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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4R4P_A



RNA: 4R4P_A
Rfam family: -

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                                                                                (                          )                                                                             
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))..)).))))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((...(((((....).))))..))))..((((((.(((.......(((((((....((((......(((((((.....))))))))))))))))...))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))..)).))))))))
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..(((...((((.......))))..))).......((...........((((((.....((......(((((((((.....))))))))))).))))...))(((..((.(((((((((((....))))))))))).))..)))........))))))))...))))))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......((((...((((.......))))..))))..((((((.((...(((....((((.....((((......(((((((.....))))))))))).))))..)))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)).)))))).....))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(...((((...(((((....).))))..))))..((((((.(((.......(((((((....(((......((((((((.....))))))))))))))))...))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))).)).))))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..(((.((((((((((....))))))))))...)))))).....))))))))).....))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))..)).))))))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))..)).))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((...((((...((((.......))))..))))....((((.(((...((......(((....[[.)))..(((((((((.....)))))))))]].......)).(((..(((.((((((((((....))))))))))...)))))).....))))))))))....))))))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))..)).))))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...))))).((((.......))))........((((((.(((......(((((((((.....))))).(((((((((.....))))))))).........))))....(((.((((((((((....))))))))))...)))........))))))))).....))))))))
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (([[[[[[[[[[...((((((.{{{{((<<<.<<<<..<<<<<<<<<..aaaaa.aaabbbb.ccccccc..)).CCCCC))))))..AAA.>>>>>>>>>.ddddddd.))...>>>>..BBBB.(((((((((dd..)))))))))]]]]]]]]]]DD..}}}}.AAAAACCDDDDDDD>>>.
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((...((((.......))))..))))(((...(.((....))).(((((((((.....))))).(((((((((.....)))))))))((.....))))))))).(((.((((((((((....)))))))))).(((.........))))))))))))...))))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..(((.((((((((((....))))))))))...)))))).....)))))))))..))).)))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((...(((((....).))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((......((((((((((....))))))))))......))).....)))))))))..)).))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......((((...((((.......))))..))))..((((((..........(((((((((.....))))).(((((((((.....))))))))).........))))........((((((((((....)))))))))).................)))))).....))))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..(((.((((((((((....))))))))))...)))))).....)))))))))..)).))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((...))))..((((.......))))........((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..(((.((((((((((....))))))))))...)))))).....))))))))).....))))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(...((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..(((.((((((((((....))))))))))...)))))).....)))))))))).))).)))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((.((((((((..(..((((......)))))..))))))))..((((..((((.((..((.((((((...((((((..)).))))...)))))).))..))))))...)))..(((((((((((..)))))))))))((((........)..))))))))).....)))))))
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((.((((......(..(((........))))......))))...(((..((((........(((((....((((((..)).))))....))))).......))))...)))..((((((((((....))))))))))(((............))).))))).....)))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))..)).))))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....))))).(((((((((.....))))))))).....))).)))(((..((..((((((((((....))))))))))..))..))).....)))))))))..))).)))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.....)))).((((.......))))..(((................((((...(((((.....))))).(((((((((.....)))))))))....((((....)))).)))).(((((((((....)))))))))(((((.........)).))).)))......)))))))
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..[[[)))).((((..[[[..))))..]]].......((((.....((((...(((((.....))))).(((((((((.....)))))))))....((((....)))).)))).(((((((((....)))))))))(((((.........)).))))))).]]]..)))))))