RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4P8Z_A

RNA: 4P8Z_A
Rfam family: GIR1

			GGUUGGGUUGGGAAGUAUCAUGGCUAAUCACCAUGAUGCAAUCGGGUUGAACACUUAAUUGGGUUAAAACGGUGGGGGACGAUCCCGUAACAUCCGUCCUAACGGCGACAGACUGCACGGCCCUGCCUCUUAGGUGUGUCCAAUGAACAGUCGUUCCGAAAGGAAGCAUCCGGUAUCCCAAGACAAUC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((..(((((..(((((((((...[[[.)))))))))..{{{{.{{{.{{{{......{{{{{...{{{{..{{{...]]]}}}.......}}}}((....)).....<<<<<...}}}}}.(((.....)))}}}}.}}}....>>>>>.((((....))))....}}}}...)))))..)))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((..(((((((((...[.[.))))))))).{<<<<<<<<<<<<<(..<)<<<<<<.<.<<<<a.aaa...]].AAA...>.A..>>>aa...>AA....aaaaaa.()>>>>>>a.(.....)>A>>>>>>>>>.}.AAAAA.(((((..)))))..A.>>>>...))))))))))))                            (                                                     )                                                                                                                                                                                                              (  )                                                                                                                                                                                                                                      (                        )                                                                                                                                                                    (                           )                                         (                                                       )                                                                                                                                                                                 (                     )                                                                                                                                                                                                                                                 (                       )                                                                                                                                               (       )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((...((((((((..(((((....((((((((.....))))........((.((....))))....))))...)))))......))))))))................((((....))))..))))))).))))))..)))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................(((((((((((....)))))))))))........................................................................................((((....)))).......................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................((((((((((((((.......((((........(((((....)))))...............................))))..(((.....))))))))))))........(((((....)))))...)))))..............
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((.......................(.......................)...............(((((................................))))).((((....))))..))))))).))))))..)))))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((......................(((.....................)))......(((.....((((...........((.....))..............))))...))).........))))))).)))))))))))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((..........(((((((....(.(((((((.......((((....((.(((........))).))....)))))))))))).........))))))).........((((....))))..))))))).))))))..)))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((...((((((((............((((((((.....)(((......((((....))))............))))))))))..))))))))..........(....)((((....))))..))))))).))))))..)))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...((..............................((((((((((((((......(((((........(((((...)))))......(....).....(((....))).....))))).((.......)))))))))))........(((((....)))))...)))))....))...)))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((...((((((((..((((....((((...((((...)))).......)))).......(((......)))........)))).))))))))................((((....))))..))))))).))))))..)))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((.(....(((..((((((((..(((((((((.....)))))......))))..))))...((((.(((....(((...))).....))).)))).(((((....))))))))))))....)))))))).))))))..)))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((...((((((((..(((((....((((((((.....))))........((.((....))))....))))...)))))......))))))))................((((....))))..))))))).))))))..)))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((....(((((...............((((......................((....)).....[[[[[...[[..)))).....)))))...]]......]]]]].((((....))))..))))))).))))))..)))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((((((((.(....)))))))))).......((((.(.(((....)))).((.....(..)...))..)))).)).........))...((....))..........(....((....((((.(((...........(((((....)))).......)))).))))...))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((...............((....((((.((((.....)))).......))))....))...((((.(((....(((...))).....))).))))....(......)..(((....)))...))))))).))))))..)))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((...((((((((............(((((((.......((((.....((((....))))...........)))))))))))..)))))))).(((...((((....)))).....)))...))))))).))))))..)))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......)))))))))((((.((((((....)))))).))))......((((((.....)))))).....((((....)))).(((.(((((..((((((((.....)))).))......))..))))))))....................))))))..)))))
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((..((((((((..........(((((......(((....)))........................................(((....))).....)))))(((......)))))))))))(((((.((.............)).)))))....))).........
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((............(((.............)))....((((((((((((((.......((((...((((..((((....)))).......))))((....))(....).......))))..((((...)))))))))))))........(((((....)))))...))))).........)))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((............(((.............)))....((((((((((((((.......((((...((((..((((....)))).......))))((....))(....).......))))..((((...)))))))))))))........(((((....)))))...))))).........)))..
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((.............)))....(((((.((((((((.......((((...((((..((((....)))).......))))((....)).............))))..((((...))))))))))))..........((((....))))....)))))..............
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...((((((.(((((((((.......))))))))).((((((((((((.((.....)))))...(((((((((.....)))))......))))((....)))))).(((((((((..((((.....))))))))((....)).)))))(((((....)))).)..))))).)))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((...((((((((..((((.....(((((((((.....)))........((.((....)))).....)))).)).....)))).))))))))................((((....))))..))))))).))))))..)))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((.(...................(((((((((.....)))))......)))).........((((.(((....(((...))).....))).))))...(((....)))((((....)))).)))))))).))))))..)))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((...((((((((..(((((....((((.((((....))))........((((.....))))....))))...)))))......))))))))................((((....))))..))))))).))))))..)))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......)))))))))....(((((....((((....))))......................................................)))))..............................((((....))))..........))))))..)))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................((((((((((((((.......((((...((((.(((((....)))))......))))......(((....))).....))))..(((.....))))))))))))........(((((....)))))...)))))..............
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((...((((((((..((((.....(((..((((.....)))........((.((....)))).....)..).)).....)))).))))))))................((((....))))..))))))).))))))..)))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((.(((((((((.......))))))))).(((((((...((((((((..((((.....(((((((((.....)))........((.((....)))).....)))).)).....)))).))))))))................((((....))))..))))))).))))....)))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((((.((((((((..((((.....(((..((((.....)))........((.((....)))).....)..).)).....)))).))))))))...)))).....((..((((....))))))..))))).))))))..)))))
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((((((((((.......)))))))))...(((..(((.(((.................))).((((...))))((....)).(((((..(((.(((.((((((((.(((..........))))))..(...)..)))))))))))..)))))))).)))..)))))))..))).)
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..(((((((((((((((((..)...)))))))))...(((.((((.((((...............)))).((((...))))(((..))).(((((.((((.(((.((((((((.(((..........))))))..(...)..)))))))))))).))))))))))))..)))))))..))).)
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).((((((....(((((((.........................................................................)))))))................((((....))))...)))))).))))))..)))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((.(((((((((.......))))))))).((((((.((.((((......(((((........((((.....)))).......((((....)))).............))))).((((...)))))))).))...........((((....))))...)))))).))))))..)))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((.(((((((((.......))))))))).(((((((.((.......((((.((((..(((((((((.....)))))......))))..))))...((((.(((....(((...))).....))).))))))))......)).((((....))))..))))))).))))))..)))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((.(((((((((.......)))))))))....((((((...((((....)))).....((((.(((......)))........((((.....))))....))))..)))))).(((.....))).(((....(((....))).(((....))).))).......)))))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.......(((((((((.......))))))))).(((((((....(((......[[[[.......))).{{{{{{]]]].........}}}}}}...((((........{{{{.{{.)))).....}}}}}}.....(((....))).(((....)))...)))))))..))))........

---