RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4A1C_3

RNA: 4A1C_3
Rfam family: 5S_rRNA

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Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((......(((((..((....)).))))).....)))))))))))))))..
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((({(.}((((((((....(<(((((...([[..)]].))))...>.).))))))).)))(((((..(.((((((((.(((..))))))))))))..))))).)))))))))..                             (                    )                                                                                                         (         )                                                                                                       (                      )                                                                                                                                       (                                          )                                                    (  )                                                                                                              (           )                                                                                                                                                             (          )                                                              (        )
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))))..((((((......((.((((((....)))))))).....)))))))))))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((.......((((............))))........)))))))..((((((.........((((((....)))))).......)))))))))))))))..
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CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))))))))....))))))))))))))))..
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((..((((............))))..)))...)))))))..((((((......((.((((((....)))))))).....)))))))))))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((..((((............))))..)))...)))))))..((((((......((.((((((....)))))))).....)))))))))))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((...((..((((............))))..))....)))))))..((((((......((.((((((....)))))))).....)))))))))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...))))))).)((((((......((.((((((....)))))))).....)))))))))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))))...(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((..((((............))))..)))...)))))))..((((((......(((.(((((....)))))))).....)))))))))))))))..
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(..(((((((..(((..((((...(....)...))))..)))...)))))))).)(((((.(..(.(((((.(((....)))))))).).).))))).)))))))))..
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MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))((((((......((((((.((....)))))))).....)))))))))))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)..((((((..((.(((.(((((....)))))).)).)))))))).)))))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....)))))..))...))))))))))))))))..
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))...(((((......((((.((((....)))))))).....))))).)))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..((((((((((....))))....((((((((.....)))).......((((..))))))))))))))...((((((....))))))((((..))))...)))))))))..
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((....(((((((.....................................))))).))(((((.......((.((.(((....))))).))......))))))))).)))...
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...(((((((((.......((((<<<<<<<.....)))).{{{{{{.)))))))[[[[[[[[}}}))}}}..>>>>>>>..((aaaa.))AAAA]]]]]])))))))))]]
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((((((......((((((...(....)...))))..)).....))))).)))((((....(..(((((..((....)).))))).....))))).)))))))))..
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((((((((....))))....((((((((.....))))(.....)(((....)))))))))))))...((((((....))))))(((....))).).)))))))))..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))))..((((((......((((.((((....)))))))).....)))))))))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..((((............))))..)))...))))))).)(((((((.....((((.((((....))))))))...).)))))))))))))))..
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RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((......(((((...........))))).....)))))))))))))))..
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((((........((((............))))..(.....)))))).))(((((.......((.((..((....)).)).))......))))))))))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))))...(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((((((((((.(((..(((((((......)))))))..))).).))))))).)))))).((((..)))).....((((((.......).)))))((.(.((..)))))
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.(((((((((..(((..((((............))))..)))...))))))).)).))).((((..)))).....(((((..........)))))((.(.(....))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................(((.......(.....)...)))................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(...(((....((((...........((((((......))..))))............)).))..(.((......(((((.(((....))))))))......)).).)))....).).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((..((((............))))..)))...)))))))..((((((......(((.(((((....)))))))).....)))))))))))))))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))...(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))))...(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))))..((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((((.((((....))))....((((.(((.....)))..((((.....))))...)))).))))).....((((....)))).((((....))))..)))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((((.((((....))))....((((.(((.....)))..((((.....))))...)))).)))))....(((((....))))).(((....)))...)))))))))..

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