|
|
|
GUUGCCGAAUCCGAAAGGUACGGAGGAACCGCUUUUUGGGGUUAAUCUGCAGUGAAGCUGCAGUAGGGAUACCUUCUGUCCCGCACCCGACAGCUAACUCCGGAGGCAAUAAAGGAAGGA |
| Reference structure (std) |
|
[ sec struct ] |
..((((....((....))..(((((....(.....(.[((((....((((((.....))))))..(((((.{{{{{{)))))..)))).)].)....)))))..)))).....}}}}}}.
|
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..((((((.((((..))))[.(((((..((.....(.[((((.(.(((((((.....)))))))[)((((.{{{{{{)))).].)))).)].))..))))))]))))).....}}}}}}. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( )
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....((....))..(((((............(((.........(((.....)))..(...((...........)))...))).........)))))..))))............ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((.......))))................................................................................)))))).......... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...(((....)))((((((.....................((((.........))))..((((.........))))...............)))))).))))............ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....((....))..(((((.....................((((.........))))..((((.........))))...............)))))..))))............ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((.........((((.....(((.....(.......(((((((...)))))))..(((((.......)))))....)....)))...))))))))))))).......... |
|
CentroidFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......((((((.............))))))((((((...(((((((...)))))))..((((((.....)))))).............))))))...)))))).......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....((....))..(((((....(......(.((((....((((((.....))))))..(((((.......)))))..)))).)..)....)))))..)))))).......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((....)...(((((.....(((..(((((.(....(((((((...)))))))..((((((.....))))))..)))))).)))...))))))))))))).......... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((..))).((((((.....................((((.........))))..((((.........))))...............))))))................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....((....))..(((((.....................((((.........))))..((.(.........).))...............)))))..))))............ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..........(((.[[[[[..)))(((..(((((......(((((((...)))))))..((((((.....))))))...))))).)))...]]]]]..)))))).......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((...((((.......))))))))).((((((.(((((((..(((((((...))))))).(((....))).(((((........))))).)))))))))))))............. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....((....))..(((((.....(((..(((((......((((((.....))))))..((((((.....))))))...))))).)))...)))))..)))))).......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....((....))..(((((.....(((....(((......(((((((...)))))))..((((((.....))))))...)))...)))...)))))..)))))).......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...(((....))).(((((.............((((...((((..((...))..))))((((((.......)))))).)))).........)))))..))))............ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...((((..))))..((((......(...(((((.(....((((((.....))))))...(((((.....)))))...))))))..)....))))...)))............. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....((....))..(((((.....(((..(((((......(((((((...)))))))..((((((.....))))))...))))).)))...)))))..)))))).......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((.[[[[[[))))..........{{{{{{{{{{..(((((((...)))))))......]]]]]](((((........))))).}}}}}}}}}})))))).......... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....((....))..(((.....)))......(((.....))).................(((((.......)))))......................)))))........... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...((((.......))))..((((.........))))...(((((((...)))))))..((((((.....))))))......................))))............ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((.............((((..........................................))))(....)...))))))................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....(((..)))..(((((.............((((......(((.......)))....(((((.......)))))..))))(....)...)))))..))))............ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...[[[[...))))]]]]((..))[[{{{{{{{{{{{{..(((((((...)))))))<<((((((aaaaa))))))))........]]}}}}}}}}}}}}...>>...AAAAA. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...(((....)))(((((((..(........(((((....((((.........)))).(((((.........))))).))))..).))...)))))).))))............ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....((....))..((((((...(.......(((((....((((.........))))..((((.........))))..))))..).))...)))))..))))............ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...(((....)))(((((((..(........(((((....((((.........)))).(((((.........))))).))))..).))...)))))).))))............ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....((....))..((((((...(.......(((((....((((.........))))..((((.........))))..))))..).))...)))))..))))............ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....((....))..((((((...(.......(((((....((((.........))))..((((.........))))..))))..).))...)))))..))))............ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....((....))..(((.....)))[[[((((((((((..((((((.....)))))).(((....))).(((((........))))).)))))))))))))))).....]]].. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....((....))..(((((.....(((..(((((......((((((.....))))))..((((((.....))))))...))))).)))...)))))..)))))).......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(.((....))).(((((............(((.[[[(.(((((((...)))))))).((((((.....))))))...)))......]]])))))..)))))).......... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..............(((((..........(((((......(((((((...)))))))..((((((.....))))))...))))).......)))))..)))))).......... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((.....))).(((((.............((((....(((((.......)))))..(((((.......)))))..)))).........)))))..)))))).......... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...(((....)))((((((.............((((....((((.........))))..((((.........))))..))))(....)...)))))).))))............ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....((....))..(((((.............((((....((((.........))))..((((.........))))..))))(....)...)))))..))))............ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....((....))..(((((.....(((..(((((......((((((.....))))))..((((((.....))))))...))))).)))...)))))..)))))).......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....((....))..(((((.....(((..(((((......((((((.....))))))..((((((.....))))))...))))).)))...)))))..)))))).......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....((....))..(((((.....(((..(((((((....((((((.....))))))..((((((.....)))))))).))))).)))...)))))..)))))).......... |
|
RNAwolf
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....(.((((((((..(((.....))))))))))).).....(((((((...)))))))..(((..........))).........))))..(((((............))).)). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..)(.((((((((..((((...)))))))))))).).....(((((((...)))))))..((((........))))(.......)))))..((((((((......)))))).)). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....((....))..(((((.....(((..(((((......(((((((...)))))))..((((((.....))))))...))))).)))...)))))..)))))).......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....((....))..(((((.....(((.....((((....(((((((...)))))))..((((((.....))))))..))))...)))...)))))..)))))).......... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....((....))..(((((.....(((.....((((....(((((((...)))))))..((((((.....))))))..))))...)))...)))))..)))))........... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....((....))..(((((.....(((..(((((......((((((.....))))))..((((((.....))))))...))))).)))...)))))..)))))).......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((..........))).(((((.((((.((....))))))...((((((.....))))))..((((((.....))))))...............))))).................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((.......))))..((((.((....))))))...((((((.....))))))........[[[[[[(((........))).............))))))...]]]]]]. |