<<<<]}.>].>>>>>)))))))). ( ) |
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| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................................................................ |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....)))))).(((((.......)))))..(((((.........)))))..((((.......))))..))))))). |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))........((.(((((((.((((((((.....))))))))))))))).))........))))))). |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...(((((......)))))(.((((.......)))).).(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..((((((....)))))).(((((.......)))))..(((((((.....))))))).(((((.......))))))))))))). |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................................................................ |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))....................(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| Multilign(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| Murlet(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...........................(((((.......))))).......................((((.......)))).......... |
| PETfold_2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..((((((....)))))).(((((.(...).)))))..(((((.........)))))..(((((...)..))))).))))))). |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....)))))).(((((.(...).)))))..(((((.........)))))..(((((...)..))))..))))))). |
| PPfold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................................................................ |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
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| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.((....)).(((..))).((((((.......)))).))((((((((..)).)))))).((((((...)..))))).))))))). |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..........(((..))).((((((.......)))).))((((((((..)).)))))).(((((.......))))).))))))). |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..(.........................((((.......))))....(((...........)))...((((.......)))).....).... |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| TurboFold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((((....))))))((((((.......)))).))(((((((.....))))))).(((((.......))))).))))))). |