RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4LCK_F

RNA: 4LCK_F
Rfam family: T-box

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Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((((.....((.........(..(.(...(.((.(......(..[[[[[...........).]]]]].).)).).).)..).........))..))))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((...(.((.....(.(((..(((..((.(((((....([([{{{{{{....).]..)]}}}}}}))))).)))))..))))......)).)))))))                                                          (   )                                                                  (                                                      )                                                                          (          )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((.......((((((.((((((((..((((.....)))).)))))))).((((.....))))..)))))).......))))..))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((.......(((((((.................((((((...........)))))).......))))))).......))).........
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((.......((((((..(((((((.........((((((...........)))))).))))))))))))).......))))..))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((....((.((((((..(((((((..(((((....((.....)).....)))))...)))))))))))))....)).))))..))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((.......((((((..(((((((..........(((((...........)))))..))))))))))))).......))))..))))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((........(((((.(...(((....)))...((((((...........))))))......).)))))........))))..))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((....((.((((((..(((((((..(((((....(((...))).....)))))...)))))))))))))....)).))))..))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..........(((((........[[[[[[[[........)))))...]]]]]]]].(((.((((.......))))..[[[)))..]]]..))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((.......((((((..(((((((..(((((....(((...))).....)))))...))))))))))))).......))))..))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((.......((((((..(((((((..(((((..(.(((...))).)...)))))...))))))))))))).......))))..))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((.......((((((..(((((((...((((..[[[.............))))]]].))))))))))))).......))))..))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(.............).................................((.(...)))......................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((.......((((((..(((((((..(((((....((.....)).....)))))...))))))))))))).......))))..))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((................((((((..(((((((.........((((((...........)))))).)))))))))))))((((...))))..))))))
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((.......((((.((((((.((((((((.[[[[{{..{{{{{{.))))))))..}}}}}}..]]]]..))))))....}})))))).))))))
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((......(((.....(.(((((((......(((........((((((.....(...).)))))))))....)))))))..)....)))...))....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.....................((((((..((((((........(((((......(...)..)))))))))))))))))..................)))
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((..........)).((((((..((((((((.....)..((((((...........)))))).)))))))))))))(((.....)))..))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((........((((.((.((((((.((((((((..((((.....)))).)))))))).((((.....))))..))))))....)).))))..))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((.......((((((..(((((((..(((((....(((...))).....)))))...))))))))))))).......))))..))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((.......((((((.((((((((..((((.....)))).)))))))).((((.....))))..)))))).......))))..))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................((((((...........)))))).................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((........((((.((.((((((..(((((((..(((((..(.(((...))).)...)))))...)))))))))))))....)).))))..))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((.......((((((.((((((((..((((.....)))).)))))))).((((.....))))..)))))).......))))..))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((........((((.((.((((((.((((((((..((((.....)))).)))))))).((((.....))))..))))))....)).))))..))))))
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......(((....(..((((((..(((((((..........(((((...........)))))..)))))))))))))..)....)))...))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((.((.(((((((..(((((((((((...)))((((((........).))))).))))))))))))))).)).)))))..)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((.......((((((..(((((((...((((....(((...))).....))))....))))))))))))).......))))..))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..........(((((........................)))))((...........)).((((.......))))..((((...))))..))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((.......((((((..(((((((..(((((...((.........))..)))))...))))))))))))).......))))..))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((...((((.........))))....((((.....))))..((((....)))).(((.......)))..........))))..))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..........))))........(((((..((((.....))))..((((....)))).[[[)))))..]]]...(((.....)))..))))))

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