RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3ZEX_D

RNA: 3ZEX_D
Rfam family: 5S_rRNA

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Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((.(((...(....)...)))...))....)))))).))((((((......((....(((....)))...)).....))))))))))))))).
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((..[.((((((((.....((((((...{.(..})..)))..)))....)))))).))(.(((((.(.(((((((.((((..)))))))))))).)))))])))))))))).                           (                           )                                                                        (                                                                                                       )                                                                          (                                        )                                                    (  )                                                                                    (                                                                                                     )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))).))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).(((((............(((....)))..........)))))...........
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((...................................))))))...((((((......(((((...........))))).....))))))))))))))).
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CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((....(..((((((......)))..)))..).....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((..........(((......))).............))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(....(.((((((...((..((((((......))..))))..))....))))))..)((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))).))))))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.....((((((............))))..))....))))))....(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((((......)))..)))..))....)))))).))((((((...((.(((((.(((....))))))))..)).))))))))))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.......((((..[[[[......))))........))))))...((((((.....]]]]...((((((....))))))....))))))))))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).(((((...((.(((((.(((....))))))))..)).))))).))))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((...((..((((...(....)...))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((.(((......))).))....))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((.((((.((.(((.(.(((......))).)))).).(.(.(.((((...)))).).).).).)))).)..))).)))((.((((...)))).))))))))))).
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MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((((((.((....))))))))....)))))))))))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..(((((..(....))..))))..)))...)))))).)).((((((..((.(((.(((((....)))))).)).)))))))).))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((...(....)...))))..))....)))))).))(((((((.....((((.((((....))))))))....)))))))))))))))).
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((...((..((((((......)))..)))..))....))))))....(((((...((.(((((.(((....))))))))..)).))))).))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((....(((.................)))........))))))...((((((......(((((...........))))).....))))))))))))))).
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).(((((...((.(((((.((......)))))))..)).))))).))))))))).
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....))))))))))))))..
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((aaaaaa...(((..<<<<<<<<<(..{{{))))})))....AAAAAA..[[..(((((}}>..)))))[[[[[[))))]]]]]]..]]>>>>>>>>))))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..))))))))))))))).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)))(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....))((.....)).....(((((((((((((.....)))).((((((.....)).(((((.....)))))(((....))))))))))...))))))))))))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((((......)))..)))........)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((......(((((...........))))).....))))))))))))))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((................................))))))))))))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((...((..((((............))))..))....))))))....(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((.((.......((.(((((((((((...........).(((..((((...))))...)))..)))).)))..))).))..........))))...))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(..((.(((..((((((.((((((((((((........).).(((..((((...))))...)))..)))).)))..))).))))))(..)).))))..)))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................(..........)..............(...............).........
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((..((((...((..((((............))))..))....))))...))((((((...(..(((((.(((....))))))))...).))))))))))))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((...((..(((.((......))...)))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((...((..((((............))))..))....))))))....(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((...((..((((............))))..))....))))))...((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......((((((.......((((............))))........))))))...((((((((.....)))..((((((....)))))).....))))).)))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((........................((((...[[[......)))).........(((.....))).(((....)))]]].((((((....)))))).)))).((((.....)))).

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