RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4C4Q_N

RNA: 4C4Q_N
Rfam family: IRES_Pesti

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Reference structure (std)		[ sec struct ]	.(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((..((((((((.(((.((....)).))).))))...))))....)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))....(((((...))))).)))))).)).(((....))).((..[[[[.))))))))...))))))).........]]]].
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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(..(((...(..((..((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))...(((((.....)))))))))))...((((....))))))..)...)))..(((((....)))))............))
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))...(((((.....))))))))))).))((((....))))(((.....)))))))))...)))))))..............
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((...((((((.(((((......((((((....))))))........(((((((((((((..........)))))))))...))))........................)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...))))))))))))..........................))))))........................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((..........))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...(((((.....))))))))))).)).(((....))).((.......)))))))))..)))))))..............
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((..((((((((((((((((...((((((....))))))..(((((.((((((((((((((((....))))))))))))...))))...)))))(((....))).............((((((((((...))))))))))...((((((...))))))........))))))))))))))))........)))))).).)))))))..............
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((..(((.(((((((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))(.(((((((((.....))))))))).).((((((...))))))................)))).)))........)))))).).)))))))..............
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...)))))))))))).))((((....))))((.......))))))))...)))))))..............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))...........((((.((((.((((................))))))))))))..(((....))).)))).)))))..((((((((.......))))))))...((((((...)))))))))))).)).(((....)))............))))))...)))))))..(........)..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((..(((.(((((((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))((((())))).)))).)))))(.((((((((((...)))))))))).).((((((...))))))(((.......)))...)))).))).(....).)))))).).)))))))..............
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...(((((.....))))))))))).)).(((....))).(((.....))))))))))..)))))))..............
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((...((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((..........))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...))))))))))))...((((....))))(((.....)))))))))...)))))))..............
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))...((((((...)))))))))))).))((((....))))(((.....)))))))).)).)))))))..............
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.....((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))...(((((.....))))))))))).)).))...(((((.(((.....))))).)))...)))))))..............
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...)))))))))))).))((((....))))...........))))))...)))))))..............
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.((((((.(((((((((...(((((....)))))....((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...))))..((....))..)))).)))))...(((((((((...)))))))))....(((((.....))))))))))).)).))......(((.((....))))).)))))..))))))).............)
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))....(((((...))))).)))))).))((((....))))(((.....))))))))).).)))))))..............
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((.....(((...((((((.....((((((....)))))).((((.........))))(((..)))....)))))).))).))))))).......((((..))))......(((((((((((((((((...))))))))))...((((((...))))))..((((...))))..)))))))..(((((((...((((((..)))))).......)))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.(((.(((((((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).))))...(((((((((.....)))))))))...((((((...)))))).(((......)))..))))).)))......).))))).)).)))))))..............
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((..................))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))..................)))))).)).)).....((((.((....)))))).))))..))))))).............)
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..[[[{{{{{{{{{<<<<<<<<<<<))))aa.((((((.aa.)))))).bbbbb..bbbbb}}}..ccc.ddeeeeeee..eeeee....BBBBB.]]].EEEEE.CCC>>>>>..AA.eeeeeee((((((((((ff.))))))))))...((((((fff))))))>>>>>>BBBBB.FFFEEEEEEEFFfffffff.}}}}}}DD.EEEEEEE.AA....FFFFFFF
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.(.......)))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...)))))))))))).))((((....))))(((.....)))))))))...)))))))..............
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....).)))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...)))))))))))).))((((....))))(((.....)))))))))...)))))))..............
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((((.((((((..((((((((..((((((....))))))..(((((.((((.((((.(((.(.......)))).))))....))))...)))))(((....))).)))).))))....((((((((.....))))))))....((((((...)))))))))))).)).((......)).((.......))))))))...)))))))..............
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))...(((((.....))))))))))).))..(((.(((....))))))....))))))...)))))))..............
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RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((...((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((......((((...........))))....)))))...)))))...........)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...))))))))))))...((((....))))...........))))))...)))))))..............
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))...(((((.....))))))))))).))..(((.(((....))))))....))))))...)))))))..............
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((((((((((((.(.((((.((((((((((((((((((((..)))))))))((((((((((((((..(((..(....)..)).)...))).))))))..)))))((((..)))).)))).)))))))(((((.((..((((((.(...(..((((((((...))))))))..).))))))))).)))))......))))))))))).).)))))).)...(........)
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((.(..(((...(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((...(((..(....)..)).)....)).)))))...)))))((((..)))).)))).)))))..(((((.(...((((((.(........((((((...))))))......))))))).).)))))......))).))))))).).))))))...............
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...(((((.....))))))))))).)).)).....((((.((....))))))))))...)))))))..............
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((..((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...)))))))))))).)).........................)))..).)))))))..............
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))....(((((...))))).)))))).))((((....))))(((.....)))))))))...)))))))..............
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.....((((..(((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..(((((((((.....)))))))))...(((((.....))))))))))..)).)).(.(((((.(((.....))))).))).).)))))))..............
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.((..((.((......)))).))))).(((.((((((....)))))).((((.........))))...((((((...........)).))))...)))..((((................)))).(((((((((.....)))))))))....((((.....)))).(((.......)))....((((.((....)))))).((((....))))...............
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..(((.....)))..((((..(((.....))).((((((....)))))).((((.........))))..))))...(((...[[[[[....))).{{{{..]]]]].}}}}.........{{{{{{{.(((..{{{))))))..}}}}}}}..(((((.....)))))..(((.....)))....((((.((....)))))).((((....))))............}}}

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