|
|
|
GCGCUGUGUCGCAAUCUGCGAAGGGCGUCGUCGGCCCGAGCGGUAGUAAGCAGGGAACUCACCUCCAAUGAAACACAUUGUCGUAGCAGUUGACUACUGUUAUGUGAUUGGUAGAGGCUAAGUGACGGUAUUGGCGUAAGCCAAUACCGCGGCACAGCACAAGCCCGCUUGCGAGAUUACAGCGC |
| Reference structure (std) |
|
[ sec struct ] |
(.((((..((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....)))))..(((((((.......)))))))......))).)))(((..(((.(((..((((......))))..)))...)))))).....)))))))))..))...)))).)
|
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(.(((((.((..((.(((((..((((.......)))).)))))))((((((([[[[.(((((((((((((.....)))))..(((((((.......)))))))....))))).)))[[[).(((((((..((((......))))..)))..))))]]]....]]]]))))))..))..))))).) ( ) ( ) ( ) ( ) ( )
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))..)).)))))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((...(((((....).))))..))))..((((((.(((.......(((((((....((((......(((((((.....))))))))))))))))...))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))..)).)))))))) |
|
CentroidFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..(((...((((.......))))..))).......((...........((((((.....((......(((((((((.....))))))))))).))))...))(((..((.(((((((((((....))))))))))).))..)))........))))))))...)))))))) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.......((((...((((.......))))..))))..((((((.((...(((....((((.....((((......(((((((.....))))))))))).))))..)))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)).)))))).....)))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(...((((...(((((....).))))..))))..((((((.(((.......(((((((....(((......((((((((.....))))))))))))))))...))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))).)).)))))))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.......((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..(((.((((((((((....))))))))))...)))))).....))))))))).....)))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))..)).)))))))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))..)).)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((...((((...((((.......))))..))))....((((.(((...((......(((....[[.)))..(((((((((.....)))))))))]].......)).(((..(((.((((((((((....))))))))))...)))))).....))))))))))....)))))))) |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))..)).)))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((...))))).((((.......))))........((((((.(((......(((((((((.....))))).(((((((((.....))))))))).........))))....(((.((((((((((....))))))))))...)))........))))))))).....)))))))) |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(([[[[[[[[[[...((((((.{{{{((<<<.<<<<..<<<<<<<<<..aaaaa.aaabbbb.ccccccc..)).CCCCC))))))..AAA.>>>>>>>>>.ddddddd.))...>>>>..BBBB.(((((((((dd..)))))))))]]]]]]]]]]DD..}}}}.AAAAACCDDDDDDD>>>. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((...((((.......))))..))))(((...(.((....))).(((((((((.....))))).(((((((((.....)))))))))((.....))))))))).(((.((((((((((....)))))))))).(((.........))))))))))))...)))))))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..(((.((((((((((....))))))))))...)))))).....)))))))))..))).))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((...(((((....).))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((......((((((((((....))))))))))......))).....)))))))))..)).)))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.......((((...((((.......))))..))))..((((((..........(((((((((.....))))).(((((((((.....))))))))).........))))........((((((((((....)))))))))).................)))))).....)))))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..(((.((((((((((....))))))))))...)))))).....)))))))))..)).)))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((...))))..((((.......))))........((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..(((.((((((((((....))))))))))...)))))).....))))))))).....)))))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(...((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..(((.((((((((((....))))))))))...)))))).....)))))))))).))).))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((.((((((((..(..((((......)))))..))))))))..((((..((((.((..((.((((((...((((((..)).))))...)))))).))..))))))...)))..(((((((((((..)))))))))))((((........)..))))))))).....))))))) |
|
RNAwolf
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((.((((......(..(((........))))......))))...(((..((((........(((((....((((((..)).))))....))))).......))))...)))..((((((((((....))))))))))(((............))).))))).....))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))..)).)))))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))..))).))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.....)))).((((.......))))..(((................((((...(((((.....))))).(((((((((.....)))))))))....((((....)))).)))).(((((((((....)))))))))(((((.........)).))).)))......))))))) |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..[[[)))).((((..[[[..))))..]]].......((((.....((((...(((((.....))))).(((((((((.....)))))))))....((((....)))).)))).(((((((((....)))))))))(((((.........)).))))))).]]]..))))))) |