RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4OQU_A

RNA: 4OQU_A
Rfam family: SAM-I-IV-variant

			GGAUCACGAGGGGGAGACCCCGGCAACCUGGGACGGACACCCAAGGUGCUCACACCGGAGACGGUGGAUCCGGCCCGAGAGGGCAACGAAGGUCCGA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((....((((....))))(((..((((((.[[[[[.))).))).)))..(((((....)))))))))).((((....)))).......]]]]].
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((..((((((....))))[))..((((((.{{{{{.))).)))...]..(((((....))))))))))((((((..))))))......}}}}}.                       (                         )                                                                        (                       )                                                                                (                                                          )                                                    (                          )                                                                   (                                            )                                                     ()
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((...))).((((.((((((.......)))).))))))...............................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.....)))........((((.......))))......................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(.(((...))))(((.(((((((.......))).))))))).................)))).(((......))).............
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((...))).((((.((((((.......)))).))))))......................(((......))).............
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))((((.((((((.......)))).))))))..(((((....)))))......((((....))))......)))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))(((.(((((((.......))).)))))))..(((((....)))))......((((....))))......)))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).....(.((((.......)))).).......(((((....)))))))))).((((....)))).((....))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))(((.(((((((.......))).)))))))..(((((....)))))....((((((....))))..))..)))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.......(.(((.).)).)(((.(((((((.......))).)))))))...................)).(((......))).............
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(......((((....))))((((.((((((.(....))))).))))))..................)((.(((......))).))..........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))((((.((((((.[[[[..))).)))))))..(((((....)))))..]]]]((((....))))......)))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))((.(((((....)))))))....((((....))))......)))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))......((((....))))......)))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))((((.((((((.......)))).))))))..(((((....)))))))))).((((....)))).............
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(....((((....))))(((.(((((((.......))).))))))).......)..........))).((((....)))).............
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......((....))..(((.(((((((.(....))))).))))))..........).......))..(((......))).............
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((.....(.((((....)))))((((.(((((((....))))).)))))).......)))(((....)))...............
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).((.(((((((.......))).))))))...(((((....)))))......((((....))))......)))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....((((...))))((((...((((.[[[[[.))))...))))..(((((....)))))))))).((((....)))).......]]]]].
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((....))))((((.((((((.......))).)))))))..(((((....)))))......((((....)))).............
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((......((.(((.)))))((((.((((.((......))).)))))))..................)))..........................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....(.(((...))))((((.((((((.......))).)))))))................))))).(((......))).............
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(.(((...))))((((.((((((.......)))).)))))).................)))).(((......)))..((....))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....(.(((...))))((((.((((((.......))).)))))))................))))).(((......))).............
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(.(((...))))((((.((((((.......)))).)))))).................)))).(((......)))..((....))...
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......(((...))).((((.((((((.......)))).)))))).................)))).(((......)))..((....))...
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((....)))).(((.((((((.......))).)))))))).(((((....)))))))))).((((....)))).((....))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).((.(((((((.......)))).)))))...(((((....)))))......((((....))))......)))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).((.(((((((.......))).))))))((.(((((....)))))))....((((....))))......)))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....(((......(((((....))))).......)))..........(((((....)))))))))).((((....)))).............
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))((((...((((.......))))...))))..(((((....)))))......((((....))))......)))))..
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....(((....))).((((...((((.......))))...))))................))))).(((......))).............
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(.(((...))))(((.(((.(((.......)))..)))))).................)))).(((......))).............
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(.(((...))))((((.((((((.......))).))))))).................)))).(((......))).............
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))......((((....))))......)))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))((((.((((((.......))).)))))))..(((((....)))))))))).((((....)))).((....))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((.((((....))))(((.(((((((.......)))).))))))..(((((....)))))....))((((....))))......)))))..
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..))((((....))))((..(((((((.......)))).))).))..(((((....)))))....((((((....))))..))....)))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..))(((((..)))))((.((((((((((..)).)))).)))))).(((((((..)))))))...(((((((..)))))..))....)))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....))))((((.((((((.......))).)))))))..(((((....)))))......((((....))))......)))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).((.(((((((.......))).))))))............(((.....)))((((....))))......)))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))))))).((((....)))).((....))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))......((((....))))......)))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)))).(((.((((((.......))).))))))...(((((....)))))......((((....))))......)))))..

---