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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4UE5_A
RNA: 4UE5_A
Rfam family:
Metazoa_SRP
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| Reference structure (std) | [ sec struct ] | ((((((((((..[...)))))))....{{{{.....]..}}}}))).(((((.((....(((((...((.((((.....((((..((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((.(((.(..((.(..((((((....))))))..).))..).))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...))))))).))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))..)))).)))).)).....)))))...)).))))). | |
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
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| CMfinder(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............((.....((((((...((.........))........(((.((.....(((((((((((((.....))))))).))).)))...((((((...((((....))))....)))))).(....(((((..((((((....))))))..)))))....)((........))....)).)))....(((....))).)))))).....))................................................................................. |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
| Carnac(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..............................................................................(((((((((((((..............((((....))))....(((((((((((((((((..((((((....))))))..))))))))))........(((((.............(((....)))...........))))).))))))).............................)))))))))))))............................. |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....(((..........)))......(((..........))).....((((.......(((((...(((((((.....((((.((((((...((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))..)))))).)))).))))))).....)))))......)))).. |
| CentroidAlifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ................................((..........)).....................(((((((....(((.(((((((((..((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((.(.(((((((....))))))).).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))).))))))))).))))))))))...................... |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((((((......)))))))).......((((........))))(((((.((.(..(((((((.((.((((....(((((.(((((((.((((((((((.(.((((....))))..).)))))).((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).................((((....))))........((((((......(((((((((....))).))))))....))))))...))))))))))).))))))))).))..)).)))))..).))))))). |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((((((......))))))))...((((........))))....(((((.((.((((((((((.(((((((....(((((((((((((.((((((((((.(.((((....))))..).)))))).((((((((((((((((((....))))))))))))))))))................(((((....))))).......((((((......(((((((((....))).))))))....))))))...))))))))))))))))))))))))..)).)))))))).))))))). |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((......)))))))....((((........))))))).(((((.((....(((((...((.((((....(((((.(((((((.(((((.(....(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((...)).(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).))))))))).)).....)))))...)).))))). |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((((((......)))))))).......((((.(....).))))(((((.((.(..(((((((.((.((((....(((((.(((((((.((((((((((.(.((((....))))..).)))))).((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))(((....)))......(((((....))))).......((((((......((((((((((())))).))))))....))))))...))))))))))).))))))))).))..)).)))))..).))))))). |
| DAFS(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....((((..........))))..........(((........)))...(((.......(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......)))... |
| DAFS(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....(((............))).........((((........))))....................(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))))))))))))))))...................... |
| DotKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((..(((((....)))))[[[[....((((........)))))))..]]]].((((.........((((((((...))))))))..((((((..[[[[[[[.........))))))....]]]]]]]((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((((((......))))...(((....)))[[[[........))))..]]]]((((.[[[[[[[))))..............]]]]]]].))))...(((((...))))).(((((...))))). |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((.(((.((((((((..((((((((((.(((((..((((....((((.((((.........)))).))))...)))).))))))))))).)))).(((((((...((((....))))....)))))))((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((...))(((.((((.((.((...((((((..((((((..........)).)))).))))))....)).)).)))).))).......)))))))).).)).))(((((...))))).(((((...))))). |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((((((((..((((((((((.(((((..((((..(.((((.((((.........)))).)))))..)))).))))))))))).)))).........(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))...)))))))......))))))))......))))).))........((((.....)))). |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((......)))))))....((((........))))))).(((((.((....(((((((.((.((((....(((((.(((((((.(((((......((((((.((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))..................((((....(((....)))....)))).........)))))))....)))))))....))))))...)))))))))))).))))))))).))..)).)))))....))))))). |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((......))))))).....(((........))).)))....(((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))).... |
| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((......))))))).....((.((....)).)).)))...((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))... |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((.(((.(((((((((((((.((((((.(((((..((((....((((.((((.........)))).))))...)))).)))))))))))))))).(((((((...((((....))))....)))))))((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).......(((.((((.((.((...((((((..((((((..........))).))).))))))....)).)).)))).))).......)))))))).).)).))(((((...))))).(((((...))))). |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..(((((((((((((((((((((((.(((((.(((.((((((((((((...)))......(((...((((((((...)))))))).....)))..(((((((.((((..))))........)))))))...........))))))))))))..)))))(((((((...))).......))))..((((((..)))))).......))))).......((((((((((..))))).))))).))))).........))))))))......)))))...........(((((...))))). |
| Multilign(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((((((......))))))))...((((........))))....(((((.......(((((((.((.((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))).))..)).)))))......))))). |
| Murlet(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...........................................................((((.((.((.(((........................(((.....)))((((..(((.......(((.((((.(((....((((((....))))))....))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))........))).)))).............................).)).))..))..))))............ |
| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...............((...((.........((((.(....).)))).........))...))....(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(.(((((((....))))))).).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))))).))))))))))...................... |
| NanoFolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (([[[[[[[[[[[[[[[[[{{{{{{.((((<<<<aaaaaaaaaaaaabbbbbbbb.))))bbbbbbb))ccAAddddddddddddd..]]]]]]]dddddddBBBBBBBeeee..fff.ffDDDDDDD.....ffff..AAAAAAAAA.gggggggFFFF.hhhhhhhBBB.....iiiii....DDDDDDDDD.EEEE.FFCC.}}}}}}.....GGGGGGG>>>>.iiijjjjjjj.]]]]]]]]]]III.FFFJJJJJJJDDDDHHHHHHHjjj....AAJJJ..IIIIIBBBBB. |
| PETfold_2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((......)))))))....(((..(...)...)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))))). |
| PETfold_2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((..((............))......(((..(...)...))))))................((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).(...)(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...)))))).).))))))))))))))))))))))))).....))............... |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((......)))))))....(((..(...)...)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))))). |
| PETfold_pre2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((..((............))......(((..(...)...))))))................((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).(...)(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....))............... |
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| PPfold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((..((............))......(((..(...)...)))))).((..........)).((...(((((((....(((((((((((((..((((......(((((((((.(((((.((((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).(...)(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))).))))))))..))))))))...))))))...)))).)))))))))))))))))))).....))............... |
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| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...(((.(((((((((((((.((((((.(((((..((((....((((.((((.((....)))))).))))...)))).)))))))))))))))).((((((((..((((....))))..).)))))))((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).......(((.((((.........((((((..((((((..........))).))).))))))..........)))).))).......)))))))).).))...(((((...))))).(((((...))))). |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..(((((..((((((..(((((((((((((.....((((....((((.((((.........)))).))))...))))...))))))))).)))).(((((((...((((....))))....))))))).....(((((..((((((....))))))..))))).))))))...((((((((......)))).((((((....((((..........))))....)))))).(((((((..((((....))))....))))))).)))).)))))...........(((((...))))). |
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| RNAalifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...........................(((..........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......)))).. |
| RNAalifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...............................((((........))))....................(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(.(((((((....))))))).).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))))).))))))))))...................... |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((((((((..((((((((((.(((((..((((..(.((((.((((.........)))).)))))..)))).))))))))))).)))).........(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))...)))))))......))))))))......))))).))........(((((...))))). |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((..((((((..((((((((((.(((((..((((....((((.((((.........)))).))))...)))).))))))))))).))))..((((((...((((....))))....))))))......(((((..((((((....))))))..))))).))))))........((....)).)))).)).((....)).....((((.....(((((((((....)))).)))))((((....(((......))).((((........))))......))))))))........ |
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| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((((((..)..)))))))).).((((........))))....(((((.((.(((((((((((...(((..(..(((((.(((((((.(((((.(((..(((((((..)))).)))..))).......((((((..(((((......)))))..))))).)..((((((..))))))...((((((..))))))...(..)(((((((..).(.(((((((((..)))).)))))...).))))))..))))))))))))).))))))))....))).)))))).))))))))). |
| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ..((((((((......))))))))...((((........))))....(((((.((.((((((((((....(((..(..(((((.(((((((.(((((.(((..(..((((..))))...)..)))........(((((..(((((......)))))..)))))....((((......))))...((((((..)))))).......((((((.....(.(((((((((..)))).)))))...).))))))..))))))))))))).)))))))).....)).)))))).))))))))). |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((((((((..((((((((((.(((((..((((..(.((((.((((.........)))).)))))..)))).))))))))))).)))).........(((((..((.(((((...((((((.((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.........((((....(((....)))....))))....))))..))))))....))))))).....)))))......))))))))......))))).))........((((.....)))). |
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| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((.((((((......)))))).....((((........))))))).(((((.((.((.(((((((.((.((((....((((..(((((((.(((((......(((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))...)))))))...))))))))))))..)))))))).))..)).)))))..))))))))). |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....((((((......)))))).(((((....)))))..(((..((((.(((.........)))..(((((((.....))))))).)))).(((((((((((...((((....))))....))))).......(((((((((((((....))))..(((....))).((((......))))...(((((....))))).........)))))......((((((((....)))).)))).((((....))))...)))).(((((........)))))..))))))....)))...... |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((.(((((([[[[[.)))))).(((.[[[[...)))..]]]].....((((.........)))).(((((((.....)))))))[[[[.[[[[..((((((...((((....))))....)))))).......)))(((((((((....)))).((((....))))((((......))))...(((((....)))))..[[[[[[.)))))....]].]]]]...((((........))))]]]]]]]].....]]]]].((((........))))........((((.....)))). |