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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4FRG_B
RNA: 4FRG_B
Rfam family:
AdoCbl-variant
| GGCCUAAAAGCAUAGUGGGAAAGUGACGUGAAAUUCGUCCAGAUGCGAAAGCAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGGCCA | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] | ((((((........((((....(.((((.......)))))((((((....)))).[[[.....))]]]....)))).)))))). | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
((((((...{(.}.((((...<(.(((([(..]..)))))(>(((((..)))))(((((.).).)))))..))))).)))))). ( ) |
|
| CMfinder(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((.................................................(((.......))).........))))... |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .................................................................................... |
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| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((....(((..(((((((....(((((......))))).....))).))))..)))..))))....)))))). |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((...........((((.......))))...((((....)))).(((.......))).))))....)))))). |
| CentroidHomfold‑LAST | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((....(((.[[[[((..((((((((...(((((......)))))..))).{{)))))..))}}.)))]]]].)))))). |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....(((..........(.((((.......)))))..((((....)))).(((.......)))..))).....))))). |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((...(.......((((.......)))))..((((....)))).(((.......))).))))....)))))). |
| Cylofold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((........((((......((((.......))))...((((....)))).(((.......)))....)))).)))))). |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((....(((..((((((((...(((((......)))))....))).)))))..)))..))))....)))))). |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((..((((..(((........)))..)))).))))....((((.(((.......))).))))....)))))). |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((...........((((.......))))...((((....)))).(((.......))).))))....)))))). |
| MCFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((..((((..(((..(..)..)))..)))).))))(...((((.(((.......))).))))...))))))). |
| MCFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...(((((.((((((((((((..)))))))))))))))))(((((((((((((...)..)))))))))))))))))). |
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| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((.......((((.(((.((((((.......))))))....))).......(((.......))).....))))))))... |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .................................................................................... |
| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .................................................................................... |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((....((...((...(........((......)).........)....))...))..))))....)))))). |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((........((((......((((.......))))...((((....)))).(((.......)))....)))).)))))). |
| Multilign(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........((((..((((..(((........)))..)))).))))....((((.(((.......))).))))........... |
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| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((.........((((.......(((((......)))))......[[[))))...]]].))))....)))))). |
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| RNAalifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((........((((......((((.......))))................(((.......)))....)))).)))))). |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((..((((..(((........)))..)))).))))....((((.(((.......))).))))....)))))). |
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| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((..((((..(((........)))..)))).))))....((((.(((.......))).))))....)))))). |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((..((((....(........)...).))).(((((..)))))(((((.....)))))))).)..))))))). |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((..(((....................)))..(((....)))..((((.....)))).))).)...)))))). |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..........................((......................................))................ |
| RSpredict(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............(.(..(((....((((.......)))....................).....)))..............).) |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((...........((((.......))))...((((....))))...............))))....)))))). |
| TurboFold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((........((((......((((.......))))...((((....)))).(((.......)))....)))).)))))). |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((..((((..(((........)))..)))).))))....((((.(((.......))).))))....)))))). |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((..((((.....((((.......))))...((((....))))..........)))).))))....)))))). |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...((((..((((.....((((.......))))...((((....))))..........)))).))))....)))))). |