 | ||||||||||||||
| ||||||||||||||
 | ||||||||||||||
RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 3ZND_W
RNA: 3ZND_W
Rfam family:
tRNA
| GGGCCCUUAGCUUAGUCUGGUUAAAGCGAUCGGCUCAUAACCGAUUGGGCGCUGGUUCGAAUCCGGCAGGGCCCACCA | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | ..(........(.............)..(((...........))).......(((.......))).......)..... | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
.((((..(..{.{<(.......>)}}..(((([(.....])))))....)(((((.......)))))...)))).... ( ) ( ) ( ) |
|
| CMfinder(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((...(((..........)))(((((.(........))))))...(((((.......)))))))))))..... |
| Carnac(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...................(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((..............................................................)))))).... |
| CentroidAlifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((..........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
| CentroidHomfold‑LAST | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...................(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((((((.((....(((.....))).....))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((((((.(((((.((((()).)))..)))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
| Cylofold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((((......))))))..(((((((.......)))))))...(((((.......))))).)))))).... |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))).)))))).... |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
| MCFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((((((.((((((((((..).)))).)))))))))))))((((((...)..)))))))))))).... |
| MCFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((((((.(((((.((((..).)))..)))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((..........))))..((((.......))))......(((((.......)))))))))))).... |
| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.((((......))))..(.(((((((.......))))))).)..((((.......)))).))))))).... |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................. |
| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....................(((((.......)))))...........((((.......))))))))))). |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
| Multilign(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.(((((......)))))...(((((((.......)))))))...(((((.......))))).)))))).... |
| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((..........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))...)). |
| NanoFolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((({{{{[.((<<<<)].((aaaaaaa))..)}.AAAAAAA}}}(((((...)>..))))))))))))>>>) |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((..........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))).... |
| PETfold_pre2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... |
| PPfold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................. |
| PPfold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))).)))))).... |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))((((((....).)))))))))))).... |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((((((.((((((..............)))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
| RNASampler(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((((......)))))...(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
| RNAalifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))).)))))).... |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))).)))))).... |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((((........))))).(((((..(...)))))).....((((((...)..)))))))))))).... |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((.............................................(....(.....).............)..)). |
| RSpredict(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...........................................(((((.......)))))))))))...). |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))).)))))).... |
| TurboFold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...(((......))).....(((((((.......)))))))...(((((.......))))).)))))).... |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((..((((.(((((.(((.....)))..)))))))))..))(((((.......))))).)))))).... |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.(((((......)))))...(((((((.......)))))))...(((((.......))))).)))))).... |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.(((((......)))))...(((((((.......)))))))...(((((.......))))).)))))).... |