RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3W3S_B

RNA: 3W3S_B
Rfam family: tRNA-Sec

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Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((.((((..((.((([..(.])))))((((((.......))))).)((((.((((....)))).)))).(((((..)....))))))))).)))...
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((.((((..((.(((([[()))))))((((((.......))))).)((((((((((..)))))))))).((((((]..)].))))))))).)))...                    (                                                         )                                          (                                               )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((.(((....))))))..((((..((.((.(((...((((.((((....)))).))))...))))).)).))))..))))))...))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((....)))))).(((((.......)))))..(((((............)))))..((((.......))))..)))))))...
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((....))))..((((((.......))))).)((((.((((....)))).)))).(((((.......)))))))))))))...
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(.((((....)))).)((((((.......))))).)(((((((((....))))))))).(((((.......)))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((....))))...(((((.......)))))..((((.((((....)))).)))).(((((.......)))))))))))))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((.((((....)))).))(((((.......)))))..((((.((((....)))).))))((((((.......)))))))))))))...
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((.((((....))))))((((((.......))))).)((((.((((....)))).)))).(((((.......)))))))))))))...
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......((((....))))...(((((((((...[[[[....)))))))))...]]]].....((((((.......)))))))))))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((.(((....)))))).(((((.......)))))..((((.((((....)))).)))).(((((.......)))))))))))))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((.(((....))))))..((((..((.((.(((.(.((((.((((....)))).)))).).))))).)).))))..))))))))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((.((((....)))))).(((((.......)))))..((((.((((....)))).))))((((((.......)))))))))))))...
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(..(((....)).))..(((((.......)))))..(((((((((....)))))))))..((((.......)))).)))...)))))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((.((((....)))))).(((((.......)))))..((((.((((....)))).)))).(((((.......)))))))))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......((((....))))((((((((((((...........)))))))))...)))......((((((.......)))))))))))))...
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((.(((....)))))).(((((.......)))))..((((..(((....)))..)))).(((((.......)))))))))))))...
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((........................(((((.......)))))..........................((((.......))))........))).
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((([[[(..<<<.<(aaaaaaaaaaaa(...{{))).)>)AAAAAAAA..((((((..)>>>.AAAA..}})))))).))))))))]]]
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((....)))))).(((((.(...).)))))..(((((............)))))..(((((...)..)))).))))))))...
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((....))))((((((((.......))))).)))...((((....)))))))..((((((.......)))))))))))))...
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((.((((....))))))..((((..((.((.(((...((((.((((....)))).))))...))))).)).))))..))))))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((.((((....))))))((((((.......))))).)((((.((((....)))).)))).(((((.......)))))))))))))...
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((....))))...(((((((((...........)))))))))...(((((....((((((.......))))))..))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......((((....))))...(((((.......)))))..((((.((((....)))).))))((((((.......)))))))))))))...
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....................(((((.......)))))..........................................))))))))...
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......................((((.......))))....((((............))))...((((.......))))..)))))))...
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((.(((....))))))..((((..((.((.(((.(.((((.((((....)))).)))).).))))).)).))))..))))))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((.((((....)))).)).((((..((....(((...((((.((((....)))).))))...)))...)).))))..))))))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((.((((....))))))((((((.......))))).)((((.((((....)))).))))((((((.......)))))))))))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..)))(((.((..))))).(((((.......)))))..((((.(((((..))))).))))(((((((...)..)))))).))))))...
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..)))(((.((..))))).(((((.......)))))..((((.((((....)))).))))((((((.......)))))).))))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..................((..))....(((.......)))..((.(((....)))....)).(((((.......))))).)))))...))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((.((((....))))))..((((..((.((.(((.(.((((.((((....)))).)))).).))))).)).))))..))))))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((.(((....))))))..((((..((.((.(((...((((.((((....)))).))))...))))).)).))))..))))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((.((((....)))).(((((((.......))))..)))...((((....))))...))).((((.......)))).))))))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((....))))...(((((.......)))))..((((.((((....)))).))))[[[[[[.))))).]]]]]])))))))...

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