RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4L81_A

RNA: 4L81_A
Rfam family: SAM-I-IV-variant

			GGAUCACGAGGGGGAGACCCCGGCAACCUGGGACGGACACCCAAGGUGCUCACACCGGAGACGGUGGAUCCGGCCCGAGAGGGCAACGAAGUCCGU
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((....((((....))))(((..((((((.[[[[..))).))).)))..(((((....)))))))))).((((....)))).......]]]].
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((..(((((((..)))))[)).()(((((.{{{{..))).))....]..((((((..)))))))))))((((((..))))))......}}}}.                           (                  )                                                                         (                         )                                                                       (                       )                                                                               (                                                          )                                                   (                          )                                                                  (                                            )                                                    ()
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((.((((....))))....(((((((.......))).))))..((.(((((....)))))))....((((....))))..))..)).).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(.......(((.((((((.........))).))))))).............................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.....)))........((((.......)))).....................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(.(((...))))(((.(((((((.......))).))))))).................)))).(((......)))............
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((...))).((((.((((((.......)))).))))))......................(((......)))............
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((....))))((((.((((((.......)))).))))))..(((((....)))))......((((....))))............
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))(((.(((((((.......))).)))))))..(((((....)))))))))).((((....))))............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).....(.((((.......)))).).......(((((....)))))))))).((((....)))).((...))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))(((.(((((((.......))).)))))))..(((((....))))))))))(((((....))))..).........
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.......(.((....)).)(((.(((((((.......))).)))))))...................)).(((......)))............
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((......((((....))))((((.((((((.(....))))).))))))..................))...(((....))).............
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((....))))((((.((((((.[[[[..))).)))))))..(((((....)))))..]]]]((((....)))).(((.....)))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))))))).((((....))))............
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))))))).((((....))))............
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))((((.((((((.......)))).))))))..(((((....)))))))))).((((....))))............
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((........))(((.(((((((.(....)))).)))))))................))))).((((....))))............
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......((....))..(((.(((((((.(....))))).)))))).....)............))..(((......)))............
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(.......(.((((....)))))((((....(((((((....)))).))))))).......)..(((....)))................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).((.(((((((.......))).))))))...(((((....)))))))))).((((....))))..((.....)).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....((((...))))((((...(((([[[[[[.))))...))))..(((((....)))))))))).((((....))))......]]]]]]
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((....))))((((.((((((.......))).)))))))..(((((....)))))......((((....))))............
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((.(((.)))))((((.((((.((......)))).))))))......................(((......)))............
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....(.(((...))))((((.((((((.......))).)))))))................))))).(((......)))............
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(.(((...))))((((.((((((.(....))))).)))))).................)))).(((......)))............
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....(.(((...))))((((.((((((.......))).)))))))................))))).(((......)))............
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(.(((...))))((((.((((((.(....))))).)))))).................)))).(((......)))............
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................
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Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))((((.(((((([[[[[[.))).)))))))..(((((....)))))))))).((((....))))......]]]]]]
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).((.(((((((.......)))).)))))...(((((....)))))))))).((((....)))).(((.....)))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))(((.(((((((.......))).)))))))..(((((....)))))))))).((((....)))).(((.....)))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((((....)))))((((((........(((((...(((((.........))))).......))))).....))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))((((...((((.......))))...))))..(((((....)))))))))).((((....))))............
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....(((....))).((((...((((.......))))...))))................))))).(((......))).(((.....)))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(.(((...))))(((.(((.(((.......)))..)))))).................)))).(((......)))............
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....((.((...))))((((.((((((.......))).))))))).................)))).(((......)))............
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))))))).((((....))))............
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))((((.((((((.......))).)))))))..(((((....)))))))))).((((....))))............
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))(((.(((((((.......)))).))))))..(((((....)))))))))).((((....)))).(((.....)))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..))(((((..)))))((.((((((((((..)).)))).)))))).(((((((..)))))))...(((((((..)))))..))...)))..
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..))((((....))))((..(((((((.......)))).))).))..(((((....)))))....((((((....))))..))...)))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))((((.((((((.......))).)))))))..(((((....)))))))))).((((....))))..((.....)).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((....)))).((.(((((((.......))).)))))).............((.....)).((((....))))............
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))))))).((((....))))............
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))......((((....))))......))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))))))).((((....))))............

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