RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4A1C_2

RNA: 4A1C_2
Rfam family: 5_8S_rRNA

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(........(((.(((.((((......)))))))))).(((((....(((.......((((((.(((...))).)))))).....)))..)))))...((((((((.((((..(.(((((((......))))))))..)))))))))...))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((.((((......)))))))).....)))))).(((.(((...((((((.(((...))).))))))....)))..(((....)))..(((((.((((...((((((((......))))))))..))))))))).)))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................((((((((......))))))))..................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................((((......)))).......................................................(((((((....)))))))....................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................((((((...............................................))))))....................(((((((....)))))))....................
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((...............))))................(((...((((((.(((...))).))))))....)))...............((((.((((((.((((((((......))))))))))))))))))........
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((...............))))................(((...((((((.(((...))).))))))....)))...............((((.((((((.((((((((......))))))))))))))))))........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.((..(((.........))).....)).)))).............((((((.(((...))).))))))......................((((.((((((...((((((......))))))..))))))))))........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.......((((.((((......)))))))).......................(((....(((((....))))).....)))...............(..((....)))((((((((......)))))))).....)))).........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((.(((........)))))))................(((...((((((.(((...))).))))))....)))..............(((((.((((((.((((((((......))))))))))))))))))).......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.(((.((((......)))))))))).(((((....(((.......((((((.(((...))).)))))).....)))..)))))...((((((((.(((((..((((((((......)))))))).))))))))))...))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.(((.((((......)))))))))).(((((........(((...((((((.(((...))).))))))....)))...)))))...((((((((.((((..(.(((((((......))))))))..)))))))))...))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((...............))))......................((((((.(((...))).))))))......................((((.((((((.((((((((......))))))))))))))))))........
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.(((.((((..((.(((.((.........(((.((.(((.(.....((((((.(((...))).))))))...).)))..)).))))).))).))..((((((.((((((((.(..).)))))))))))))))))).))).)))
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MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....((.(((((((.....................(((((((....((((......)))).............................)))))))...................(((((((....))))))).....)))).)))...))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((..(((((((................((((((....(((......(((((((.(((...))).)))))))....)))..))))))....................((((((((..))))))))..))))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((.((((.((((......)))))))))).(((((....(...(((...((((((.(((...))).))))))....)))..))))))......(((((.(((((..((((((((......)))))))).)))))))))).......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((..........[[[[[))))...(((((....((((......((((...)))).))))..((((.]]]]])))).)))))...........((((....((((((((......))))))))...........))))...
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((.........)))......(((((....(((.......((((((.(((...))).)))))).....)))..)))))......(((((.(((((..((((((((......)))))))).)))))))))).......
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................((.....))(((((........)))))....................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................((((.((((..(((.....(((((....)))))..............((((....))))..)))..))))((((((((()))))))))............))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((b((..{{{{.{{{{.{{{{(<<<<<<<..))B))).((((aaaaa.aaaaa(.[[[..)))).)AAAAA)}}}}]]].>>>>>.}}}}(((...cccc)))..(((((((())....)))))))).AAAAA}}}}CCCC>>..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((........((.(...)......(...).))((((((......)))).......(((....................)))......))))...((.....))(((((((....))))))).)..((.....)).......
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((......(...).....((..(....((...((........))..((....((((........(((.....))).............((((....)))).))))....))(((((((....))))))).))....)...)).))....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((((((((((((((..............................................................................................((......))))))))))))))))))))))))..
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(.........(.............((........))..((.....(((.........(.......)..............((((....)))).))).....))(((((((....)))))))............).).....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((.((((......)))))))).....)))))).((((......))))....(((((....))))).(((((....)(((.........)))((....)).((((((((......))))))))))))..(((.....))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.((((.((((......))))))))...[[[[[.)))....(((...((((((.(((...))).))))))....)))...]]]]]...((((((((.((((...((((((((......))))))))..)))))))))...))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.((((.((((......)))))))))).{{{{{)))..((((((...((((((.(((...))).))))))....)))...}}}}}...[[[(((((.(((((..((((((((......)))))))).)))))))))))))]]].
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((..(((((.......(((((................((((......))))....(((((....))))).))))).....)))))......(((((.((((((.((((((((......)))))))))))))))))))..)))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((.(((....)))............(((((....((((......))))....(((((....)))))...........)))))....................(((((((......)))))))....))))...........
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((......(((((((((.((((..........(((((....(((...............(((((....)))))......)))..))))).....))))............((((((......)))))))))))))))..)))......
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................(((((((....)))))))....................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................((((.((((..((((....(((((....)))))..............((((....)))).))))..))))(((((((....)))))))............))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.(((.((((......)))))))))).(((((....(((.(.....((((((.(((...))).))))))...).)))..)))))...((((((((.((((..(.(((((((......))))))))..)))))))))...))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((......(((.(((.((((......)))))))))).(((((........(((...((((((.(((...))).))))))....)))...)))))...)).(((((.((((...((((((((......))))))))..))))))))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((.((((......)))))))).....))))))((((.(((...((((((.(((...))).))))))....)))(((....(((((......((....)).((((((((......))))))))))))).))).))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..))))......(((..))).(.(((((......))))).)(((((..((((((((((.(........)))))))..((((((((((.((((....))))).)))))))))..(((........))).(((..)))))))..)))))..
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..))))......(((..)))...(((..........)))..(((((..((((((((((...........))))))..(((((..((..(((......)))..))..)))))..(((........))).(((..)))))))..)))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................(..........((.....(..(..)).....))..)..............................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.((.(((((..(((.((...(.((...((.(..((.(...((((......)))).)...))....)...))..)).)...))...)))......)))...(((....(((((.(.........))))..)).))))).)).))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((.((((......))))))))...(((((..............((((((.(((...))).))))))..........)))))......(((((.((((...((((((((......))))))))..))))))))).......
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((.((((......))))))))...(((((....(((.......((((((.(((...))).)))))).....)))..))))).......((((.(((((..((((((((......)))))))).)))))))))........
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((.((((......))))))))...(((((....(((.......((((((.(((...))).)))))).....)))..)))))...................((((((((......))))))))..................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.(((.((((......)))))))))).(((((....(((.......((((((.(((...))).)))))).....)))..)))))...((((((((.((((..(.(((((((......))))))))..)))))))))...))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((.((((......))))))))...(((((....((((......))))....(((((....)))))...........)))))......(((....)))...((((((((......))))))))......(((.....))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((.((((......)))))))).....)))))).((((......))))....(((.((((..((((...[[[))))....((((....)))).))))...]]]((((((......)))))).....)))(((.....))).

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