RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4JF2_A

RNA: 4JF2_A
Rfam family: preQ1-II

			GAACCGCGAAAGCGGUUCCACGACGAUACUUAUUUCCUUUGAUCGUCGUUAUUACUGGCUUCGGCCACAAAGGAGA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((.......[[[[[..))))))))......((((....))))..]]]]]..
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((..)))))))).(((((((((.((...<<<...)))))))))....(.(((((..)))))).))>>>..                                                       (            )                                               (                              )                                            (                                )
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((..............))))))))......((((....)))).........
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((........)))))...(((((((............)))))))........((((....)))).........
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((..............))))))))......((((....)))).........
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((..............))))))))......((((....)))).........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((..............))))))))......((((....)))).........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....)))))))...............(((((((....((((.............))))...))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((..............))))))))......((((....)))).........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((..............))))))))......((((....)))).........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((.....[[[[[[[[[))))))))......((((....))))]]]]]]]]]
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((........[[[[[.))))))))......((((....)))).]]]]]...
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....)))))))..(((((((.(..(.....)..))))))))((.((..(((((..)))))..)).))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..))))))))..(((((((.(((((...))))))))))))((((((((((((..))))))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.........(....)...((((((...((...))..)))))).)))......((((..))))..........
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((...)))))...............................(((......))).........
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((..............))))))))......((((....)))).........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((.....[[[[[[[[[))))))))......(((((..)))))]]]]]]]]]
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((..............))))))))......((((....)))).........
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(.((((((............))))))...........(((()))).......)...
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((([[[[))))))).((((((({...((<<<<<<<<<)}))))))))]]..(((((]])))))>>>>>>>>>
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((........)))))...(((((((............)))))))........((((....)))).........
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((........)))))...(((((((............)))))))........((((....)))).........
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((.....[[[[[[[[[))))))))......((((....))))]]]]]]]]]
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((.....[[[[[[[[[))))))))........((....))..]]]]]]]]]
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((.....[[[[[....))))))))......((((....))))....]]]]]
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((..............))))))))......((((....)))).........
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................((((((..............))))))........((((....)))).........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................(((((((............)))))))........((((....)))).........
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((.(...........)))))))))......((((....)))).........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((..............))))))))......((((....)))).........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....)))))))..............(((((((((......((....))((((....)))))))))))))
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....)))))))..............(((((((((..............((((....)))))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..))))))))..(....)......(((((((((..............(((((..))))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(..............).......((............)).(...)............
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((..............))))))))......((((....)))).........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((..............))))))))......((((....)))).........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((..............))))))))......((((....)))).........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((....)))))(((.(((((((..............))))))).......((((....))))....)))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....))))))).((((((((.......[[[[[[[))))))))......((((....))))]]]]]]]..

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