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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4AOB_A
RNA: 4AOB_A
Rfam family:
SAM
| GGCUUAUCAAGAGAGGGCAAGAGACUGGCUUGAUGACCCCCGGCAACCAAAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGAGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCA | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | ((((((((....(.(((...(((.[.[[)))......))))(((..(((....))).)))...(]].](((.(....).)))..))))))))). | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
((((((((..({(.((((.((((.<<<..))...).)))))(})..((((..))))...)...()>>>((((((..))))))..))))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| CRWrnafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((.(((.....)))..))..))).(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................. |
| Carnac(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.................................((((.(((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((......))))))........(((((....)))))...)))))))). |
| CentroidAlifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((......))))))........(((((....)))))...)))))))). |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((..(.........)......)))..(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((((.......))))....)))..(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| CentroidHomfold‑LAST | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((............(((.....)))..........((((.(((....)))))))........(((.(....).)))...)))))))). |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....))).......)))(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((....(.(((((((.......))))....))).)(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| Cylofold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((........[[[[.......)))......((((....))))]]]].(((((....))))).........)))))))). |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..((((.(((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..((((.(((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((((.......))))....)))..((((.(((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((...(.(((((.((((.....)))).)..)))).((((.(((....)))))))...)....((((((..))))))...))))))).. |
| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((..((.(((((.((((.....)))).)..)))).((((.((((.).)))))))...))..(((((((..)))))))..))))))).. |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................. |
| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......((...((((.....))))......)).((((.((......))))))..........................)))))))) |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((((.......))))....)))..(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| Multilign(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((......((((..(((.....)))...).)))..(((.((((....)))))))........(((........)))...))))))).. |
| Multilign(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..(((.((((....)))))))...((((....))))..........))))))).. |
| Murlet(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((((............(((.....)))..........(((.(((......)))))).........................))))))... |
| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((((.).)))))))........(((((....)))))...))))))... |
| NanoFolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((........<<<([[[[[[..)))..((.((((....)))))]]].{{{{{))..}}}}}.]]]>>>..)))))))). |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((..(((.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))...))...(((((....)))))...))))))).. |
| PETfold_pre2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((..(((.(((...(((.....)))......))))((((.((......))))))...))...(((((....)))))...)))))))). |
| PPfold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .............................................................................................. |
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| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...((((((((...[[[((......)).))))))))..]]]((((.(((....)))))))..(((((....))))).((((....))))..... |
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| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| RDfolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((((.......))))....)))..((((...........))))..(((((....))))).........)))))))). |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((.......((((.....((((...........)))).............))))..(((((....))))).........)))))))). |
| RNASampler(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....))).....)))..((((...........))))........(((........)))...)))))))). |
| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((((......(((...(((.....)))......))).(((.(((......))))))........(((((....)))))...))))))... |
| RNAalifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((...(((.....)))......))).((((...........))))........(((((....)))))...)))))))). |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..((((.(((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..((((.(((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
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| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((..((((((..(.((..))..)..))))))............((((....))))..((.(((((....)))))...........)))))). |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((.(((((((..((((..))).)..)))))))...........(((((..)))))..((.((((((..))))))...........)))))). |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((.............................................................................)))))).). |
| RSpredict(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((((((......................................................((......))..((...))....)))))).). |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| TurboFold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..((((.(((....))))))).........................)))))))). |
| TurboFold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..((((.(((....))))))).........................)))))))). |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......(((((.(((.....)))..)).)))..((((.(((....)))))))..(((((....))))).........)))))))). |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((......((((.........))))...(((....((((.(((....)))))))..(((((....)))))..)))....)))))))). |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(((..((....)).)))........(((((..........((((.(((....)))))))..(((((....)))))..(((....)))))))). |