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| Reference structure (std) |
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[ sec struct ] |
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| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..((.(..((((.((....((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((.....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).))))))))...)).))))...).))...).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(..((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((.....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))...).))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((....((((.((...(((((((((.(((..((((.((...(((((.((((((((((((.....))))))))))))...)))))...)).))))..))).)))))))))..)).)))).....))...... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......((((......(((((....))))).)))).(((((.((((((((((((.....))))))))))))...)))))...))))).......(((((................)))))...... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((((((((((......).)))))))))))).((((((..((((((((((((((((.......))))))))))).).))))..)))).)).((.(((((.((.(((...))))).).))))))..)... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(..((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((.....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))...).))...... |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((..(((........))).)))))).(((.[[[....))).((((((((((((.....))))))))))))...((((......))))]]]....((((................))))....... |